译者序 1
前言 1
本书使用说明 1
从序列到结果 1
第一章 从序列到结构 1
1-0 概述：蛋白质的功能和构造 2
1-1 氨基酸 4
1-2 基因和蛋白质 6
1-3 肽键 8
1-4 稳定折叠蛋白质的键 10
1-5 二级结构的重要性和决定因素 12
1-6 α螺旋的特征 14
1-7 β折叠的特征 16
1-8 二级结构的预测 18
1-9 折叠 20
1-10 三级结构 22
1-11 膜蛋白的结构 24
1-12 蛋白质稳定性：弱相互作用和柔韧性 26
1-13 蛋白质稳定性：翻译后修饰 28
1-14 蛋白质的域 30
1-15 蛋白质结构通则 32
1-16 蛋白质基序 34
1-17 α域和β域 36
1-18 α/β、α＋β和交联域 38
1-19 四级结构：一般原则 40
1-20 四级结构：分子间界面 42
1-21 四级结构：几何学 44
1-22 蛋白质的柔韧性 46
第二章 从结构到功能 49
2-0 概述：蛋白质功能的结构基础 50
2-1 识别、互补和活性位点 52
2-2 柔韧性和蛋白质功能 54
2-3 结合位点的位置 56
2-4 结合位点的性质 58
2-5 结构蛋白的功能特性 60
2-6 催化：概述 62
2-7 活性位点的几何学 64
2-8 邻近性和基态去稳定 66
2-9 稳定过渡态和排斥水 68
2-10 氧还反应 70
2-11 加成/消除、水解和脱羧 72
2-12 活性位点的化学 74
2-13 辅助因子 76
2-14 多步反应 78
2-15 多功能酶 80
2-16 具有通道的多功能酶 82
第三章 蛋白质功能的调控 85
3-0 概述：调节的机制 86
3-1 蛋白质相互作用域 88
3-2 定位调节 90
3-3 pH和氧化还原环境对蛋白质功能的调控 92
3-4 效应物配体：竞争性结合与协同效应 94
3-5 效应物配体：构象变化与别构效应 96
3-6 基于核苷酸水解反应的蛋白质开关 98
3-7 GTP酶开关：小信号G蛋白 100
3-8 GTP酶开关：异源三聚体G蛋白酶转导的信号 102
3-9 GTP酶开关：蛋白质合成 104
3-10 马达蛋白开关 106
3-11 受降解作用的调节 108
3-12 蛋白质功能的磷酸化调节 110
3-13 信号蛋白质激酶的调节：激活机制 112
3-14 信号蛋白质激酶的调节：Cdk的激活 114
3-15 细菌的双组分信号转导系统 116
3-16 蛋白酶水解的调控作用：蛋白质前体的激活 118
3-17 蛋白质剪接：通过内蛋白子自身酶解 120
3-18 糖基化 122
3-19 脂质修饰介导的蛋白质靶向 124
3-20 甲基化、N-乙酰化、SUMO化和亚硝基化 126
第四章 从顺序到功能：结构和功能基因组学中的案例分析 129
4-0 概述：在基因组学的时代背景下从顺序到功能 130
4-1 序列对位排列和比较 132
4-2 蛋白质特征集 134
4-3 从顺序推测功能 136
4-4 研究蛋白质功能的实验手段 138
4-5 趋异进化和趋同进化 140
4-6 从顺序到结构：同源模建 142
4-7 从顺序到结构：Profile-basedthreading方法和“Rosetta” 144
4-8 从结构预测功能：蛋白质超家族 146
4-9 确定结合位点的策略 148
4-10 确定催化残基的策略 150
4-11 TIM桶：一种结构，多种功能 152
4-12 PLP酶：多种功能，一种结构 154
4-13 兼职：多功能蛋白质 156
4-14 变色龙序列：一条序列，多种折叠方式 158
4-15 朊病毒、淀粉状蛋白和丝氨酸蛋白酶抑制剂：亚稳定的蛋白质折叠 160
4-16 从未研究过的基因的功能：半乳糖酸脱水酶 162
4-17 从零开始：一个功能未知的基因产物 164
第五章 结构测定 167
5-1 结构信息的解读 168
5-2 利用X射线晶体分析法和NMR法进行结构测定 170
5-3 晶体和NMR结构的质量及表述 172
参考文献 175
定义 183
索引 191