第1章 基本原理 3
系统生物学是生物学 3
系统生物学是建模 5
系统生物学是数据整合 9
系统生物学是一门有生机的科学 11
第2章 生物学概要 15
引言 15
生命的起源 15
细胞的分子生物学 18
结构细胞生物学 28
基因的表达 34
细胞周期 39
第3章 数学概要 43
引言 43
线性代数 43
常微分方程 50
差分方程 57
统计学 59
图和网络理论 75
随机过程 78
第4章 实验技术概要 82
引言 82
基本技术 82
高级技术 94
第5章 代谢 105
引言 105
酶动力学和热力学 107
代谢网络 120
代谢控制分析 132
第6章 信号转导 153
引言 153
细胞内和细胞间通讯的结构与功能 153
受体－配体相互作用 155
信号通路的结构组成 156
信号转导：动力学与调节特征 165
第7章 选取的生物学过程 171
引言 171
生物学振荡 171
细胞周期 177
衰老 182
第8章 基因表达建模 195
引言 195
基因表达建模 195
启动子识别 197
真核基因表达特定过程的建模 201
E.coli操纵子调控的建模 211
第9章 基因表达数据的分析 221
引言 221
数据获取 221
倍数变化分析 228
聚类算法 235
基因表达数据的验证 242
分类方法 246
反向工程遗传网络 250
第10章 进化和自组织 259
引言 259
准种和超循环 260
进化的其他数学模型 268
用最优原理预测生物系统 273
第11章 数据整合 282
引言 282
数据库网络 283
异质数据的信息度量 287
双边聚类 292
第12章 系统生物学展望 298
系统生物学：未来生物学研究和医学实践的核心 298
生物学研究在系统生物学阶段的实验设计 299
系统生物学时代的出版物 299
系统生物学和文本挖掘 299
医学中的系统生物学 300
药物研发中的系统生物学 300
食品生产和生物工程中的系统生物学 301
生态学中的系统生物学 301
系统生物学与纳米技术 301
指导新物种的设计 302
计算的局限性 302
潜在的危险 303
第13章 数据库和网络上的工具 307
引言 307
Gene Ontology 307
KEGG 309
BRENDA 311
NCBI的数据库 312
EBI的数据库 313
Swiss-Prot，TrEMBL和UniProt 314
Reactome 315
PDB 316
TRANSFAC和EPD 318
Genome Matrix 320
第14章 建模工具 324
引言 324
建模和可视化 324
模型交换语言，数据格式 342