生物信息学PDF电子书下载

A 生物信息学概述 1

A1 生物信息学的范围 1

A2 生物信息学与互联网 4

A3 有用的生物信息学WWW网站 8

B 数据采集 10

B1 DNA、RNA和蛋白质测序 10

B2 蛋白质结构的确定 17

B3 基因和蛋白质表达数据 19

B4 蛋白质互作数据 24

C 数据库——内容、结构和注释 30

C1 文件格式 30

C2 已注释的序列数据库 36

C3 基因组和特定物种的数据库 42

C4 其他数据库 47

D 生物数据检索 52

D1 通过Entrez和DBGET/LINKDB的数据检索 52

D2 使用SRS（序列检索系统）的数据检索 57

E1 序列相似性搜索 61

E 通过序列相似性标准搜索序列数据库 61

E2 氨基酸替代矩阵 66

E3 数据库搜索：FASTA和BLAST 72

E4 序列过滤程序 82

E5 数据库的迭代搜索和PSI-BLAST 84

F 多序列联配：基因和蛋白质家族 88

F1 多序列联配和家族关系 88

F2 蛋白质家族和模式数据库 92

F3 蛋白质结构域家族 97

G 系统发育学 102

G1 系统发育学、遗传分类学和存在论 102

G2 构建系统发育树 108

G3 大分子序列进化 114

H 序列注释 118

H1 基因组注释原理 118

H2 注释工具和资源 124

I1 蛋白质结构的概念模型 128

I 结构信息学 128

I2 蛋白质三维结构与蛋白质功能的关系 135

I3 蛋白质结构和功能的进化 137

I4 获取、观察和分析结构数据 143

I5 结构联配 150

I6 已知三维结构的蛋白质分类：CATH与SCOP 154

I7 蛋白质结构预测简介 158

I8 通过比较建模预测结构 161

I9 二级结构预测 166

I10 高级蛋白质结构预测与预测策略 172

J 微阵列数据分析 176

J1 微阵列数据：分析方法 176

J2 微阵列数据：工具和资源 182

J3 序列采样和SAGE 188

K 蛋白质组数据分析 192

K1 双向凝胶电泳数据分析 192

K2 蛋白质质谱数据分析 199

L1 分子途径的建模与重建 204

L 高阶模型 204

L2 蛋白质互作生物信息学 210

L3 高阶模型 216

M 生物学中的化学信息学 220

M1 分子表示的规范 220

M2 化学信息学资源 227

N 制药业中的生物信息学 233

N1 生物信息学和药物发现 233

N2 药物信息学资源 238

O 生物信息学计算的基本原理 246

O1 运行计算机软件 246

O2 计算机操作系统 250

O3 软件下载和安装 253

O4 数据库管理 257

进一步阅读文献 260

术语表 264