牡丹DNA分子标记研究PDF电子书下载

第一章 牡丹种质资源研究 1

第一节 牡丹种质资源 1

一、牡丹野生种质资源 2

二、牡丹栽培品种资源 6

第二节 牡丹种质资源研究进展 9

一、牡丹种质资源研究方法 9

二、牡丹野生种质资源亲缘关系研究 14

三、栽培牡丹与野生种遗传关系的研究 16

四、牡丹栽培品种研究 18

五、牡丹核心种质研究 20

六、牡丹遗传图谱研究 21

第三节 牡丹DNA分子标记研究意义 22

第二章DNA分子标记技术概述 23

第一节DNA分子标记类型 23

一、基于Southern杂交的分子标记 24

二、基于PCR技术的分子标记 24

三、基于DNA序列和芯片的分子标记 25

第二节 主要DNA分子标记技术多态性原理及在牡丹中的应用 27

一、基于通用引物的DNA分子标记 27

二、基于重复序列的分子标记多态性原理 29

三、基于反转录转座子的DNA分子标记多态性原理 32

第三章DNA分子标记实验技术 36

第一节 牡丹基因组DNA的提取 36

一、改良CTAB法提取牡丹基因组DNA 36

二、SDS法提取牡丹基因组DNA 38

三、月桂酰基肌氨酸钠提取牡丹基因组DNA 39

四、牡丹基因组DNA的快速提取方法 40

第二节 牡丹DNA的定量与纯度检测 41

一、紫外光谱分析 41

二、二苯胺显色法分析 42

三、琼脂糖凝胶电泳检测 43

四、Nanodrop测定DNA浓度 44

五、Qubit测定DNA浓度 45

第三节 引物设计 45

一、引物设计的主要步骤 46

二、引物设计原则 48

第四节 聚合酶链反应 49

一、PCR操作步骤 49

二、PCR反应体系的组成与反应条件的优化 50

第五节 牡丹DNA分子标记电泳检测方法 53

一、琼脂糖凝胶电泳检测 53

二、聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 55

三、DNA银染 56

第六节 序列的克隆方法 58

一、扩增产物的回收与纯化 59

二、LB固、液培养基的制备 59

三、大肠杆菌感受态细胞的制备 60

四、回收产物的克隆和转化 60

五、大肠杆菌质粒的提取及阳性菌检测 61

第四章 牡丹随机扩增多态性DNA分子标记 63

第一节RAPD分子标记技术概述 63

一、RAPD分子标记技术原理 63

二、RAPD分子标记技术特点 63

第二节RAPD分子标记的研究与应用 64

一、RAPD在植物研究中的应用 64

二、RAPD在牡丹研究中的应用 67

第五章 牡丹扩增片段长度多态性分子标记 69

第一节AFLP分子标记技术概述 69

一、AFLP分子标记技术原理 69

二、AFLP分子标记关键技术 70

三、AFLP分子标记技术特点 71

第二节AFLP分子标记的研究与应用 72

一、AFLP分子标记在植物研究中的应用 72

二、AFLP分子标记在牡丹研究中的应用 75

第三节 牡丹品种遗传多样性的AFLP分析 76

一、材料与方法 76

二、不同引物组合扩增产物的多态性 79

三、聚类分析 80

四、AFLP指纹图谱的特征和不同引物组合的检测效率 81

五、讨论 82

第六章 牡丹相关序列扩增多态性分子标记 84

第一节SRAP分子标记技术概述 84

一、SRAP分子标记技术原理 84

二、SRAP分子标记关键技术 85

三、SRAP分子标记技术特点 85

第二节SRAP分子标记的研究与应用 86

一、SRAP分子标记在植物研究中的应用 86

二、SRAP分子标记在牡丹研究中的应用 88

第三节 牡丹SRAP-PCR反应体系的建立 89

一、材料与方法 89

二、牡丹SRAP反应体系的正交优化结果 91

三、讨论 92

第四节 不同花色牡丹品种亲缘关系的SRAP分析 93

一、材料与方法 93

二、不同引物组合扩增结果的多态性分析 95

三、聚类分析 97

四、主坐标分析 97

五、讨论 99

第七章 牡丹目标起始密码子多态性分子标记 100

第一节SCoT分子标记技术概述 100

一、SCoT分子标记技术原理 100

二、SCoT分子标记技术特点 101

三、SCoT分子标记的研究与应用 102

第二节 牡丹SCoT分子标记正交优化及引物筛选 103

一、材料与方法 103

二、牡丹SCoT反应体系的正交优化分析 105

三、SCoT-PCR反应体系稳定性验证及引物的筛选 107

第三节 不同花色牡丹种质资源SCoT分析 109

一、材料与方法 109

二、扩增产物多态性分析 111

三、聚类分析 111

四、讨论 112

第八章 牡丹保守DNA衍生多态性分子标记 114

第一节CDDP分子标记概述 114

一、CDDP分子标记技术原理 114

二、CDDP分子标记技术特点 115

第二节CDDP分子标记的研究与应用 117

一、CDDP分子标记在植物研究中的应用 117

二、CDDP分子标记在牡丹研究中的应用 117

第九章 牡丹简单重复序列分子标记引物开发 120

第一节 牡丹SSR分子标记引物的开发方法 120

一、数据库查询 120

二、磁珠富集法开发SSR引物 121

三、二代测序技术开发SSR引物 122

第二节 磁珠富集法开发牡丹SSR标记引物 123

一、材料与方法 123

二、微卫星序列分离与分析 126

三、微卫星引物设计 129

第三节 基于EST序列开发牡丹SSR标记引物 130

一、材料与方法 131

二、牡丹EST- SSR分析 132

三、牡丹EST- SSR引物的开发与筛选 134

第十章 牡丹简单重复序列分子标记 137

第一节SSR分子标记技术概述 137

一、SSR分子标记研究发展 137

二、SSR分子标记技术原理 138

三、SSR分子标记技术特点 138

第二节SSR分子标记研究与应用 139

一、在植物研究中的应用 139

二、牡丹基因组中SSR分子标记的频率及分布 141

三、SSR分子标记在牡丹研究中的应用 142

第三节 不同牡丹种质资源SSR评价分析 144

一、材料与方法 145

二、多态性SSR引物的筛选 146

三、SSR扩增产物多态性分析 146

四、聚类分析 147

五、讨论 148

第十一章 牡丹简单重复序列区间分子标记 151

第一节ISSR分子标记概述 151

一、ISSR分子标记技术原理 151

二、ISSR分子标记技术特点 154

第二节ISSR分子标记的研究与应用 154

一、ISSR分子标记在植物研究中的应用 154

二、ISSR分子标记在牡丹研究中的应用 156

第十二章 牡丹反转录转座子序列的分离 160

第一节 植物反转录转座子 161

一、植物反转录转座子概述 161

二、反转录转座子的类型及结构 162

第二节 牡丹反转录转座子LTR序列的分离 164

一、巢式PCR方法分离牡丹LTR序列 164

二、利用iPBS方法分离牡丹反转录转座子LTR序列 173

第三节 牡丹LINE类反转录转座子RT序列的克隆及分析 178

一、材料与方法 178

二、PCR反应体系及扩增程序的优化 179

三、牡丹LINE类反转录转座子RT序列的普遍存在性 181

四、牡丹LINE类反转录转座子RT序列的分析 181

五、牡丹LINE类反转录转座子RT序列聚类分析 189

六、讨论 191

第四节 植物LTR类反转录转座子序列分析方法 192

一、LTR类反转录转座子序列的比对软件 192

二、LTR类反转录转座子序列的识别鉴定软件 194

三、LTR类反转录转座子分析识别流程 196

四、讨论 197

第十三章 牡丹序列特异扩增多态性分子标记 199

第一节SSAP分子标记技术概述 199

一、SSAP分子标记技术原理 199

二、SSAP分子标记技术特点 200

第二节 牡丹种质资源SSAP分子标记分析 200

一、材料与方法 200

二、引物筛选 206

三、SSAP多态性分析 207

四、SSAP聚类分析 209

五、DNA指纹图谱构建 212

六、讨论 217

第十四章 牡丹iPBS和RRSAP分子标记 219

第一节iPBS分子标记概述 219

一、iPBS分子标记技术特点 219

二、iPBS分子标记的研究与应用 220

第二节 牡丹组野生种（居群）和部分栽培种遗传多样性的iPBS分析 221

一、材料与方法 221

二、PCR扩增结果 223

三、iPBS遗传相似系数分析 223

四、iPBS聚类分析 225

五、讨论 226

第三节 牡丹 RRSAP分子标记概述 227

第四节 部分牡丹种质资源亲缘关系的RRSAP分子标记研究 228

一、材料与方法 228

二、引物筛选结果 231

三、RRSAP分子标记多态性分析 231

四、RRSAP分子标记相似系数 234

五、RRSAP分子标记聚类分析 234

六、讨论 235

第十五章 其他分子标记方法 237

第一节 基于叶绿体DNA的分子标记 237

一、叶绿体DNA的结构和特点 237

二、基于叶绿体DNA的分子标记及应用 239

三、基于叶绿体DNA的分子标记在牡丹中的应用 240

第二节 基于核糖体DNA的分子标记 242

一、核糖体DNA的结构与特点 242

二、基于核糖体DNA的分子标记在植物中的应用 243

三、基于核糖体DNA的分子标记在牡丹中的应用 244

参考文献 246