轻松构建系统发育树 实用操作方法和理论 第4版PDF电子书下载

第1章 前言 1

全新升级的软件 2

什么是系统发育树？ 3

构建系统发育树：基本介绍 4

扩展内容 5

学习更多的原理 6

关于附录Ⅲ 7

计算程序简述以及如何获得它们 7

如何感谢软件作者 9

《轻松构建系统发育树》配套网站 10

第2章 构建系统发育树 11

为什么要构建系统发育树？ 11

关于这个教程 11

搜索与你的目标序列相关的序列 13

判断哪些相关序列可用于你的系统发育树分析 15

下载序列 20

比对序列 23

构建一个邻接（NJ）树 24

总结 27

第3章 获取序列 29

搜寻同源序列：什么样的序列可以用于构建一个系统树？ 29

进一步熟悉BLAST搜索 30

使用BLAST的核苷酸检索页面 32

使用BLAST搜索相关的蛋白质序列 34

建树的最终序列选择 37

用其他方式寻找感兴趣的序列（注意！风险较高） 42

第4章 序列联配 45

用MUSCLE软件联配序列 45

检查和手工调整联配结果 47

检查平均一致度来估测联配结果的可信度 53

通过调整MUSCLE参数设置提升联配速度 54

用ClustalW联配序列 56

第5章 构建系统发育树的主要方法 59

距离法和基于性状的方法 62

你应该用哪一种方法？ 65

第6章 邻接树 69

使用MEGA5构建邻接树 69

无根和有根树 82

估测系统树的可靠性 84

如何处理蛋白质序列？ 90

第7章 绘制系统发育树 93

改变系统树的外观 93

为系统树置根 106

保存系统树 109

说明 110

第8章 最大简约法 113

MP搜索方法 116

多个同等简约树 117

最后的分析 123

第9章 最大似然法 127

用MEGA进行最大似然法分析 129

用自展法估计ML树的可靠性 137

如果是蛋白质序列会怎么样？ 138

第10章 用MrBayes程序构建贝叶斯树 141

MrBayes概述 141

用MrBayes估算树的一个通用策略 146

创建执行文件 147

如何运行你的MrBayes分析？ 151

更复杂（更有用）的“mrbayes blocks” 151

当MrBayes运行时的屏幕输出 154

如果你不能获取聚合是什么原因？ 155

蛋白质序列如何处理？ 157

可视化贝叶斯树 158

使用FigTree软件 160

第11章 使用不同的计算机平台 165

命令行程序 165

Macintosh平台上运行MEGA软件 165

行结束符问题 168

安装命令行程序 169

命令行程序的运行环境 172

获得和安装MrBayes 176

运行公用程序 177

第12章 使用GUIDANCE进行高级联配 181

联配可靠性问题 181

GUIDANCE是如何工作的 182

用SmallData数据集阐述的例子 182

GUIDANCE的应用 193

第13章 重建祖先序列 195

用MEGA的最大似然法重建祖先序列 196

构建的祖先序列有多准确？ 204

第14章 检测适应性进化 205

联配准确性对于检测适应性进化的影响 206

使用MEGA检测适应性进化 207

用codeml检测适应性进化 211

总结 218

第15章 系统发育网络 219

为什么仅用系统树并不足够 219

有根和无根的系统发育网络 220

用SplitsTree估算无根的系统发育网络 221

用Dendroscope软件从有根树构建有根网络 237

第16章 最后的建议：学习编程 245

附录Ⅰ 文件格式及其相互转换 247

格式描述 247

转换格式 252

附录Ⅱ 其他程序 255

附录Ⅲ 常见问题 259

参考文献 263