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第一篇 医学与流行病中的统计方法 3

第一章 医学中统计思维的历史&陈达 方积乾 3

第一节 引言 3

第二节 Laplace及其远见 3

第三节 Louis与数值方法 4

第四节 统计分析与实验室研究 5

第五节 现代统计学的开端 6

第六节 医学统计学的开端 7

第七节 实验中的随机化 8

第八节 第一个随机化有对照的临床试验 8

第九节 政府法规与统计学 9

第十节 尾声 10

参考文献 11

第二章 数据描述、变异建模与统计实践&杜鸿雁 谭铭 陈豪 金华 14

第一节 概述 14

第二节 描述数据的方法 15

第三节 通过模型调整因素来描述数据 19

第四节 过度离散问题 19

第五节 统计实践 22

参考文献 29

第三章 生存变量的预后生物标记物的协变量特异和协变量校正的预测方法&马昀蓓 周晓华 KC Gary Chan 赵星 李晓松 32

第一节 前言 32

第二节 协变量特异时依PPV曲线 33

第三节 协变量校正时依PPV曲线 36

第四节 模拟研究 38

第五节 多中心艾滋病队列研究 42

第六节 讨论 43

参考文献 48

第四章 个体化治疗的统计学方法&田鲁 赵晓光 陈新林 50

第一节 简介 50

第二节 个体化治疗的风险预测 50

第三节 个体化治疗的选择 54

第四节 讨论 60

参考文献 60

第五章 统计学方法在放射医学研究的质量控制、质量保障和质量改进中的应用&陆盈 赵守军 颜杰 64

第一节 序言 64

第二节 测量误差 65

第三节 统计过程控制图 76

第四节 一致性评价 84

第五节 校准和标准化 92

第六节 结论 96

参考文献 96

第六章 统计方法在医学图像分析中的应用&金声 赵耐青 102

第一节 概述 102

第二节 应用图像的统计特性进行采样和压缩 103

第三节 用各向异性统计扩散减少噪声 106

第四节 医学图像的分割 110

第五节 利用3维Monte Carlo模拟改进图像配准的置信区间 115

第六节 结论 117

参考文献 117

第七章 成本效果分析与循证医学&李建立 宇传华 121

第一节 前言 121

第二节 成本-效果分析的基础 123

第三节 统计方法 125

参考文献 142

第八章 与健康有关生存质量研究的统计设计与分析&郝元涛 方积乾 144

第一节 生存质量的概念及发展 144

第二节 生存质量测定量表的研制方法 146

第三节 生存质量测定量表的国际化方法 149

第四节 生存质量研究的设计与实施 152

第五节 生存质量资料的特点及相应的统计分析方法 156

第六节 心理统计的基本原理与方法 162

参考文献 172

第九章 Meta分析&周旭毓 方积乾 宇传华 许宗利 田鲁 陆盈 175

第一节 Meta分析概述 175

第二节 Meta分析的常用统计方法 183

第三节 Meta分析的Bayes方法 204

第四节 诊断试验的meta分析 213

第五节 适宜于连锁分析文献的meta分析方法 228

第六节 Meta分析中的偏倚 235

参考文献 240

第十章 传染病模型&武虎林 赵守军 王显红 245

第一节 概述 245

第二节 流行病学数学统计模型 246

第三节 病毒动力学模型 254

第四节 干预和预防 257

第五节 小结 263

参考文献 263

第十一章 抽样调查中的特殊模型&高素娟 高桂明 方积乾 270

第一节 估计疾病患病率的模型 271

第二节 小区域分析的随机效应模型 274

第三节 捕获-再捕获模型 281

参考文献 286

第十二章 重复捕取（捕获-再捕获）方法在流行病监测上的应用&赵莲菊 谢宗震 杨欣洲 289

第一节 前言 289

第二节 重复捕取的背景与动机 295

第三节 不考虑协变量的模型 298

第四节 包含协变量的模型 310

第五节 结论与讨论 317

参考文献 317

第十三章 疾病筛查资料的统计方法&柳青 321

第一节 疾病筛查的基本概念 321

第二节 筛查疾病自然史的一阶段简化模型 325

第三节 筛查疾病自然史的两阶段模型 328

第四节 筛查疾病自然史的多阶段马尔科夫链随机模型 332

第五节 筛查方案的模拟评价及优化 339

参考文献 342

第二篇 临床试验中的统计方法 347

第十四章 统计学在生物制药研发中的应用&周贤忠 彭安佩 张新佶 贺佳 347

第一节 医药研发 347

第二节 主要统计学原则 348

第三节 生物利用度与生物等效性 352

第四节 有重复记录的QT/QTc研究 357

第五节 全球性临床试验进展 367

第六节 影像诊断中的统计 379

第七节 GCP中的统计原则 384

参考文献 388

第十五章 药理学和临床前研究的统计学&黎子良 施美琼 朱光锐 王强 396

第一节 引言 396

第二节 药物动力学和药效学 397

第三节 生物利用度和生物等效性 409

第四节 测定方法的开发与确证 412

第五节 药物开发 412

参考文献 413

第十六章 毒理学的统计方法&陈章荣 李妍 宇传华 417

第一节 动物致癌试验 417

第二节 生殖研究 427

第三节 混合试验 432

参考文献 437

第十七章 健康危险度评价中的剂量-反应模型&朱怡良 孙晓武 441

第一节 引言 441

第二节 两分类数据：致癌性 443

第三节 聚集性多项数据：发育毒性 445

第四节 纵向数据：神经行为毒性检测 448

第五节 基准剂量 454

第六节 讨论 455

参考文献 455

第十八章 确证性临床试验中的统计学基本问题&季渝华 许海燕 刘清 夏结来 459

第一节 引言 459

第二节 最小化可能引入的偏倚 461

第三节 第Ⅰ类错误率的控制 467

第四节 期中分析、成组序贯设计与适应性设计 478

第五节 阳性对照试验 482

参考文献 490

第十九章 定性评价处理作用的替代指标&耿直 498

第一节 引言 498

第二节 定义和记号 499

第三节 基于因果性先验知识的替代指标准则 505

第四节 基于关联性先验知识的替代指标准则 508

第五节 讨论 510

参考文献 511

第二十章 临床研究中的动态试验设计&彭安佩 周贤忠 刘裕 513

第一节 简介 513

第二节 什么是动态设计 514

第三节 方案修订的影响 518

第四节 按照设计调整的挑战 520

第五节 回顾性调整的困难 525

第六节 结束语 527

参考文献 528

第二十一章 中医研究中的统计方法&易丹辉 李扬 533

第一节 概述 533

第二节 中医证候评价研究 534

第三节 中医症状筛选研究 540

参考文献 546

第三篇 遗传研究中的统计方法 551

第二十二章 稀疏片段识别及拷贝数变异分析的应用&郑欣格 蔡天文 李宏哲 肖云 范慧慧 平艳艳 李霞 551

第一节 背景 551

第二节 基于SNP芯片获取的LogR比值数据进行单样本最优拷贝数变异识别 552

第三节 基于单样本第二代测序数据的具有鲁棒性的拷贝数变异识别 555

第四节 基于群体样本对重复出现的拷贝数变异的识别 560

第五节 讨论 562

参考文献 564

第二十三章 连锁研究设计与分析的统计方法&李启寨 覃红 李照海 郑刚 李彩霞 567

第一节 绪言 567

第二节 连锁分析 571

第三节 讨论 580

第四节 软件 580

参考文献 580

第二十四章 用新一代测序技术的转录组分析&李婧翌 黄海艳 钱敏平 张学工 584

第一节 引言 584

第二节 序列数据产生的综述 585

第三节 讨论 592

参考文献 594

第二十五章 人类种群遗传结构&唐华 唐鲲 599

第一节 引言 599

第二节 量化群体结构 601

第三节 人群结构的经验数据 605

第四节 近期的遗传混合 607

第五节 遗传关联研究中的种群结构和混淆情况 608

第六节 结束语 610

参考文献 610

第二十六章 全基因组关联研究中的数据整合方法&孙宁 赵宏宇 伍亚舟 易东 614

第一节 引言 614

第二节 GWAS分析中不同的数据类型 615

第三节 整合不同数据类型的统计方法 617

第四节 讨论 620

参考文献 621

第四篇 通用的概率统计理论与方法 627

第二十七章 统计因果推断&耿直 627

第一节 引言 627

第二节 Yule-Simpson悖论 628

第三节 因果推断的反事实模型 629

第四节 混杂偏倚与混杂因素 632

第五节 基于因果图的混杂因素的准则 640

第六节 多混杂因素 643

第七节 纵向研究的因果推断 644

第八节 小结 645

参考文献 645

第二十八章 生存分析&林丹瑜 赵国龙 648

第一节 引言 648

第二节 基本概念 648

第三节 生存分布的估计 649

第四节 计数过程理论 650

第五节 两样本统计 651

第六节 回归模型 651

第七节 Cox比例危险率模型 652

第八节 相乘性强度模型 653

第九节 回归模型诊断 654

第十节 Cox模型的替代模型 655

第十一节 多元失效时间资料 656

第十二节 结语 657

参考文献 658

第二十九章 纵向数据分析的回归模型&伍鸥 田欣 余启汾 吴密霞 663

第一节 引言 663

第二节 参数、半参数方法概述 669

第三节 变系数非参数模型 676

第四节 基于分布函数的非参数模型 693

第五节 结果自适应协变量的回归方法 701

参考文献 715

第三十章 核密度估计和非参数局部多项式回归&范剑青 李润泽 颜杰 720

第一节 引言 720

第二节 密度估计 720

第三节 局部多项式拟合 727

第四节 局部似然函数和局部部分似然函数 733

第五节 非参数拟合优度检验 739

第六节 其他应用 744

参考文献 749

第三十一章 非独立数据的统计分析方法&陈峰 754

第一节 常见的非独立数据实例 755

第二节 常见的非独立数据的组内相关结构 765

第三节 传统方法及其局限性 769

第四节 非独立数据的广义估计方程 774

第五节 非独立数据的多水平模型 778

第六节 组内相关系数的区间估计及抽样分布 786

第七节 非独立试验的样本含量及成本效益 790

参考文献 794

第三十二章 Bayes方法&陈明辉 叶可英 曹文君 徐勇勇 796

第一节 概述 796

第二节 后验推断 797

第三节 先验的选取 804

第四节 Bayes计算 812

第五节 Bayes非劣效临床试验设计 817

第六节 应用与实例 821

参考文献 835

第三十三章 合适的无先验概率推断及其在医学统计中的应用&Duncan Ermini Leaf Hyokun Yun 刘传海 李松 金华 844

第一节 引言 844

第二节 推断模型（IM） 846

第三节 条件推断模型和边际推断模型 850

第四节 受约束推断模型 853

第五节 选择推断 856

第六节 基于二项分布数据的推断 858

第七节 Meta分析：多正态均值问题 861

参考文献 865

第三十四章 随机过程及其在医学中的应用&李彩霞 方积乾 868

第一节 Markov链 868

第二节 Markov链的应用 874

第三节 一些特殊的Markov链 880

第四节 Markov链在统计计算中的应用——MCMC方法 886

第五节 基于Markov链的流行病传播模型 891

第六节 计数过程与生存资料回归模型 893

参考文献 897

第三十五章 时间序列中的缺失值填补和移动假日效应的调整&张晋昕 张熙 薛允莲 赵志 899

第一节 基于周期信息的时间序列缺失值填补方法 899

第二节 逐日观测序列移动假日效应的调整 909

参考文献 917

第三十六章 树形法&张和平 宇传华 919

第一节 前言 919

第二节 CART的基本知识 919

第三节 生存树 923

第四节 多元反应变量的分类树 925

第五节 结束语 927

参考文献 927

第三十七章 BP神经网络模型简介&夏结来 唐启义 930

第一节 神经网络简介 930

第二节 BP神经网络 931

第三节 DPS数据处理系统操作步骤 933

第四节 应用实例 934

第五节 基于遗传算法的人工神经网络 936

第六节 未来发展之预测 939

参考文献 940