ChemOffice 2008实用教程 化学结构绘图分子模拟数据整合PDF电子书下载

第1章ChemOffice基础知识 1

1.1什么是ChemOffice 1

1.2发展历史 1

1.3应用领域 2

1.4组件 2

1.4.1 ChemDraw 2

1.4.2 Chem3D 3

1.4.3 ChemFinder 4

1.5新增功能 4

1.6如何获得帮助 5

1.7安装与启动 5

1.7.1系统配置要求 5

1.7.2系统的安装、启动与退出 6

1.8其他化学绘图软件 8

第2章ChemDraw操作基础 10

2.1 ChemDraw的工作环境 10

2.1.1工作界面 10

2.1.2标题栏 11

2.1.3菜单栏 12

2.1.4工具栏 13

2.1.5图形工具箱 14

2.1.6编辑/绘图区 15

2.2文件基本操作 15

2.3绘图操作基础 17

2.3.1图形基本操作 17

2.3.2 “Undo”和“Redo”命令 19

2.3.3插入对象 19

2.4自定义ChemDraw的工作界面 20

2.4.1页面参数的设置 20

2.4.2文档的设置 24

2.4.3工具条的显示与隐藏 28

第3章 利用ChemDraw绘制图形 33

3.1绘图工具 33

3.1.1键工具简介 33

3.1.2绘图工具的使用 38

3.1.3绘图实例 39

3.2文本的操作 40

3.2.1文本的输入 40

3.2.2文本的编辑 41

3.2.3原子标记 42

3.3绘制箭头、弧及其他图形 45

3.4绘制结构式 48

3.4.1绘制普通化学结构式 48

3.4.2绘制反应中间体 50

3.4.3绘制复杂环结构 52

3.4.4绘制Fischer投影式 54

3.4.5绘制透视图 55

3.4.6绘制Newman投影式 57

3.4.7绘制立体化学结构式 59

3.5绘制反应式 60

3.5.1绘制反应方程式 60

3.5.2绘制反应历程 67

3.6轨道和化学符号 69

3.6.1轨道工具简介 69

3.6.2轨道工具绘图实例 69

3.6.3化学符号工具简介 71

3.7绘制生物分子 73

3.7.1生物分子模板工具简介 74

3.7.2绘制DNA/RNA分子图像 74

3.7.3绘制β麦芽糖酶（β-Maltose）结构 75

3.7.4绘制DNA双螺旋结构 76

3.8绘制简单的反应设备 79

3.9绘制TLC图形 81

3.10化学查询工具 82

3.10.1化学查询工具简介 82

3.10.2化学查询工具的使用 83

3.11高级绘图技巧 85

3.11.1结构展开与调整 85

3.11.2名称与结构之间的转化 87

3.11.3俗名的使用 87

3.11.4多中心结构与多连接标记 89

3.11.5图形颜色调整 90

3.11.6获取结构式的3D图形 91

3.12综合实例 92

3.12.1苯亲电取代反应进程位能变化曲线图的绘制 92

3.12.2立体化学反应历程的绘制 95

第4章ChemDraw的扩展功能 99

4.1显示分析信息 99

4.2显示物理性质 101

4.3显示元素周期表 102

4.4预测NMR谱 103

4.4.1 1H-NMR谱预测 104

4.4.213C-NMR谱预测 105

4.5结构式与命名互相转换 106

4.5.1由结构式给出IUPAC标准命名 107

4.5.2由IUPAC标准命名给出结构式 107

4.6 ChemDraw与Word及Chem3D关联 109

4.6.1 ChemDraw与Word关联 109

4.6.2 ChemDraw与Chem3D关联 110

4.7 ChenDraw的在线工具 111

4.7.1在线查找 111

4.7.2在线浏览 113

4.7.3在线注册 113

第5章Chem30操作基础 114

5.1 Chem3D的工作环境 114

5.1.1工作界面 114

5.1.2标题栏 115

5.1.3菜单栏 115

5.1.4工具栏 125

5.1.5 3D图形显示区 126

5.1.6消息显示窗口 126

5.1.7动画工具栏 127

5.2文件基本操作 127

5.3图形基本操作 128

5.4自定义Chem3D的工作界面 129

5.4.1页面参数设置 129

5.4.2文档的设置 132

5.4.3工具条的显示与隐藏 135

第6章Chem30模型的建立及操作 136

6.1 3D模型的建立 136

6.1.1从已有文件中导入 136

6.1.2从ChemDraw中导入 137

6.1.3使用键工具绘制 139

6.1.4使用文本工具绘制 143

6.1.5使用绘图模板绘制 145

6.2对模型的操作 149

6.2.1平移及旋转 150

6.2.2轴的显示及隐藏 153

6.2.3模型的放大及缩小 153

6.2.4显示原子符号、编号及背景颜色 153

6.2.5模型显示模式 155

6.3利用Chem3D进行分析 155

6.3.1相关数据的显示 156

6.3.2结构调整 159

6.4 2D图形与3D图形的转换 159

6.4.1 2D图形与3D图形之间的立体关系 159

6.4.2 2D图形转化为3D图形 160

6.4.3 3D图形转化为2D图形 161

第7章 化学计算 163

7.1 MM2计算 164

7.1.1能量最低计算 164

7.1.2分子动力学计算 165

7.2 GAMESS计算 168

7.2.1 Minimize Energy计算 169

7.2.2 Optimize to Transition State计算 170

7.2.3 Compute Properties计算 171

7.2.4 Run Frequency计算 173

7.2.5预测IR/Raman光谱 176

7.2.6预测NMR谱 178

7.3 Gaussian计算 179

7.4 Jaguar计算 179

7.5 MMFF94计算 180

7.5.1原子类型和电荷 180

7.5.2最小能量计算 180

7.5.3势能计算 182

7.6 MOPAC计算 182

7.6.1 Minimize （Energy/Geometry）计算 183

7.6.2 Optimize to Transition State计算 184

7.6.3 Compute Properties计算 187

7.6.4预测光谱 190

第8章Chem30综合实例 192

8.1实例一：预测红外光谱 192

8.2实例二：预测核磁共振谱 197

8.3实例三：计算过渡态能量 200

第9章ChemFinder操作基础 203

9.1 ChemFinder的工作环境 204

9.1.1对窗体和数据库的理解 204

9.1.2使用ChemFinder数据库 205

9.1.3工作界面 205

9.1.4工具栏 207

9.1.5状态栏 208

9.2窗体 209

9.2.1创建及保存窗体 209

9.2.2编辑窗体 211

9.2.3窗体安全性 216

9.3数据库 219

9.3.1创建数据库 219

9.3.2打开数据库 227

9.3.3数据库检索 230

9.4创建个性化的数据库 250

9.4.1在窗体中关联已有数据库 250

9.4.2增加记录 253

9.4.3 BioViz组件 258

9.4.4设置子窗体 271

9.4.5化合物剖面图 275