第1章 Unix／Linux操作系统介绍 1
1.1远程登录 1
1.2文件的复制、删除和移动命令 6
1.3目录的创建、删除及更改目录命令 8
1.4文本查看命令 10
1.5文本处理命令 12
1.6改变文件或目录的权限命令 14
1.7备份与压缩命令 16
1.8磁盘及系统管理 18
1.9软件安装简介 20
1.10其他 20
第2章 数据的基本处理 22
2.1数据常用格式介绍 22
2.2测序原理介绍 32
2.3峰图转化（Phred ） 33
2.4文件转换（phd2fasta ） 40
2.5载体屏蔽（cross_match） 43
2.6序列聚类拼接 51
2.7 Consed 63
2.8引物设计（Primer3） 77
主要参考文献 82
第3章 序列的比对 83
3.1全局比对 85
3.2局部比对 105
主要参考文献 158
第4章 基因组／基因的注释 160
4.1重复序列分析 160
4.2 RNA分析 177
4.3基因预测 198
4.4基因功能注释 219
主要参考文献 229
第5章 SNP分析 231
5.1 Polyphred 232
5.2 SNPdetector 237
5.3 cross_match 244
主要参考文献 248
第6章 进化分析专题 249
6.1 Phylip 250
6.2 Paml 257
6.3 KaKs_ Calculator 263
6.4 FGF 270
6.5 MEGA 282
主要参考文献 286
第7章 基因表达分析专题 287
7.1 EST表达序列标签分析 287
7.2生物芯片分析 307
7.3 Motif预测 321
主要参考文献 341
第8章 蛋白质结构预测 343
8.1蛋白质结构知识介绍 343
8.2蛋白质结构预测方法 350
8.3蛋白质结构预测的Threading方法 350
8.4蛋白质三维结构预测流程介绍 351
主要参考文献 363