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目录 1

1 生物化学动力学基础 1

1.1　生命科学和生物化学动力学的基本特征 1

1.2　稳态近似和平衡假定 3

1.3　反应独立性原理 6

1.4 　广义酸碱催化原理 7

1.5　线性自由焓原理 11

1.6　势能面 16

1.7 　Monte Carlo经典轨线法 24

1.8　过渡态理论 29

1.9　单分子反应理论 40

1.10 内禀反应坐标 46

1.11　参考文献 49

2　生物化学反应速率方程 52

2.1　生化反应速率常微分方程 52

2.2　生化反应速率偏微分方程组 59

2.3　生化反应速率方程的稳态近似解法 64

2.4　快速平衡和线性近似解法 72

2.5　生化常微分方程的数值解法 79

2.6　偏微分方程的近似解和数值解 87

2.7　微生物培养的自振动力学 95

2.8　参考文献 102

3.1　典型Michaelis-Menten反应 104

3　一般生化反应动力学 104

3.2　不稳定酶的M-M反应 111

3.3　阻化剂和活化剂 118

3.4　双底物生化反应 126

3.5　多活性位酶反应 134

3.6　芳烃生物降解的共代谢反应动力学 141

3.7　参考文献 149

4　生化反应Sigmoid动力学 151

4.1 MWC理论的Sigmoid动力学 151

4.2 MWC模型的效应因子理论 154

4.3 KNF理论的Sigmoid动力学 162

4.4　协同效应 167

4.5　三磷酸腺苷的水解反应 177

4.6 L-酪氨酸羟基化反应 183

4.7 参考文献 191

5 生物化学反应扩散动力学 194

5.1　简单扩散控制型反应动力学 194

5.2　扩散控制离子型反应动力学 199

5.3　带反馈回路的生物反应扩散体系 203

5.4　双相反应扩散动力学 212

5.5　色谱分析中生化反应扩散动力学 217

5.6　流动生化反应扩散体系的稳定性 222

5.7 多中间稳态生化反应扩散体系 229

5.8 参考文献 236

6.1　生化循环反应动力学分析 239

6 生化反应动力学分析 239

6.2 带诱导期的生化反应动力学 245

6.3　有阈值的生化反应动力学 251

6.4　酸性磷酸酶活性调节动力学 254

6.5　代谢过程岐化反应动力学 259

6.6 水解和转肽联偶反应动力学 269

6.7　参考文献 277

7　生化动力学溶剂效应 280

7.1　过渡态理论对生物化学反应的应用 280

7.2　动力学介质效应的模型理论 283

7.3　动力学介质效应的过渡态理论 293

7.4　溶剂化的经典理论 299

7.5　溶剂效应的动力学理论 306

7.6　介质效应模型理论的应用 312

7.7　介质效应过渡态理论的应用和计算 318

7.8　动力学溶剂效应的定标粒子理论 330

7.9　参考文献 335

8　生物化学动力学盐效应 338

8.1　动力学盐效应的Br？nsted方程 338

8.2　离子的活度系数 342

8.3　液体结构的定标粒子理论 347

8.4　定标粒子理论的盐效应常数 354

8.5　离子间反应和非电解质间反应的动力学盐效应 362

8.6　ATP和t-BuOl溶剂解反应的动力学盐效应 366

8.7　离子和非电解质反应的动力学盐效应 374

8.8　细胞色素鉴别和乙酸乙酯碱性水解反应的动力学盐效应 379

8.9　参考文献 386

9　动力学温度、压力和外电场效应 389

9.1　单底物体系的动力学温度效应 389

9.2　反应的活化熵和等动力学定则 394

9.3　多底物体系的动力学温度效应 399

9.4　内压力对反应速率的影响 402

9.5　外压力的动力学效应 406

9.6　离子反应的动力学压力效应 414

9.7　外场的动力学效应 415

9.8　参考文献 422

10.1　反应扩散方程和Lyapounov近似理论 425

10　生物振荡和生物混沌 425

10.2　分叉理论初步 431

10.3　反应扩散体系的分叉 437

10.4　势能面上和CSTR中生化反应的分叉 445

10.5　微生物培养振荡反应 450

10.6　混沌的动力学模型 453

10.7　从分叉到混沌的途径 455

10.8　糖酵解振荡和混沌 461

10.9　动物内分泌体系的混沌理论 464

10.10　辅酶I反应和其他生物混沌性态 470

10.11　参考文献 476