目录 1
关于怎样使用手册 1
细菌在生物界中的地位 3
鉴定机制 7
细菌保藏介绍——模式菌株和新模式菌株的必要和要求 9
十九个部分的检索表 12
原核生物界 14
门Ⅰ蓝细菌 14
门Ⅱ细菌 15
目Ⅰ红螺菌目（Rhodospirillales） 16
第一部分 光能自养细菌 16
科Ⅰ红螺菌科（Rhodospirillaceae） 17
属Ⅰ红螺菌属（Rhodospirillum） 18
属Ⅱ红假单胞菌属（Rhodopseudomonas） 22
属Ⅲ红微菌属（Rhodomicrobium） 28
科Ⅱ着色菌科（Chromatiaceae） 30
属Ⅰ着色菌属（Chromatium） 31
属Ⅱ囊硫菌属（Thiocystis） 36
属Ⅲ八球硫菌属（Thiosarcina） 38
属Ⅳ硫螺旋菌属（Thiospirillum） 39
属Ⅴ荚硫菌属（Thiocapsa） 41
属Ⅵ闪囊菌属（Lamprocystis） 43
属Ⅶ网硫菌属（Thiodictyon） 44
属Ⅷ板硫菌属（Thiopedia） 45
属Ⅸ可变杆菌属（Amoebobacter） 46
属Ⅹ外硫红螺菌属（Ectothiorhodospira） 48
科Ⅲ绿菌科（Chlorobiaceae） 54
属Ⅰ绿菌属（Chlorobium） 55
属Ⅱ突柄绿菌属（Prosthecochloris） 59
属Ⅲ绿假单胞菌属（Chloropseudomonas） 60
属Ⅳ暗网菌属（Pelodictyon） 61
属Ⅴ格状绿菌属（Clathrochloris） 68
目Ⅰ粘细菌目（Myxobacterales） 81
第二部分 滑动细菌 81
科Ⅰ粘球菌科（Myxococcaceae） 84
属Ⅰ粘球菌属（Myxococcus） 85
科Ⅱ原囊菌科（Archangiaceae） 91
属Ⅰ原囊菌属（Archangium） 91
科Ⅲ孢囊杆菌科（Cystobacteraceae） 95
属Ⅰ孢囊杆菌属（Cystobacter） 96
属Ⅱ蜂窝囊菌属（Melittangium） 99
属Ⅲ标桩菌属（Stigmatella） 102
科Ⅳ多囊菌科（Polyangiaceae） 104
属Ⅰ多囊菌属（Polyangium） 105
属Ⅱ小囊菌属（Nannocystis） 110
属Ⅲ软骨霉状菌属（Chondromyces） 111
目Ⅱ噬纤维菌目（Cytophagales） 115
科Ⅰ噬纤维菌科（Cytophagaceae） 116
属Ⅰ噬纤维菌属（Cytophaga） 117
属Ⅱ屈挠杆菌属（Flexibacter） 123
属Ⅲ滑柱菌属（Herpetosiphon） 127
属Ⅳ柔发菌属（Flexithrix） 129
属Ⅴ腐败螺旋菌属（Saprospira） 130
属Ⅳ生孢噬纤维菌属（Sporocytophaga） 133
科Ⅱ贝日阿托氏菌科（Beggiatoaceae） 134
属Ⅰ贝日阿托氏菌属（Beggiatoa） 135
属Ⅱ透明颤菌属（Vitreoscilla） 137
属Ⅲ辫硫菌属（Thioploca） 139
科Ⅲ西蒙斯氏菌科（Simonsiellaceae） 140
属Ⅰ西蒙斯氏菌属（Simonsiella） 140
属Ⅱ小链菌属（Alysiella） 142
科Ⅵ亮发菌科（Leucotrichaceae） 143
属Ⅰ亮发菌属（Leucothrix） 144
属Ⅱ发硫菌属（Thiothrix） 145
位置不定的科和属 145
曲发菌属（Toxothrix） 145
无色菌属（Achromatium） 147
无色菌科（Achromatiaceae） 147
泥线菌科（Pelonemataceae） 148
属Ⅰ泥线菌属（Pelonema） 149
属Ⅱ无色线菌属（Achroonema） 150
属Ⅲ泥辫菌属（Peloploca） 154
属Ⅳ花丛菌属（Desmanthos） 155
第三部分 鞘细菌 157
球衣菌属（Sphaerotilus） 157
纤发菌属（Leptothrix） 159
软发菌属（Streptothrix） 163
利斯克氏菌属（Liesheella） 164
栅状发菌属（Phragmidiothrix） 165
泉发菌属（Crenothrix） 166
细枝发菌属（Clonothrix） 167
第四部分 生芽的和（或）有附属物的细菌 180
生丝微菌属（Hyphomicrobium） 181
生丝单胞菌属（Hyphomonas） 183
土微菌属（Pedomicrobium） 185
柄杆菌属（Caulobacter） 186
不粘柄菌属（Asticcacaulis） 190
臂微菌属（Ancalomicrobium） 191
突柄微菌属（Prosthecomicrobium） 192
枝硫菌属（Thiodendron） 193
巴斯德氏柄菌属（Pasteuria） 194
芽生杆菌属（Blastobacter） 195
塞里伯氏菌属（Seliberia） 196
嘉利翁氏菌属（Gallionella） 197
涅瓦河菌属（Nevskia） 199
浮霉状菌属（Planctomyces） 200
生金菌属（Metallogenium） 202
柄球菌属（Caulococcus） 204
库兹涅佐夫氏菌属（Kusnezovia） 205
科Ⅰ螺旋体科（Spirochaetaceae） 207
目Ⅰ螺旋体目（Spirochaetales） 207
第五部分 螺旋体菌 207
属Ⅰ螺旋体属（Spirochaeta） 208
属Ⅱ脊螺旋体属（Cristispira） 212
属Ⅲ密螺旋体属（Treponema） 216
属Ⅳ疏螺旋体属（包柔氏螺旋体属）（Borrelia） 229
属Ⅴ钩端螺旋体属（细螺旋体属）（Leptospira） 238
第六部分 螺旋状和弯曲的杆菌 245
科Ⅰ螺菌科（Spirillaceae） 245
属Ⅰ螺菌属（Spirillum） 245
属Ⅱ弯曲杆菌属（Campylobacter） 260
蛭弧菌属（Bdellovibrio） 267
位置不定的属 267
微环菌属（Microcyclus） 270
暗屈曲菌属（Pelosigma） 272
短弓菌属（Brachyarcus） 273
第七部分 革兰氏阴性好氧杆菌和球菌 274
科Ⅰ假单胞菌科（Pseudomonadaceae） 274
属Ⅰ假单胞菌属（Pseudomonas） 274
属Ⅱ黄单胞菌属（Xanthomonas） 313
属Ⅲ动胶菌属（Zoogloea） 323
属Ⅳ葡糖杆菌属（Gluconobacter） 325
科Ⅱ固氮菌科（Azotobacteraceae） 329
属Ⅰ固氮菌属（Azotobacter） 330
属Ⅱ氮单胞菌属（Azomonas） 332
属Ⅲ拜叶林克氏菌属（Beijerinckia） 333
属Ⅳ德克斯氏菌属（Derxia） 338
科Ⅲ根瘤菌科（Rhizobiaceae） 340
属Ⅰ根瘤菌属（Rhizobium） 341
属Ⅱ土壤杆菌属（Agrobacterium） 345
科Ⅳ甲基单胞菌科（Methylomonadaceae） 349
属Ⅰ甲基单胞菌属（Methylomonas） 350
属Ⅱ甲基球菌属（Methylococcus） 352
科Ⅴ盐杆菌科（Halobacteriaceae） 353
属Ⅰ盐杆菌属（Halobacterium） 354
属Ⅱ盐球菌属（Halococcus） 357
位置不定的属 359
产碱菌属（Alcaligenes） 359
醋杆菌属（Acetobacter） 362
布鲁氏菌属（Brucella） 366
博德特氏菌属（Bordetella） 371
弗朗西丝氏菌属（Francisella） 374
栖热菌属（Thermus） 376
第八部分 革兰氏阴性兼性厌氧杆菌 382
科Ⅰ肠杆菌科（Enterobacteriaceae） 382
属Ⅰ埃希氏菌属（Escherichia） 385
属Ⅱ爱德华氏菌属（Edwardsiella） 389
属Ⅲ柠檬酸细菌属（Citrobacter） 390
属Ⅳ沙门氏菌属（Salmonella） 392
属Ⅴ志贺氏菌属（Shigella） 442
属Ⅵ克雷伯氏菌属（Klebsiella） 446
属Ⅶ肠杆菌属（Enterobacter） 450
属Ⅷ哈夫尼菌属（Hafnia） 452
属Ⅸ沙雷氏菌属（Serratia） 453
属Ⅹ变形菌属（Proteus） 454
属Ⅺ耶尔森氏菌属（Yersinia） 458
属Ⅻ欧文氏菌属（Erwinia） 462
科Ⅱ弧菌科（Vibrionaceae） 474
属Ⅰ弧菌属（Vibrio） 475
属Ⅱ气单胞菌属（Aeromonas） 482
属Ⅲ邻单胞菌属（Plesiomonas） 487
属Ⅳ发光杆菌属（Photobacterium） 488
属Ⅴ射光杆菌属（Lucibacterium） 490
位置不定的属 491
发酵单胞菌属（Zymomonas） 491
色杆菌属（Chromobacterium） 493
黄杆菌属（Flavobacterium） 498
嗜血菌属（Haemophilus） 507
阴道嗜血菌（H．vaginalis） 514
巴斯德氏菌属（Pasteurella） 516
放线杆菌属（Actinobacillus） 521
心杆菌属（Cardiobacterium） 526
链杆菌属（Streptobacillus） 528
鞘杆菌属（Calymmatobacterium） 532
双小核草履虫（Parameciumauretia）的胞内细菌 533
第九部分 革兰氏阴性厌氧细菌 535
科Ⅰ拟杆菌科（Bacteroidaceae） 535
属Ⅰ拟杆菌属（Bacteroides） 535
属Ⅱ梭杆菌属（Fusobacterium） 561
属Ⅲ纤毛菌属（Leptotrichia） 576
脱硫弧菌属（Desulfovibrio） 579
亲缘关系未定的属 579
丁酸弧菌属（Butyrivibrio） 582
琥珀酸弧菌属（Succinivibrio） 584
琥珀酸单胞菌属（Succinimonas） 585
毛螺菌属（Lachnospira） 586
月形单胞菌属（Selenomonas） 587
第十部分 革兰氏阴性球菌和球杆菌 591
科Ⅰ奈瑟氏球菌科（Neisseriaceae） 591
属Ⅰ奈瑟氏球菌属（Neisseria） 591
属Ⅱ布兰汉氏球菌属（Branhamella） 598
属Ⅲ莫拉氏菌属（Moraxella） 599
属Ⅳ不动杆菌属（Acinetobacter） 604
位置不定的属 607
副球菌属（Paracoccus） 607
俊片菌属（Lampropedia） 609
第十一部分 革兰氏阴性厌氧球菌 615
科Ⅰ韦荣氏球菌科（Veillonellaceae） 615
属Ⅰ韦荣氏球菌属（Veillonella） 615
属Ⅱ氨基酸球菌属（Acidaminococcus） 618
属Ⅲ巨型球菌属（Megasphaera） 620
a．氧化氨或硝酸盐的细菌 622
科Ⅰ硝化杆菌科（Nitrobacteraceae） 622
第十二部分 革兰氏阴性化能自养细菌 622
属Ⅰ硝化杆菌属（Nitrobacter） 623
属Ⅱ硝化刺菌属（Nitrospina） 625
属Ⅲ硝化球菌属（Nitrococcus） 625
属Ⅳ亚硝化单胞菌属（Nitrosomonas） 626
属Ⅴ亚硝化螺菌属（Nitrosospira） 627
属Ⅵ亚硝化球菌属（Nitrosococcus） 628
属Ⅶ亚硝化叶菌属（Nitrosolobus） 630
b．代谢硫磺的细菌 631
属Ⅰ硫杆菌属（Thiobacillus） 631
属Ⅱ硫化叶菌属（Sulfolobus） 638
属Ⅲ硫小杆菌属（Thiobacterium） 639
属Ⅳ大单胞菌属（Macromonas） 640
属Ⅴ卵硫菌属（Thiovulum） 641
属Ⅵ硫螺菌属（Thiospira） 642
c．沉淀铁和镁氧化物的细菌 643
科Ⅰ鞘铁菌科（Siderocapsaceae） 643
属Ⅰ鞘铁菌属（Siderocapsa） 644
属Ⅱ瑙曼氏菌属（Naumanniella） 646
属Ⅲ赭菌属（Ochrobium） 647
属Ⅳ铁球菌属（Siderococcus） 648
第十三部分 产甲烷的细菌 652
科Ⅰ甲烷杆菌科（Methanobacteriaceae） 652
属Ⅰ甲烷杆菌属（Methanobacterium） 653
属Ⅱ甲烷八叠球菌属（Methanosarcina） 657
属Ⅲ甲烷球菌属（Methanococcus） 658
第十四部分 革兰氏阳性球菌 660
a．好氧和（或）兼性厌氧球菌 660
科Ⅰ微球菌科（Micrococcaceae） 660
属Ⅰ微球菌属（Micrococcus） 661
属Ⅱ葡萄球菌属（Staphylococcus） 667
属Ⅲ动性球菌属（Planococcus） 675
科Ⅱ链球菌科（Streptococcaceae） 677
属Ⅰ链球菌属（Streptococcus） 677
属Ⅱ明串珠菌属（Leuconostoc） 702
属Ⅲ片球菌属（Pediococcus） 707
属Ⅳ气球菌属（Aerococeus） 710
属Ⅴ孪生菌属（Cemella） 712
b．厌氧球菌 713
科Ⅲ消化球菌科（Peptococcaceae） 713
属Ⅰ消化球菌属（Peptococcus） 714
属Ⅱ消化链球菌属（Peptostreptococcus） 720
属Ⅲ瘤胃球菌属（Ruminococeus） 724
属Ⅵ八叠球菌属（Sarcina） 727
科Ⅰ芽孢杆菌科（Bacillaceae） 729
属Ⅰ芽孢杆菌属（Bacillus） 729
第十五部分 芽孢杆菌和球菌 729
属Ⅱ芽孢乳杆菌属（Sporolactobacillus） 759
属Ⅲ梭菌属（Clostridium） 760
属Ⅵ脱硫肠状菌属（Desulfotomaculum） 792
属Ⅴ芽孢八叠球菌属（Sporosarcina） 794
位置不定的属 795
颤螺菌属（Oscillospira） 795
第十六部分 革兰氏阳性不生芽孢的杆状细菌 797
科Ⅰ乳杆菌科（Lactobacillaceae） 797
属Ⅰ乳杆菌属（Lactobacillus） 797
利斯特氏菌属（Listeria） 822
位置不定的属 822
丹毒丝菌属（Erysipelothrix） 827
显核菌属（Caryophanon） 828
第十七部分 放线菌及其有关细菌类群 830
棒状菌群 830
属Ⅰ棒杆菌属（Corynebacterium） 833
a．人和动物的寄生菌和病原菌 833
b．植物致病性棒杆菌 845
c．非致病棒杆菌 853
属Ⅱ节杆菌属（Arthrobacter） 855
位置不定的属 865
属A短杆菌属（Brevibacterium） 865
属B微杆菌属（Microbacterium） 870
属Ⅲ纤维单胞菌属（Cellulomonos） 872
属Ⅳ库特氏菌属（Kurthia） 875
科Ⅰ丙酸杆菌科（Propionibacteriaceae） 876
属Ⅰ丙酸杆菌属（Propionibacterium） 877
属Ⅱ真杆菌属（Eubacterium） 888
目Ⅰ放线菌目（Actinomycetales） 910
科Ⅰ放线菌科（Actinomycetaceae） 912
属Ⅰ放线菌属（4ctinomyces） 913
属Ⅱ蛛网菌属（Arachnia） 923
属Ⅲ双歧杆菌属（Bifidobacterium） 926
属Ⅳ丝杆菌属（Bacterionema） 935
属Ⅴ罗氏菌属（Rothia） 939
科Ⅱ分枝杆菌科（Mycobacteriaceae） 941
属Ⅰ分枝杆菌属（Mycobacterium） 942
科Ⅲ弗兰克氏菌科（Frankiaceae） 969
属Ⅰ弗兰克氏菌属（Frankia） 970
科Ⅳ游动放线菌科（Actinoplanaceae） 976
属Ⅰ游动放线菌属（Actinoplanes） 978
属Ⅱ螺孢菌属（Spirillospora） 981
属Ⅲ链孢囊菌属（Streptosporangium） 982
属Ⅳ无定形孢囊菌属（Amorphosporangium） 989
属Ⅴ小瓶菌属（Ampullariella） 990
属Ⅵ发仙菌属（Pilimelia） 993
属Ⅶ游动单孢菌属（Planomonospora） 995
属Ⅷ游动双孢菌属（Planobispora） 997
属Ⅸ指孢囊菌属（Dactylosporangium） 998
属Ⅹ北里菌属（Kitasatoa） 999
科Ⅴ嗜皮菌科（Dermatophilaceae） 1000
属Ⅰ嗜皮菌属（Dermatophilus） 1001
属Ⅱ地嗜皮菌属（Geodermatophilus） 1002
科Ⅵ诺卡氏菌科（Nocardiaceae） 1005
属Ⅰ诺卡氏菌属（Nocardia） 1006
属Ⅱ假诺卡氏菌属（Pseudonocardia） 1035
科Ⅶ链霉菌科（Streptomycetaceae） 1037
属Ⅰ链霉菌属（Streptomyces） 1038
属Ⅱ链轮丝菌属（Streptoverticillium） 1161
属Ⅲ鱼孢菌属（Sporichthya） 1181
属Ⅳ小荚孢囊菌属（Microellobosporia） 1182
科Ⅷ小单孢菌科（Micromonosporaceae） 1185
属Ⅰ小单孢菌属（Micromonospcra） 1186
属Ⅱ高温放线菌属（Thermoactinomycea） 1198
属Ⅲ两歧放线菌属（Actinobifida） 1200
属Ⅳ高温单孢菌属（Thermomonospora） 1202
属Ⅴ小双孢菌属（Microbispora） 1204
属Ⅵ小多孢菌属（Micropolyspora） 1207
目Ⅰ立克次氏体目（Rickettsiales） 1228
第十八部分 立克次氏体 1228
科Ⅰ立克次氏体科（Rickettsiaceae） 1229
族Ⅰ立克次氏体族（Rickettsieae） 1229
属Ⅰ立克次氏体属（Rickettsia） 1230
属Ⅱ罗卡利马氏体菌属（Rochalimaea） 1238
属Ⅲ考克斯氏体属（Coxiella） 1239
族Ⅱ埃里希氏体族（Ehrlichieae） 1242
属Ⅳ埃里希氏体属（Ehrlichia） 1242
属Ⅴ考德里氏体属（Cowdria） 1245
属Ⅵ新立克次氏体属（Neorickettsia） 1246
族Ⅲ沃尔巴克氏体族（Wolbachieae） 1247
属Ⅶ沃尔巴克氏体属（Wolbachia） 1248
属Ⅷ共生小体属（Symbiotes） 1251
属Ⅸ蟑螂杆状体属（Blattabacterium） 1252
属Ⅹ立克次氏小体属（Rickettsiella） 1253
科Ⅱ巴尔通氏体科（Bartonellaceae） 1255
属Ⅰ巴尔通氏体属（Bartonella） 1256
属Ⅱ格拉汉氏体属（Grahamella） 1258
科Ⅲ无形体科（Anaplasmataceae） 1259
属Ⅰ无形体属（Anaplasma） 1260
属Ⅱ类无形体属（Paranaplasma） 1263
属Ⅲ埃及小体属（Aegyptianella） 1264
属Ⅵ血巴通氏菌属（Haemobartonella） 1265
属Ⅴ血虫体属（Eperythrozoon） 1268
目Ⅱ衣原体目（Chlamydiales） 1271
科Ⅰ衣原体科（Chlamydiaceae） 1271
属Ⅰ衣原体属（Chlamydia） 1272
第十九部分 枝原体（菌形体） 1283
柔膜体纲（Mollicutes） 1283
目Ⅰ枝原体目（Mycoplasmatales） 1284
科Ⅰ枝原体科（Mycoplasmataceae） 1284
属Ⅰ枝原体属（Mycoplasma） 1284
属Ⅰ无胆甾原体属（Acholeplasma） 1313
科Ⅱ无胆甾原体科（Acholeplasmataceae） 1313
归属未定的属 1318
热原体属（Thermoplasma） 1318
螺原体属（Spiroplasma） 1319
植物中的类枝原体 1321
附录 1323
菌种保藏机构目录 1323
术语汇编 1327
鉴定手册中所列有机体属的位置的检索表 1341
参考文献 1388
中名索引 1533
拉丁名索引 1553