第1章 R语言简介 3
1.1 平台 3
上篇 R语言 3
1.2 R语言的发展简史 4
1.3 R语言和统计学 5
1.4 运行R语言的环境及安装 6
1.5 交互式使用R语言 7
2.1 向量的赋值 12
2.2 向量的基本运算 12
第2章 R语言的基本数据结构 12
2.3 构造向量 13
2.4 逻辑向量 16
2.5 字符向量 18
2.6 复数向量 18
2.7 获取向量子集和修正向量子集 19
2.8 常量 21
第3章 R语言对象 22
3.1 对象的基本属性 23
3.2 改变对象的长度 24
3.3 获取对象的属性 25
3.4 获取对象类 26
第4章 分组因子 27
4.1 分组因子 27
4.2 聚集计算 28
4.3 排序 29
第5章 数组和矩阵 30
5.1 定义数组 30
5.2 数组子集操作 31
5.3 构造数组 33
5.4 数组计算 35
5.5 矩阵 37
5.6 数组矩阵合并 39
5.7 定义数组的操作 41
第6章 数据列表和数据单 43
6.1 数据列表 43
6.2 构造数据列表 44
6.3 数据列表操作 44
6.4 数据单 45
7.1 高级函数 48
第7章 导入导出数据 48
7.2 低级函数 50
7.3 命令台输入输出以及格式化 51
7.4 使用R语言内含的数据集 52
第8章 组合表达式和控制语句 54
8.1 组合表达式 54
8.2 控制语句 54
第9章 函数 60
9.1 排序的例子 60
9.3 参数名和参数缺省定义 62
9.2 定义新的操作符 62
9.4 ‘…’形式的参数（虚参） 63
9.5 函数和变量的作用范围 63
9.6 类、通用函数和面向对象 65
9.7 调试 67
9.8 操作符号的优先级 68
第10章 包 70
10.1 标准包 70
10.4 R语言中常用的包 71
10.3 包命名空间 71
10.2 扩展包和CRAN 71
第11章 R语言中的统计 73
11.1 R语言中的概率分布 73
11.2 从离散数据集分析概率分布特性 76
11.3 回归分析 80
第12章 图形函数 90
12.1 高级图形命令 90
12.2 低级图形函数 98
12.3 与图形进行交互 100
12.4 利用图形参数 101
12.5 图形参数列表 102
12.6 设备驱动 108
12.7 动态图形 111
下篇 Bioconductor及其应用 115
第13章 Bioconductor与DNA微阵列数据处理 115
13.1 Bioconductor简介 115
13.2 DNA微阵列 116
13.3 微阵列数据处理与分析 118
13.4 Bioconductor开发背景 126
13.5 Bioconductor各种包的分类介绍 131
第14章 Bioconductor的使用 140
14.1 Bioconductor的获取和安装 140
14.2 Bioconductor快速入门 143
14.3 Bioconductor应用实例 145
第15章 数据库访问 162
15.1 Rdbi软件包 162
15.2 RdbiPgSQL软件包 165
15.3 SAGElyzer软件包 167
第16章 图形及用户接口 174
16.1 widgetTools包 174
16.2 tkWidgets包 178
16.3 geneplotter包 180
16.4 hexbin包 185
16.5 limmaGUI包 186
16.6 affylmGUI包 188
16.7 webbioc包 188
17.1 graph包 190
第17章 图结构 190
17.2 RGBL包 200
17.3 Rgraphviz包 204
17.4 SNAData数据包 213
第18章 通用工具 214
18.1 reposTools包 214
18.2 Biobase包 222
18.3 Biostrings包 229
18.4 DynDoc包 236
18.5 Ruuid包 238
18.6 ctc包 239
18.7 convert包 240
18.8 Icens包 241
18.9 exprExternal和externalVector软件包 241
第19章 注释 242
19.1 annotate包 242
19.2 AnnBuilder包 247
19.3 Resourcer包 258
19.4 SNPtools包 261
19.5 Data packages包 262
第20章 基因本体学 263
20.1 goTools包 264
20.2 ontoTools包 267
20.3 GOstats包 276
第21章 微阵列数据预处理 284
21.1 affy包 284
21.2 affycomp包 297
21.3 affydata包 305
21.4 affypdnn包 309
21.5 affyPLM包 313
21.6 gcrma包 318
21.7 makecdfenv包 320
21.8 annaffy包 323
21.9 marray包 330
21.10 matchprobes包 343
21.11 vsn包 348
第22章 数据分析 351
22.1 daMA包 351
22.2 edd包 353
22.3 factDesign包 358
22.4 genefilter包 362
22.5 globaltest包 365
22.6 gpls包 371
22.7 multtest包 375
22.8 pamr包 381
22.9 MeasurementError.eor包 385
22.10 limma包 386
22.11 ROC包 393
22.12 siggenes包 396
22.13 splicegear包 404
22.14 RMAGEML包 407
第23章 微阵列比较基因组杂交 408
23.1 aCGH包 408
23.2 DNAcopy包 413
第24章 蛋白质组学 416
24.1 PROcess包 416
24.2 gpls包 420
24.3 apComplex包 420
主要参考文献 422
附录 R语言常用功能一览表 423