生物信息数据库建设、使用与管理指南PDF电子书下载

第一篇 生物信息数据库概述 3

1 生物信息数据库 3

1.1 生物信息数据库概述 3

1.2 生物信息数据库的分类 4

2 国内外生物信息数据库的发展 82

2.1 国际生物信息数据库的发展 82

2.2 中国的生物信息数据库建设 82

2.3 建设生物信息数据库：存在的问题和解决思路探讨 82

第二篇 用于建立生物信息数据库的数据管理 87

3 数据来源 87

3.1 从各种生物信息数据库的FTP下载 87

3.2 各种生物信息数据库的查询结果 91

3.3 各实验终端提供的数据 91

4 数据类型 92

4.1 原始数据 92

4.2 生物信息分析数据 110

5 生物信息分析平台 156

5.1 生物信息分析平台简介 156

5.2 Galaxy平台 157

5.3 GenePattern生物分析平台 162

5.4 DNAnexus生物分析平台 163

5.5 Blast for OneKP Project 163

6 数据质量管理规范 165

6.1 数据质量概述 165

6.2 生物数据的质量控制 165

7 数据存储管理 168

7.1 存储内容 168

7.2 大数据存储 168

7.3 存储方式 170

7.4 存储管理一般原则 172

8 数据备份和恢复管理规范 173

8.1 数据的备份 173

8.2 数据的恢复 178

9 数据安全管理规范 181

9.1 数据分类 181

9.2 权限管理 181

9.3 注意事项 182

第三篇 建立生物信息数据库的实用指南 185

10 概述 185

10.1 引言 185

10.2 数据相关的基本概念 185

11 数据库设计 190

11.1 数据库设计过程 191

11.2 数据库设计规范（以关系数据库为例） 199

11.3 数据库命名规范 202

12 常见生物信息数据库特点 204

12.1 数据模型 204

12.2 数据库的存储 204

13 生物信息数据库系统开发 212

13.1 虚拟本地数据库 212

13.2 本地数据库 213

第四篇 生物信息数据库的使用管理规范 217

14 数据库的安全性管理 217

14.1 安全性的类型 217

14.2 数据库安全性控制方法 218

14.3 基于角色访问控制的安全性和权限管理 218

15 数据提交管理 221

15.1 概述 221

15.2 提交内容 221

15.3 提交方式 226

16 数据共享和交互 242

17 数据检索 246

17.1 检索工具 246

17.2 检索结果格式 247

第五篇 伦理学问题 257

18 国际伦理法则 257

19 生物大数据中的伦理问题 258

20 国内生物信息数据库中的伦理问题 259

21 伦理规范 260

21.1 伦理的原则 260

21.2 关于知情同意 261

22 伦理审查建设 264

22.1 公开透明的政策和社会广泛参与 264

22.2 信息的处理（保密和告知研究结果）应以参与者利益为重 264

22.3 建立有效的监督和责任机制 264

22.4 加强伦理审查能力建设 265

第六篇 生物信息数据库知识产权保护 269

23 引言 269

24 国内外数据库权利保护相关条约、协议 270

24.1 欧盟数据库法律保护 270

24.2 美国数据库法律保护 271

24.3 WIPO数据库法律保护 272

24.4 我国数据库法律保护现状 273

25 生物信息数据库的保护模式探讨 274

25.1 存在的问题 274

25.2 生物信息数据库知识产权保护建议 274

参考文献 277

缩略语表 284

名词术语 285