R语言核心技术手册 第2版PDF电子书下载

Ⅰ 基础篇 3

第1章 获取和安装R 3

R版本 3

R的安装 3

WindoWs 4

Mac OS X 5

Linux和UNIX系统 5

第2章 R的用户界面 7

R的图形用户界面 7

Windows 8

Mac OS X 8

Linux和UNIX程序 9

R控制台 11

命令行编辑 13

批处理模式 14

在Excel中使用R 15

RStudio 17

其他运行R的方式 17

第3章 简短的示例 19

基本操作 19

函数 21

变量 22

数据结构简介 25

对象和类 28

模型和公式 30

图表 32

获得帮助 37

第4章 R包 39

R包概览 39

列示本地库中的R包 40

加载R包 42

在Windows和Linux系统下加载R包 42

在Mac OS X系统下加载R包 42

搜索R包资源库 43

搜索网络上的R包资源库 44

基于R界面搜寻和安装包 44

从其他资源库安装R包 47

定制R包 47

创建包目录 48

创建R包 49

Ⅱ 语言篇 53

第5章 R语言概览 53

表达式 53

对象 54

符号 54

函数 55

在赋值语句中，对象会被复制 56

R中一切皆为对象 57

特殊值 58

NA 58

Inf和-Inf 58

NaN 59

NULL 59

强制转换 59

R解释器 60

观察R是如何工作的 62

第6章 R语法 65

常量 65

数值向量 65

字符向量 67

符号 67

运算符 69

运算顺序 70

赋值操作 71

表达式 72

分离型表达式 72

括号 72

花括号 73

控制结构 74

条件语句 74

循环 75

访问数据结构 79

数据结构操作符 79

通过整数向量引用 79

通过逻辑向量引用 82

通过名字进行引用 83

R编程标准 84

第7章 R对象 86

基本对象类型 86

向量 89

列表 91

其他对象 91

矩阵 92

数组 92

因子 93

数据框 95

公式 96

时间序列 98

Shingle对象 99

日期和时间对象 100

连接对象 100

属性 101

类 104

第8章 符号和环境 106

符号 106

环境 107

全局环境 108

环境和函数 109

调用堆栈 109

在不同的环境中对函数求值 110

向环境中添加对象 113

异常 113

提示错误 114

捕获错误 115

第9章 函数 117

函数的关键字 117

参数 117

返回值 119

函数参数 119

匿名函数 120

函数的属性 122

参数顺序和具名实参 124

副作用 125

改变其他环境 125

输入／输出 126

图形 126

第10章 面向对象编程 127

R的面向对象编程概览 128

核心概念 128

实现的例子 129

R的面向对象编程：S4 135

类的定义 135

对象的新建 137

槽的存取 138

对象的操作 138

创建强制转换方法 138

方法 139

方法的管理 140

基本类型 141

更多的帮助 142

守旧派的OOP:S3 142

S3的类 143

S3方法 144

在S4的类中使用S3的类 145

查找隐藏的S3方法 145

Ⅲ 数据篇 149

第11章 数据的存取和编辑 149

在R中输入数据 149

用R命令输入数据 149

用图形界面输入数据 150

保存和读入R对象 153

用save保存对象 153

从外部文件导入数据 154

文本文件 155

其他软件 163

导出数据 164

从数据库获取数据 164

导出然后导入 165

数据库连接包 165

RODBC 166

DBI 177

TSDBI 181

从Hadoop中获取数据 182

第12章 准备数据 183

合并数据集 183

粘贴数据结构 184

通过共同字段合并数据 188

数据转换 189

变量重新赋值 190

转换函数 190

对对象的每个元素进行函数运算 191

数据分段 197

shingle 197

Cut 197

利用分组变量合并对象 198

子集 199

中括号索引的方式 199

subset函数 200

随机抽样 200

汇总函数 202

tapply与aggregate 202

用rowsum聚合表格 205

计数 206

数据修整 209

数据清洗 218

查找和删除重复数据 219

排序 219

Ⅳ 可视化篇 225

第13章 图形 225

RGraphics概述 225

散点图 226

时间序列 231

柱状图 233

饼图 238

分类数据绘图 239

三维数据 245

绘制分布图 252

箱线图 256

画图设备 259

自定义图形 260

绘图函数常见参数 260

图形参数 260

基本图形函数 271

第14章 Lattice绘图 280

历史 280

lattice包概述 281

lattice的工作原理 281

例子 281

使用lattice函数 284

定制面板函数 285

高级lattice函数 286

单一的网格作图 287

二元网格作图 312

三元图 321

其他图形 326

定制lattice图 328

lattice函数的常用参数 328

trellis.skeleton 329

指定如何绘制坐标轴 330

参数 331

plot.trellis 336

strip.default 337

simpleKey 338

低级函数 339

低级绘图函数 339

面板函数 340

第15章 ggplot2 341

一个简短的介绍 341

图形语法 345

一个更复杂的例子：医保数据 350

快速绘图 360

用ggplot2绘图 361

更多信息 365

Ⅴ 统计篇 369

第16章 数据分析 369

描述性统计 369

相关系数和协方差 372

主成分分析 375

因子分析 379

bootstrap重抽样 380

第17章 概率分布 382

正态分布 382

常见分布的参数 384

分布函数族 385

第18章 统计检验 389

连续型数据 390

基于正态分布的检验 390

不依赖分布的检验 405

离散数据 408

比例检验 408

二项式检验 409

列联表检验 410

列联表非参数检验 416

第19章 功效检验 417

实验设计示例 417

t检验实验设计 418

比例实验设计 419

方差分析设计 420

第20章 回归模型 422

简单的线性模型示例 422

拟合模型 424

指定模型的工具函数 425

获取模型信息 425

更新模型 431

lm函数的详述 432

最小二乘回归的假设 434

稳健回归和阻力回归 436

子集选取和Shrinkage回归 438

变量的逐步选取 438

岭回归 439

Lasso和最小角回归 440

弹性网络 442

主成分回归和偏最小二乘回归 442

非线性模型 443

广义线性模型 443

glmnet包 446

非线性最小二乘 449

生存模型 450

平滑 456

样条线 456

拟合多项式曲面 458

核平滑 459

回归的机器学习算法 460

回归树模型 462

MARS算法 473

神经网络 479

投影寻踪回归 483

广义可加模型 486

支持向量机 488

第21章 分类模型 490

线性分类模型 490

logistic回归 490

线性判别分析 495

对数线性模型 499

机器学习分类模型 500

k近邻 500

分类树模型 502

神经网络 506

支持向量机 507

随机森林 507

第22章 机器学习 509

购物篮分析 509

聚类 514

距离度量 514

聚类算法 515

第23章 时间序列分析 519

自相关函数 519

时间序列模型 520

Ⅵ 其他主题 527

第24章 优化R程序性能 527

R程序性能的测量 527

时间测定 527

性能分析 528

监控内存的使用 530

内存性能分析 531

优化你的R代码 531

使用向量操作 531

R中查找的性能 534

使用数据库查询大数据集 541

内存预分配 541

清理内存 541

大数据集的函数 543

加速R的其他方法 543

R字节码编译器 543

高性能的R版本 546

第25章 Bioconductor 551

例子 552

加载原始的表达数据 552

从GEO读取数据 557

匹配表型数据 559

分析表达数据 560

关键的Bioconductor包 564

数据结构 568

eSet 568

AssayData 570

AnnotatedDataFrame 571

MLAME 571

Bioconductor包使用的其他类 572

如何进一步学习 573

Bioconductor之外的资源 574

教程 574

课程 574

相关图书 575

第26章 R和Hadoop 576

R和Hadoop 576

Hadoop简介 577

RHadoop 582

Hadoop streaming 597

了解更多 600

一些其他的用R做并行计算的包 601

Segue 601

doMC 602

从哪里我们可以了解更多 602

参考文献 603

索引 606