当前位置:首页 > 医药卫生
医学遗传学数据库资源利用实例教程
医学遗传学数据库资源利用实例教程

医学遗传学数据库资源利用实例教程PDF电子书下载

医药卫生

  • 电子书积分:9 积分如何计算积分?
  • 作 者:赵佳,朱玉琢,刘冰译
  • 出 版 社:长春:吉林大学出版社
  • 出版年份:2012
  • ISBN:9787560194721
  • 页数:157 页
图书介绍:本书从实际应用的角度、以具体案例的形式描述了利用NCBI、UCSC、CGAP、KEGG、HapMap等生物信息学数据库完成遗传信息检索、挖掘的常用方法。本书包含三部分内容。第一部分,基因信息检索篇,介绍如何查找基因的DNA、mRNA、cDNA、蛋白质序列,查找基因启动子、内含子、外显子和启动子CpG岛序列,查找目的基因位点、邻近的基因、对应的BAC克隆和标签SNPs,查找序列标签位点已经公布的引物序列。第二部分,基因功能挖掘篇,介绍如何利用CGAP数据库筛选肿瘤关联基因、进行肿瘤基因表达的系列分析,利用GEO数据库挖掘差异表达基因,利用KEGG查找代谢途径、涉及的酶、酶作用的化合物以及同源基因,此外还介绍如何挖掘基因的相互作用基因以及对基因集进行富集分析。第三部分,常见生物信息学方法应用篇,介绍PubMed文献检索方法,如何进行核酸、蛋白质的序列比对,以及利用Primer Premier 5.0和Oligo6.0等工具完成引物设计。全书包括23个应用案例,每个案例均给出了检索、挖掘的目标和具体操作过程,可供读者自行测练和学习使用。
《医学遗传学数据库资源利用实例教程》目录

第一部分 基因信息检索篇 1

案例一 应用NCBI查找BRCA1肿瘤抑制基因DNA、mRNA、cDNA、蛋白质序列 1

案例二 应用NCBI查找BRCA1位点、邻近区域的基因 7

案例三 应用UCSC查找ERBB2基因启动子、内含子、外显子序列和启动子CpG岛 12

案例四 运用UCSC和NCBI查找已经公布的STS引物序列 20

案例五 比较基因组杂交微阵列用肿瘤关联基因BRCA1对应BAC克隆的检索与选择 26

案例六 利用HapMap Project检索BRCA1标签SNPs 29

第二部分 基因功能挖掘篇 41

案例七 利用肿瘤基因组解剖工程(CGAP)数据库筛选乳腺癌比较基因组杂交微阵列用关联基因 41

案例八 利用CGAP数据库完成乳腺癌基因表达的系列分析 46

案例九 利用GEO数据库挖掘乳腺癌差异表达基因 54

案例十 利用KEGG PATHWAY数据库检索G6PD酶涉及的代谢途径,编码酶的基因序列(NT seq)和蛋白序列(AA seq) 61

案例十一 利用KEGG PATHWAY数据库检索蛋白酶参与的代谢 69

案例十二 利用KEGG数据库查询G6PD基因的同源基因 71

案例十三 利用KEGG中的LinkDB查询Pentose phosphate pathway循环中涉及的所有的酶 76

案例十四 人类的Pentose phosphate pathway中G6PD酶有多少化合物与其发生作用 78

案例十五 利用Gene Set Analysis Toolkit V2对基因集进行富集分析 80

案例十六 使用ToppGene Suite对GNAS基因相互作用基因检索 90

第三部分 常见生物信息学方法应用篇 95

案例十七 NCBI应用之PubMed文献检索 95

案例十八 运用BLAST进行核酸序列的同源性分析 108

案例十九 蛋白质氨基酸序列的同源性分析 117

案例二十 BLAST完成不同物种蛋白质序列比对 124

案例二十一 Primer-BLAST检验引物特异性基因序列比对 133

案例二十二 PrimerPremier 5.0引物设计说明 137

案例二十三 Oligo 6.0软件引物设计的使用说明 144

主要参考文献 155

相关图书
作者其它书籍
返回顶部