生物信息学应用教程PDF电子书下载

第1章 绪论 1

1.1 生物信息学的概念及研究对象 1

1.2 生物信息学的研究内容 1

1.3 生物信息学的应用 3

本章小结 3

思考题 3

推荐阅读书目 4

第2章 生物信息学相关的生物学基础 5

2.1 核酸化学 5

2.1.1 概述 5

2.1.2 核酸的化学组成 6

2.1.3 核酸的分子结构 7

2.2 蛋白质化学 11

2.2.1 概述 11

2.2.2 蛋白质的化学组成 12

2.2.3 蛋白质的结构单位——氨基酸 12

2.2.4 蛋白质的结构 16

2.2.5 蛋白质的变性与复性 20

本章小结 20

思考题 21

推荐阅读书目 21

第3章 生物信息学数据库 22

3.1 生物信息数据库的发展简史 22

3.2 核酸序列数据库 25

3.2.1 GenBank数据库 26

3.2.2 EMBL数据库 33

3.2.3 DDBJ数据库 34

3.3 蛋白质序列数据库 34

3.3.1 PIR数据库 35

3.3.2 UniProt数据库 36

3.4 生物大分子结构数据库 39

3.4.1 PDB 39

3.4.2 MMDB 40

3.4.3 SWISS-MODEL 40

3.5 其他生物分子数据库 41

3.5.1 dbSNP 41

3.5.2 NONCODE 41

3.5.3 miRBase 42

3.5.4 Ensembl 42

3.5.5 UCSC Genome Browser 43

3.5.6 ExPASy 43

本章小结 43

思考题 44

推荐阅读书目 44

第4章 数据库查询 45

4.1 NCBI数据库查询系统Entrez 45

4.1.1 NCBI简介 45

4.1.2 NCBI数据库 45

4.1.3 Entrez简介 51

4.1.4 Entrez查询 52

4.2 EBI数据库查询系统SRS 64

4.2.1 EBI简介 64

4.2.2 EBI数据库 65

4.2.3 SRS简介 65

4.2.4 SRS查询 67

本章小结 72

思考题 72

推荐阅读书目 72

第5章 序列比对与数据库相似性搜索 73

5.1 概述 73

5.1.1 序列比对的概念 73

5.1.2 序列比对的主要用途 74

5.2 序列比对的打分系统 74

5.2.1 替换矩阵 75

5.2.2 空位罚分 76

5.3 序列比对的算法 77

5.3.1 双序列比对算法 78

5.3.2 多序列比对算法 80

5.4 双序列比对及基本操作 80

5.4.1 双序列比对简介 80

5.4.2 双序列比对工具 80

5.4.3 双序列比对工具的使用 81

5.5 多序列比对及基本操作 87

5.5.1 多序列比对简介 87

5.5.2 多序列比对工具 88

5.5.3 多序列比对工具——Clustal软件的使用 88

5.6 数据库相似性搜索——BLAST 101

5.6.1 BLAST概述 101

5.6.2 BLAST搜索工具 102

5.6.3 BLAST搜索数据库 104

5.6.4 BLAST搜索步骤 105

5.6.5 BLAST搜索实例分析 108

本章小结 111

思考题 111

推荐阅读书目 111

第6章 DNA序列分析 112

6.1 核酸序列组成成分分析 112

6.2 限制性内切酶酶切位点分析 114

6.3 重复序列分析 120

6.4 基因结构分析 125

6.4.1 开放阅读框的识别 125

6.4.2 启动子及转录因子结合位点分析 131

6.4.3 CpG岛 136

6.4.4 转录终止位点分析 139

6.5 序列同源性分析 140

本章小结 144

思考题 144

推荐阅读书目 144

第7章 蛋白质序列分析 145

7.1 蛋白质一级结构分析 145

7.2 蛋白质二级结构分析 148

7.3 蛋白质三级结构分析 150

7.4 蛋白质功能预测 154

本章小结 154

思考题 154

推荐阅读书目 154

第8章 生物信息学软件及其使用 155

8.1 引物设计软件 155

8.2 综合序列分析软件 159

8.2.1 建立新序列 159

8.2.2 PCR引物设计 163

8.2.3 ORF分析 164

8.2.4 序列翻译 165

8.2.5 限制性内切酶分析 166

8.2.6 序列比对分析 167

8.2.7 蛋白质基本组成分析 170

本章小结 171

思考题 171

推荐阅读书目 172

第9章 文献信息检索 173

9.1 学术搜索引擎 173

9.1.1 Google Scholar 173

9.1.2 SCIRUS 174

9.2 文摘数据库检索 177

9.2.1 NCBI-PubMed 177

9.2.2 BIOSIS Previews 189

9.2.3 国际三大农业文摘数据库 192

9.3 全文数据库检索 193

9.3.1 综合类全文数据库 194

9.3.2 期刊全文数据库 198

9.3.3 维普期刊全文数据库 203

9.3.4 学位论文全文数据库 204

9.4 引文数据库检索 205

9.4.1 数据库组成 205

9.4.2 检索方式 206

9.4.3 文献管理与分析功能 210

本章小结 211

思考题 212

推荐阅读书目 212

第10章 Endnote X4参考文献管理软件 213

10.1 Endnote X4的主要功能 213

10.2 EndnoteX4数据库的建立 213

10.2.1 Endnote X4主程序简介 213

10.2.2 文献资料库的建立 214

10.2.3 将文献信息导入Endnote文献库 216

10.3 Endnote数据库的管理 219

10.3.1 文献库显示方式的更改 219

10.3.2 更改文献排列顺序 219

10.4 Endnote数据库的应用 220

10.4.1 在Microsoft Word2003中使用Endnote编辑制作参考文献 220

10.4.2 下载新增引用文献格式 221

10.4.3 修改参考文献引用格式 221

10.4.4 CNKI数据导入 224

本章小结 228

思考题 228

推荐阅读书目 228

参考文献 229