卷一玉石（上品）丹沙 3
云母 4
玉泉 5
石钟乳 6
涅石 7
消石 8
朴消 9
滑石 9
石胆 10
空青 11
曾青 12
禹余粮 12
太一余粮 13
白石英 14
紫石英 14
青石、赤石、黄石、白石、黑石脂 15
白青 16
扁青 16
草（上品）昌蒲 17
鞠华 18
人参 19
天门冬 20
甘草 21
干地黄 21
术 22
兔丝子 23
牛膝 24
充蔚子 25
女萎 25
防葵 26
茈胡 27
麦门冬 28
独活 29
车前子 30
木香 31
署豫 31
薏苡仁 32
泽泻 33
远志 34
龙胆 34
细辛 35
石斛 35
巴戟天 36
白英 36
白蒿 36
赤箭 37
奄闾子 38
析蓂子 39
蓍实 40
赤芝、黑芝、青芝、白芝、黄芝、紫芝 40
卷柏 42
蓝实 43
芎 43
蘼芜 44
黄连 45
络石 45
疾藜子 46
黄耆 47
肉松容 47
防风 48
蒲黄 49
香蒲 49
续断 50
漏芦 50
营实 51
天名精 51
决明子 52
丹参 53
茜根 53
飞廉 54
五味子 54
旋华 55
兰草 55
蛇床子 56
地肤子 57
景天 58
因陈 58
杜若 59
沙参 60
白兔藿 60
徐长卿 61
石龙刍 61
薇衔 62
云实 63
王不留行 63
升麻 64
青蘘 64
姑活 65
别羁 65
屈草 66
淮木 66
木（上品）牡桂 67
菌桂 68
松脂 68
槐实 68
枸杞 69
柏实 70
伏苓 70
榆皮 71
酸枣 72
檗木 72
干漆 73
五加皮 73
蔓荆实 74
辛夷 74
桑上寄生 75
杜仲 76
女贞实 76
木兰 77
蕤核 77
橘柚 78
人发髲 79
兽（上品）龙骨 79
麝香 80
牛黄 81
熊脂 81
白胶 81
阿胶 82
禽（上品）丹雄鸡 82
雁肪 83
虫鱼（上品）石蜜 84
蜂子 85
蜜蜡 86
牡蛎 86
龟甲 87
桑蜱蛸 87
海蛤 88
文蛤 88
蠡鱼 89
鲤鱼胆 89
果（上品）藕实茎 90
大枣 91
蒲萄 91
蓬蘽 92
鸡头实 93
米谷（上品）胡麻 93
麻蕡 94
菜（上品）冬葵子 96
苋实 96
瓜蒂 97
瓜子 97
苦菜 98
卷二玉石（中品）雄黄 100
石流黄 101
雌黄 102
水银 102
石膏 103
慈石 103
凝水石 104
阳起石 104
孔公孽 105
殷孽 105
铁精 105
理石 106
长石 106
肤青 106
草（中品）干姜 107
枲耳实 107
葛根 108
括楼根 109
苦参 109
当归 110
麻黄 110
通草 111
芍药 112
蠡实 113
瞿麦 114
元参 114
秦艽 115
百合 115
知母 116
贝母 117
白芷 117
淫羊藿 118
黄芩 119
狗脊 120
石龙芮 120
茅根 121
紫菀 121
紫草 122
败酱 122
白鲜 123
酸酱 123
紫参 124
藁本 124
石韦 125
萆薢 125
白薇 125
水萍 126
王瓜 127
地榆 127
海藻 128
泽兰 128
防己 129
款冬花 129
牡丹 130
马先蒿 131
积雪草 131
女菀 132
王孙 132
蜀羊泉 133
爵床 133
假苏 133
翘根 134
木（中品）桑根白皮 134
竹叶 135
吴茱萸 136
栀子 137
芜荑 137
枳实 138
厚朴 138
秦皮 139
秦椒 140
山茱萸 141
紫葳 141
猪苓 142
白棘 143
龙眼 143
松萝 144
卫矛 144
合欢 145
兽（中品）白马茎 145
鹿茸 146
牛角 146
羖羊角 146
牡狗阴茎 146
羚羊角 147
犀角 147
禽（中品）燕屎 148
天鼠屎 149
虫鱼（中品）猬皮 149
露蜂房 149
鳖甲 150
蟹 150
柞蝉 150
蛴螬 151
乌贼鱼骨 152
白僵蚕 153
鱼甲 153
樗鸡 154
活蝓 154
石龙子 155
木虻 156
蜚虻 156
蜚廉 156
虫 157
伏翼 158
果（中品）梅实 159
米谷（中品）大豆黄卷、生大豆、赤小豆 159
粟米 160
黍米 161
菜（中品）蓼实 161
葱实 162
薤 162
水苏 163
卷三玉石（下品）石灰 165
礜石 166
铅丹 167
粉锡 167
代赭 167
戎盐 168
白垩 169
冬灰 169
青琅玕 169
草（下品）附子 170
乌头 171
天雄 172
半夏 172
虎掌 173
鸢尾 174
大黄 174
亭历 175
桔梗 175
莨荡子 176
草蒿 177
旋复花 177
藜芦 178
钩吻 179
射干 179
蛇合 180
恒山 180
蜀漆 181
甘遂 182
白敛 182
青葙子 183
雚菌 183
白及 184
大戟 184
泽漆 185
茵芋 185
贯众 185
荛花 186
牙子 187
羊蹢躅 187
商陆 188
羊蹄 188
萹蓄 189
狼毒 190
白头翁 190
鬼臼 191
羊桃 191
女青 192
连翘 193
闾茹 193
乌韭 194
鹿藿 194
蚤休 195
石长生 195
陆英 195
荩草 196
牛扁 197
夏枯草 197
芫华 197
木（下品）巴豆 198
蜀椒 199
皂荚 200
柳华 200
楝实 201
郁李仁 201
莽草 202
雷丸 203
桐叶 204
梓白皮 204
石南 205
黄环 205
溲疏 206
鼠李 206
药实根 207
栾华 207
蔓椒 207
兽（下品）豚卵 208
麋脂 208
鼠 208
六畜毛蹄甲 209
虫鱼（下品）虾蟆 209
马刀 210
蛇蜕 211
蚯蚓 212
蠮螉 212
吴蚣 213
水蛭 213
班苗 214
贝子 214
石蚕 215
雀瓮 215
蜣螂 216
蝼蛄 216
马陆 217
地胆 218
鼠妇 218
荧火 219
衣鱼 220
木（下品）桃核仁 221
杏核仁 221
米谷（下品）腐婢 222
菜（下品）苦瓠 222
水斳 223
未详彼子 223
序例白字 224
《本草经》佚文 226
附《吴氏本草》十二条 229
附诸药制使 231
附《药对》主统之本 246