R语言编程艺术PDF电子书下载

第1章 快速入门 1

1.1 怎样运行R 1

1.1.1 交互模式 1

1.1.2 批处理模式 2

1.2 第一个R会话 3

1.3 函数入门 5

1.3.1 变量的作用域 7

1.3.2 默认参数 8

1.4 R语言中一些重要的数据结构 8

1.4.1 向量，R语言中的战斗机 8

1.4.2 字符串 9

1.4.3 矩阵 9

1.4.4 列表 10

1.4.5 数据框 12

1.4.6 类 12

1.5 扩展案例：考试成绩的回归分析 13

1.6 启动和关闭R 16

1.7 获取帮助 17

1.7.1 help()函数 18

1.7.2 example()函数 18

1.7.3 如果你不太清楚要查找什么 19

1.7.4 其他主题的帮助 20

1.7.5 批处理模式的帮助 21

1.7.6 互联网资源 21

第2章 向量 22

2.1 标量、向量、数组与矩阵 22

2.1.1 添加或删除向量元素 22

2.1.2 获取向量长度 23

2.1.3 作为向量的矩阵和数组 24

2.2 声明 24

2.3 循环补齐 25

2.4 常用的向量运算 26

2.4.1 向量运算和逻辑运算 26

2.4.2 向量索引 27

2.4.3 用：运算符创建向量 28

2.4.4 使用seq()创建向量 28

2.4.5 使用rep()重复向量常数 29

2.5 使用all()和any() 30

2.5.1 扩展案例：寻找连续出现1的游程 30

2.5.2 扩展案例：预测离散值时间序列 31

2.6 向量化运算符 34

2.6.1 向量输入，向量输出 34

2.6.2 向量输入，矩阵输出 36

2.7 NA与NULL值 37

2.7.1 NA的使用 37

2.7.2 NULL的使用 37

2.8 筛选 38

2.8.1 生成筛选索引 38

2.8.2 使用subset()函数筛选 40

2.8.3 选择函数which() 40

2.9 向量化的ifel.se()函数 41

2.9.1 扩展案例：度量相关性 42

2.9.2 扩展案例：对鲍鱼数据集重新编码 44

2.10 测试向量相等 46

2.11 向量元素的名称 47

2.12 关于c()的更多内容 48

第3章 矩阵和数组 49

3.1 创建矩阵 49

3.2 一般矩阵运算 50

3.2.1 线性代数运算 50

3.2.2 矩阵索引 51

3.2.3 扩展案例：图像操作 52

3.2.4 矩阵元素筛选 55

3.2.5 扩展案例：生成协方差矩阵 57

3.3 对矩阵的行和列调用函数 58

3.3.1 使用apply()函数 58

3.3.2 扩展案例：寻找异常值 60

3.4 增加或删除矩阵的行或列 61

3.4.1 改变矩阵的大小 61

3.4.2 扩展案例：找到图中距离最近的一对端点 63

3.5 向量与矩阵的差异 65

3.6 避免意外降维 66

3.7 矩阵的行和列的命名问题 68

3.8 高维数组 68

第4章 列表 71

4.1 创建列表 71

4.2 列表的常规操作 72

4.2.1 列表索引 72

4.2.2 增加或删除列表元素 73

4.2.3 获取列表长度 75

4.2.4 扩展案例：文本词汇索引 75

4.3 访问列表元素和值 78

4.4 在列表上使用apply系列函数 79

4.4.1 lapply()和sapply()的使用 79

4.4.2 扩展案例：文本词汇索引（续） 80

4.4.3 扩展案例：鲍鱼数据 82

4.5 递归型列表 83

第5章 数据框 85

5.1 创建数据框 85

5.1.1 访问数据框 85

5.1.2 扩展案例：考试成绩的回归分析（续） 86

5.2 其他矩阵式操作 87

5.2.1 提取子数据框 87

5.2.2 缺失值的处理 88

5.2.3 使用rbind()和cbind()等函数 89

5.2.4 使用apply() 90

5.2.5 扩展案例：工资研究 90

5.3 合并数据框 92

5.4 应用于数据框的函数 95

5.4.1 在数据框上应用lapply()和sapply()函数 95

5.4.2 扩展案例：应用Logistic模型 95

5.4.3 扩展案例：学习中文方言的辅助工具 96

第6章 因子和表 102

6.1 因子与水平 102

6.2 因子的常用函数 103

6.2.1 tapply函数 103

6.2.2 split()函数 105

6.2.3 by()函数 106

6.3 表的操作 107

6.3.1 表中有关矩阵和类似数组的操作 109

6.3.2 扩展案例：提取子表 111

6.3.3 扩展案例：在表中寻找频数最大的单元格 113

6.4 其他与因子和表有关的函数 114

6.4.1 aggregate()函数 115

6.4.2 cut()函数 115

第7章 R语言编程结构 116

7.1 控制语句 116

7.1.1 循环 116

7.1.2 对非向量集合的循环 119

7.1.3 if-else结构 120

7.2 算术和逻辑运算符及数值 121

7.3 参数的默认值 122

7.4 返回值 123

7.4.1 决定是否显式调用return() 124

7.4.2 返回复杂对象 124

7.5 函数都是对象 124

7.6 环境和变量作用域的问题 127

7.6.1 顶层环境 127

7.6.2 变量作用域的层次 128

7.6.3 关于ls()的进一步讨论 131

7.6.4 函数（几乎）没有副作用 131

7.6.5 扩展案例：显示调用框的函数 132

7.7 R语言中没有指针 134

7.8 向上级层次进行写操作 136

7.8.1 利用超赋值运算符对非局部变量进行写操作 136

7.8.2 用assign()函数对非局部变量进行写操作 137

7.8.3 扩展案例：用R语言实现离散事件仿真 138

7.8.4 什么时候使用全局变量 145

7.8.5 闭包 147

7.9 递归 148

7.9.1 Quickso rt的具体实现 149

7.9.2 拓展举例：二叉查找树 150

7.10 置换函数 155

7.10.1 什么是置换函数 155

7.10.2 扩展案例：可记录元素修改次数的向量类 156

7.11 写函数代码的工具 158

7.11.1 文本编辑器和集成开发环境 158

7.11.2 edit()函数 158

7.12 创建自己的二元运算符 159

7.13 匿名函数 159

第8章 数学运算与模拟 161

8.1 数学函数 161

8.1.1 扩展例子：计算概率 161

8.1.2 累积和与累积乘积 162

8.1.3 最小值和最大值 162

8.1.4 微积分 163

8.2 统计分布函数 164

8.3 排序 165

8.4 向量和矩阵的线性代数运算 166

8.4.1 扩展示例：向量叉积 169

8.4.2 扩展示例：确定马尔科夫链的平稳分布 170

8.5 集合运算 171

8.6 用R做模拟 173

8.6.1 内置的随机变量发生器 173

8.6.2 重复运行时获得相同的随机数流 175

8.6.3 扩展案例：组合的模拟 175

第9章 面向对象的编程 177

9.1 S3类 177

9.1.1 S3泛型函数 177

9.1.2 实例：线性模型函数lm()中的OOP 178

9.1.3 寻找泛型函数的实现方法 179

9.1.4 编写S3类 181

9.1.5 使用继承 182

9.1.6 扩展示例：用于存储上三角矩阵的类 183

9.1.7 扩展示例：多项式回归程序 187

9.2 S4类 191

9.2.1 编写S4类 191

9.2.2 在S4类上实现泛型函数 193

9.3 S3类和S4类的对比 193

9.4 对象的管理 194

9.4.1 用ls()函数列出所有对象 194

9.4.2 用rm()函数删除特定对象 194

9.4.3 用save()函数保存对象集合 195

9.4.4 查看对象内部结构 196

9.4.5 exists()函数 197

第10章 输入与输出 198

10.1 连接键盘与显示器 198

10.1.1 使用scan()函数 198

10.1.2 使用readline()函数 200

10.1.3 输出到显示器 201

10.2 读写文件 202

10.2.1 从文件中读取数据框或矩阵 202

10.2.2 读取文本文件 203

10.2.3 连接的介绍 203

10.2.4 扩展案例：读取PUMS普查数据 204

10.2.5 通过URL在远程计算机上访问文件 208

10.2.6 写文件 209

10.2.7 获取文件和目录信息 210

10.2.8 扩展案例：多个文件内容的和 211

10.3 访问互联网 211

10.3.1 TCPIP概述 212

10.3.2 R中的socket 212

10.3.3 扩展案例：实现R的并行计算 213

第11章 字符串操作 216

11.1 字符串操作函数概述 216

11.1.1 grep() 216

11.1.2 nchar() 216

11.1.3 paste() 217

11.1.4 sprintf() 217

11.1.5 substr() 217

11.1.6 strsplit() 217

11.1.7 regexp r() 218

11.1.8 gregexpr() 218

11.2 正则表达式 218

11.2.1 扩展案例：检测文件名的后缀 219

11.2.2 扩展案例：生成文件名 220

11.3 在调试工具edtdbg中使用字符串工具 221

第12章 绘图 224

12.1 创建图形 224

12.1.1 基础图形系统的核心：plot()函数 224

12.1.2 添加线条：abline()函数 225

12.1.3 在保持现有图形的基础上新增一个绘图窗口 226

12.1.4 扩展案例：在一张图中绘制两条密度曲线 227

12.1.5 扩展案例：进一步考察多项式回归 228

12.1.6 添加点：points()函数 231

12.1.7 添加图例：legend()函数 231

12.1.8 添加文字：text()函数 232

12.1.9 精确定位：locator()函数 232

12.1.10 保存图形 233

12.2 定制图形 233

12.2.1 改变字符大小：cex选项 233

12.2.2 改变坐标轴的范围：xlim和ylim选项 234

12.2.3 添加多边形：polygon()函数 235

12.2.4 平滑散点：lowess()和loess()函数 236

12.2.5 绘制具有显式表达式的函数 237

12.2.6 扩展案例：放大曲线的一部分 237

12.3 将图形保存到文件 240

12.3.1 R图形设备 240

12.3.2 保存已显示的图形 241

12.3.3 关闭R图形设备 241

12.4 创建三维图形 241

第13章 调试 243

13.1 调试的基本原则 243

13.1.1 调试的本质：确认原则 243

13.1.2 从小处着手 243

13.1.3 模块化的、自顶向下的调试风格 244

13.1.4 反漏洞 244

13.2 为什么要使用调试工具 244

13.3 使用R的调试工具 245

13.3.1 利用debug()和browser()函数进行逐步调试 245

13.3.2 使用浏览器命令 246

13.3.3 设置断点 246

13.3.4 使用trace()函数进行追踪 247

13.3.5 使用traceback()和debugger()函数对崩溃的程序进行检查 248

13.3.6 扩展案例：两个完整的调试会话 248

13.4 更方便的调试工具 256

13.5 在调试模拟数据的代码时请确保一致性 258

13.6 语法和运行时错误 258

13.7 在R上运行GDB 259

第14章 性能提升：速度和内存 260

14.1 编写快速的R代码 260

14.2 可怕的for循环 260

14.2.1 用向量化提升速度 261

14.2.2 扩展案例：在蒙特卡罗模拟中获得更快的速度 262

14.2.3 扩展案例：生成幂次矩阵 266

14.3 函数式编程和内存问题 267

14.3.1 向量赋值问题 267

14.3.2 改变时拷贝 268

14.3.3 扩展案例：避免内存拷贝 269

14.4 利用Rprof()来寻找代码的瓶颈 270

14.4.1 利用Rprof()来进行监视 270

14.4.2 Rprof()的工作原理 271

14.5 字节码编译 273

14.6 内存无法装下数据怎么办 273

14.6.1 分块 274

14.6.2 利用R软件包来进行内存管理 274

第15章 R与其他语言的接口 275

15.1 编写能被R调用的CC++函数 275

15.1.1 R与CC+++交互的预备知识 275

15.1.2 例子：提取方阵的次对角线元素 275

15.1.3 编译和运行程序 276

15.1.4 调试RC程序 277

15.1.5 扩展案例：预测离散取值的时间序列 279

15.2 从Python调用R 281

15.2.1 安装RPy 281

15.2.2 RPy语法 282

第16章 R语言并行计算 284

16.1 共同外链问题 284

1 6.2 snow包简介 285

16.2.1 运行snow代码 285

16.2.2 分析snow代码 287

16.2.3 可以获得多少倍的加速 287

16.2.4 扩展案例：K均值聚类 288

16.3 借助于C 290

16.3.1 利用多核机器 291

16.3.2 扩展案例：利用OpenMP解决共同外链问题 291

16.3.3 运行OpenMP代码 292

16.3.4 OpenMP代码分析 293

16.3.5 其他OpenMP指令 293

16.3.6 GPU编程 294

16.4 普遍的性能考虑 295

16.4.1 开销的来源 295

16.4.2 简单并行程序，以及那些不简单的 296

16.4.3 静态和动态任务分配 297

16.4.4 软件炼金术：将一般的问题转化为简单并行问题 299

16.5 调试R语言并行计算的代码 299

附录A 安装R 300

附录B 安装和使用包 301