第一章 PCR程序与条件优化 1
第1节 PCR的理论知识 1
第2节 用超长PCR法从基因组DNA中扩增长片段 11
第3节 用Tub DNA聚合酶自少量基因组DNA扩增5kb以下的DNA序列 18
第4节 触减PCR或步减PCR法：一步优化 23
第5节 RT—PCR一步法克隆cDNA大片段 27
第二章 PCR产物的克隆 34
第1节 利用T4 DNA聚合酶产生可直接克隆的PCR产物 34
第2节 不需连接酶的快速亚克隆法 38
第3节 利用突出的T/A克隆PCR产物 44
第4节 应用Xcm Ⅰ酶切位点制备T载体 50
第5节 应用T连接子策略修饰和定向克隆PCR产物 55
第三章 突变、重组和体外选择 64
第1节 重组PCR介导的基因重组及定点突变 64
第2节 DNA的体外重组与突变：用重叠区扩增法进行基因拼接 69
第3节 应用PCR插入子对合成基因进行框架内克隆 74
第4节 用巨型引物PCR方法进行基因突变和基因融合 82
第5节 单个反应管内完成快速、有效的基因突变 86
第6节 用耐热连接酶制造突变 91
第7节 用三步PCR介导接头分区诱变 94
第8节 Flip-PCR介导序列倒置 97
第9节 SELEX组合分析——寻找高亲和力核酸配体的方法 99
第四章 相邻未知DNA的克隆 113
第1节 快速扩增cDNA末端：RACE策略 113
第2节 单侧特异性PCR扩增基因调控区 116
第3节 用末端修饰法扩增cDNA相邻序列和基因组片段 120
第4节向第一链cDNA 3′端锚着固定序列：在克隆稀有全长mRNA中的应用 129
第5节 用欢乐PCR法在DNA克隆内快速定向移行 138
第6节 反式PCR：克隆cDNA末端的有效方法 141
第7节 用锚着PCR从基因组文库中快速扩增基因末端 144
第8节 用外显子扩增法从酵母人工染色体（YAC）中分离外显子序列 147
第五章 文库构建与筛选 162
第1节 用磁珠和PCR方法自小量RNA构建cDNA文库 162
第2节 通过对cDNA群体的顺次细分法提高低丰余度cDNA的平均丰余度 169
第3节 用少量细胞构建cDNA文库 178
第4节 应用非放射性方法对重组文库进行快速筛选 184
第5节 用PCR筛选cDNA文库 189
第6节 用亚文库法对稀有克隆进行富集和筛选 190
第六章 PCR在差异显示和减法技术中的应用 201
第1节 用分子选择法对cDNA序列丰度进行正常化 201
第2节 用磁珠和PCR进行减法cDNA克隆 208
第3节 扣除cDNA的PCR更新法 218
第4节 应用PCR进行cDNA文库的差式筛选 228
第5节 用DDRT-PCR鉴定和克隆差异表达的基因 235
第6节 基因组扣除方案 243
第7节 DNA/RNA指纹图：任意引物PCR法（AP-PCR） 249
第七章 基因家族成员的克隆 265
第1节 用简并寡核苷酸引物和PCR克隆基因家族成员 265
第2节 具最低序列相似性的基因扩增：次黄核苷酸在简并引物中的应用 272
第3节 如何设计用于扩增基因家族中特定成员或亚群的PCR引物 276
第4节 根据统计学资料设计引物 282
附录1 DNA片段末端内切酶切割效率 290
附录2 不同物种对密码子使用的偏向性比较 292