药物设计中的分子模型化方法PDF电子书下载
- 电子书积分:10 积分如何计算积分?
- 作 者:周家驹,王亭著
- 出 版 社:北京:科学出版社
- 出版年份:2001
- ISBN:703008960X
- 页数:235 页
第一章 分子结构的计算机处理 1
1.1 分子结构信息的表达 1
1.1.1 化合物的命名 1
1.1.2 碎片码、线形码、拓扑码 2
1.1.3 连接表 3
1.2 分子结构的输入 5
1.3 分子结构的几何优化 6
1.3.1 分子力学方法 6
1.3.2 量子力学方法 8
1.3.3 优化算法 10
1.4 构象分析 12
1.4.1 系统搜索方法 13
1.4.2 Monte Carlo方法 14
1.4.3 模拟退火算法 14
1.4.4 遗传算法 15
1.4.5 分子动力学方法 16
参考文献 18
第二章 分子的相互作用 21
2.1 范德华相互作用 22
2.2 静电相互作用 23
2.2.1 计算原子点电荷的方法 24
2.2.2 分子的静电势 27
2.3 氢键相互作用 27
2.4 疏水相互作用 29
2.4.1 疏水效应和疏水作用 29
2.4.2 分配系数 31
2.4.3 疏水场 33
2.5 分子相互作用场的开发 36
参考文献 36
第三章 分子结构信息数据库 39
3.1 结构数据库的三维信息来源 39
3.1.1 三维结构的实验来源 39
3.1.2 三维结构的计算来源 39
3.2 基于实验数据的结构数据库 40
3.2.1 蛋白质结构数据库PDB 40
3.2.2 有机小分子结构数据库CSD 41
3.2.3 无机晶体结构数据库ICSD 43
3.3 基于计算结果的结构数据库 43
3.4 中药成分结构及生物活性数据库 45
3.4.1 需求分析 45
3.4.2 结构信息的计算机化 46
3.4.3 中药英文信息的规范化 48
3.4.4 研究进展 51
3.5 小结 52
参考文献 52
第四章 遗传算法 54
4.1 遗传算法 54
4.1.1 遗传算法的表达式 54
4.1.2 遗传算法常用算子 56
4.1.3 遗传算法的其他参数及步骤 57
4.1.4 遗传算法的数学原理 59
4.2 经典遗传算法示例 61
4.2.1 初始试群体的产生 62
4.2.2 复制 62
4.2.3 杂交 63
4.2.4 变异 64
4.3 有指导性的遗传算法DGA 66
4.3.1 初始群体的产生 67
4.3.2 线杂交 69
4.3.3 面变异 71
4.3.4 线杂交和面变异的联合作用 74
4.3.5 排序 75
4.3.6 群体规模 76
4.3.7 停止判据 76
4.3.8 DGA的步骤 76
4.3.9 对DGA在优化中的测试 78
参考文献 78
第五章 定量结构活性关系研究 80
5.1 用于QSAR的生物活性数据 80
5.2 用于QSAR的分子结构参数 83
5.2.1 电性参数 83
5.2.2 体参数 84
5.2.3 疏水参数 85
5.3 典QSAR模型 86
5.3.1 Hansch模型 86
5.3.2 Free-Wilson模型 86
5.3.3 其他模型 87
5.3.4 QSAR模型的评价 87
5.4 CASAC软件 89
5.4.1 设计思想 89
5.4.2 结构框架模型 90
5.4.3 结构信息数值化子系统NumSF 92
5.4.4 数据分析及预测子系统AnaQS 93
5.4.5 研究实例 94
5.5 用遗传算法挑选变量 99
5.6 经典QSAR的成功实例 104
5.6.1 治偏头痛新药lomerizine 104
5.6.2 杀真菌农药metconazole和ipeonazole 105
5.6.3 治风湿性关节炎新药flobufen 107
5.7 场分析方法CoMFA 107
5.8 本征值方法EVA 114
5.9 偏最小二乘回归 116
5.10 小结 119
参考文献 120
第六章 结构匹配和数据库搜索技术 122
6.1 子结构匹配算法 122
6.1.1 回溯法 123
6.1.2 划分-松弛法 134
6.1.3 筛分法 134
6.1.4 其他方法 135
6.2 最大共同子结构查找算法 135
6.2.1 Brown算法 136
6.2.2 EMCSS算法 138
6.3 药效团识别 145
6.4 三维结构数据库搜索技术——3DFS系统 148
6.4.1 提问结构定义 150
6.4.2 搜索算法 157
6.4.3 搜索例子 160
6.5 小结 163
参考文献 163
第七章 受体模型 165
7.1 受体模型概述 165
7.2 基于形状的受体模型 166
7.2.1 建模思想 166
7.2.2 建模步骤 166
7.2 3 应用实例 167
7.3 基于虚拟原子的受体模型 167
7.3.1 建模思想 167
7.3.2 方法原理 170
7.3.3 应用实例 175
7.4 基于虚拟点表面的受体模型 176
7.4.1 概述 176
7.4.2 虚拟受体表面的产生 177
7.4.3 表面性质的计算 180
7.4.4 配体分子与受体表面模型的相互作用 182
7.4.5 配体分子内能量的计算 185
7.4.6 应用实例 186
7.5 小结 193
参考文献 193
第八章 药物与受体的对接技术 195
8.1 基于受体结构的药物设计 195
8.2 已知配体对接 198
8.2.1 已知结合位点的实时图形对接 198
8.2.2 自动对接 199
8.3 全新配体对接 205
参考文献 208
第九章 模拟肽学 210
9.1 模拟肽学概述 210
9.1.1 生物活性肽作为药物的局限性 210
9.1.2 模拟肽学中的两类方法 211
9.2 以肽主链为基础的模拟肽学 211
9.2.1 环化技术 211
9.2.2 约束单元 215
9.2.3 环连接部件 216
9.3 约束氨基酸 219
9.3.1 α-甲基化氨基酸 219
9.3.2 α,α′-二烷基甘氨酸和α-氨基环烷羧酸 222
9.3.3 Nα-Cα环化氨基酸 224
9.3.4 Nα-甲基化氨基酸 226
9.3.5 β-和γ-氨基环烷羧酸 227
9.3.6 α,β-不饱和氨基酸 227
9.3.7 β,β-二甲基和β-甲基氨基酸 228
9.3.8 β-置换-2,3-亚甲基氨基酸 228
9.3.9 N-Cδ和Cα-Cδ环化芳香氨基酸 229
9.3.10 置换脯氨酸 229
9.3.1 1 D-氨基酸 230
9.4 肽的二级结构的分子模拟 230
9.4.1 β-转折 231
9.4.2 γ-转折 231
9.5 非肽配体的设计 231
9.6 小结 233
参考文献 234
- 《中风偏瘫 脑萎缩 痴呆 最新治疗原则与方法》孙作东著 2004
- 《指向核心素养 北京十一学校名师教学设计 英语 七年级 上 配人教版》周志英总主编 2019
- 《设计十六日 国内外美术院校报考攻略》沈海泯著 2018
- 《计算机辅助平面设计》吴轶博主编 2019
- 《基于地质雷达信号波的土壤重金属污染探测方法研究》赵贵章 2019
- 《高校转型发展系列教材 素描基础与设计》施猛责任编辑;(中国)魏伏一,徐红 2019
- 《第一性原理方法及应用》李青坤著 2019
- 《景观艺术设计》林春水,马俊 2019
- 《数学物理方法与仿真 第3版》杨华军 2020
- 《Helmholtz方程的步进计算方法研究》李鹏著 2019
- 《蓝宝》董鸣亭著 2019
- 《疾病媒介的综合防治》世界卫生组织编;刘翠珍,黄一心译;杨存性,周家修校 1985
- 《水浒传 3 汉日对照》(明)施耐庵,(明)罗贯中著;(日)驹田信二译 2015
- 《水浒传 4 汉日对照》(明)施耐庵,(明)罗贯中著;(日)驹田信二译 2015
- 《我和我的寿光》李守亭著 2019
- 《光绪顺天府志 第13册》(清)周家楣,(清)缪荃孙编纂;左笑鸿点校 2018
- 《光绪顺天府志 第14册》(清)周家楣,(清)缪荃孙编纂;左笑鸿点校 2018
- 《光绪顺天府志 第10册》(清)周家楣,(清)缪荃孙编纂;左笑鸿点校 2018
- 《光绪顺天府志 第11册》(清)周家楣,(清)缪荃孙编纂;左笑鸿点校 2018
- 《光绪顺天府志 第16册》(清)周家楣,(清)缪荃孙编纂;左笑鸿点校 2018
- 《指向核心素养 北京十一学校名师教学设计 英语 七年级 上 配人教版》周志英总主编 2019
- 《《走近科学》精选丛书 中国UFO悬案调查》郭之文 2019
- 《北京生态环境保护》《北京环境保护丛书》编委会编著 2018
- 《中医骨伤科学》赵文海,张俐,温建民著 2017
- 《美国小学分级阅读 二级D 地球科学&物质科学》本书编委会 2016
- 《指向核心素养 北京十一学校名师教学设计 英语 九年级 上 配人教版》周志英总主编 2019
- 《强磁场下的基础科学问题》中国科学院编 2020
- 《小牛顿科学故事馆 进化论的故事》小牛顿科学教育公司编辑团队 2018
- 《小牛顿科学故事馆 医学的故事》小牛顿科学教育公司编辑团队 2018
- 《高等院校旅游专业系列教材 旅游企业岗位培训系列教材 新编北京导游英语》杨昆,鄢莉,谭明华 2019