转化 10
超速离心法 11
杂交 22
指纹（蛋白质） 39
质粒载体基因克隆 45
筛选 46
影印培养法 46
λ噬菌体载体基因克隆 49
噬菌斑杂交 50
M13噬菌体载体基因克隆 51
黏粒载体基因克隆 51
噬菌粒载体基因克隆 52
cDNA克隆 53
寡核苷酸探针设计 53
cDNA末端快速扩增（RACE） 55
菌落杂交 55
切口平移 55
反转录PCR（RT-PCR） 56
聚合酶链式反应（PCR） 56
实时定量PCR 59
表达载体 60
亲和柱层析法 61
Ti载体基因克隆 64
杆状病毒表达载体 64
DMS足迹法 100
SELEX（指数级富集配体系统进化技术） 101
功能性SELEX 101
敲除小鼠 101
凝胶电泳（DNA） 69
SDS-PAGE（蛋白质） 71
脉冲场凝胶电泳（PFGE） 71
凝胶电泳（蛋白质） 71
等电聚焦 72
双向凝胶电泳 72
离子交换层析 73
凝胶过滤层析 73
放射性自显影 74
磷屏成像 75
液体闪烁计数 76
Southern印迹 77
DNA分型 78
DNA指纹 79
荧光原位杂交（FISH） 80
原位杂交 80
免疫印迹（Western印迹） 81
DNA测序（Sanger法） 82
限制性图谱 83
自动化DNA测序 83
定点诱变 87
Northern印迹 89
S1图谱定位 90
末端补平法 91
RNase作图（RNase保护分析） 92
引物延伸 92
截断转录 93
无G盒转录 93
斑点印迹 94
报告基因转录分析 94
连缀转录 94
滤膜结合分析（DNA-protein相互作用） 97
免疫沉淀法 97
DNase足迹法 98
凝胶阻滞分析 98
亲和标记 126
DNA-蛋白质交联 129
电泳检测DNA弯曲 160
X射线晶体学 198
表位附加法 221
接头分区突变 234
活性胶分析 331
染色质免疫沉淀（ChlP） 337
R环 350
RNA-RNA交联（与4-硫尿嘧啶） 360
RNA-RNA交联（与补骨脂素） 361
寡核苷酸指导的RNA降解 14 364
合成致死筛选法 375 酵母双杂交实验 376
酵母双杂交筛选 376
Far Western印迹 419
脉冲示踪标记 445
RNA干涉（RNAi） 451
RNA解旋酶 490
趾纹分析 494
停流装置动力学实验 528
通过蛋白质微测序设计探针 540
等位基因特异性RNAi 545
羟基自由基探针 547
CsCl密度梯度超速离心 580
DNA解旋酶分析 596
拓扑异构酶分析 599
蛋白质足迹法 639
图位克隆技术 704
外显子捕获 705
限制性片段长度多态性（RFLP） 705
酵母人工染色体基因克隆 714
细菌人工染色体基因克隆 715
可变数串联重复序列（VNTR） 716
微卫星序列 716
序列标签位点（STS） 716
表达序列标签（EST） 718
辐射杂种作图法 718
鸟枪法测序 718
DNA微阵列 729
DNA芯片 730
基因表达系列分析（SAGE） 733
噬菌体展示 746
第Ⅰ部分 导论第1章 分子生物学简史 1
1.1 传递遗传学 1
孟德尔的遗传定律 1
遗传的染色体理论 2
遗传重组和遗传图谱 3
重组的物理学证据 4
1.2 分子遗传学 4
DNA的发现 4
基因和蛋白质之间的关系 5
基因的活性 5
1.3 生命的3个领域 7
第2章 基因的分子特性 10
2.1 遗传物质的特性 10
细菌转化 10
多聚核苷酸的化学本质 13
2.2 DNA结构 15
实验背景 15
双螺旋 15
2.3 RNA基因 18
2.4 核酸的物理化学性质 19
DNA结构的多样性 19
不同大小和形状的DNA 22
第3章 基因功能简介 25
3.1 储存信息 25
基因表达的总体过程 25
蛋白质结构 26
蛋白质的功能 29
信使RNA的发现 31
转录 31
3.2 复制 38
3.3 突变 39
镰状细胞贫血病 39
第Ⅱ部分 分子生物学方法第4章 分子克隆方法 42
4.1 基因克隆 42
限制性内切核酸酶的作用 42
载体 45
用特异性探针鉴别特定的克隆 52
cDNA克隆 53
cDNA末端快速扩增 55
4.2 聚合酶链式反应 56
标准PCR 56
cDNA克隆中反转录PCR（RT-PCR）的应用 56
实时定量PCR 59
4.3 表达克隆基因的方法 59
表达载体 60
其他真核载体 64
利用Ti质粒将基因导入植物中 64
第5章 研究基因及基因活性的分子工具 69
5.1 分子的分离 69
凝胶电泳 69
双向凝胶电泳 72
离子交换层析 73
凝胶过滤层析 73
亲和层析 73
5.2 标记性示踪物 74
放射性自显影 74
磷屏成像 75
液体闪烁计数器 76
非放射性示踪剂 76
5.3 利用核酸杂交 77
Southern印迹：鉴定特异性DNA片段 77
DNA指纹技术和DNA分型 78
DNA指纹技术和DNA分型在法医学中的应用 79
Western印迹 81
DNA测序 81
限制性图谱 83
基于克隆基因的蛋白质工程：定点诱变 87
5.4 转录物的图谱定位与定量 89
Northern印迹 89
S1图谱定位 90
引物延伸 92
截断转录和无G盒转录 93
5.5 检测体内转录效率 94
核连缀转录分析 94
报告基因转录分析 94
体内蛋白质积累的检测 96
5.6 分析DNA-蛋白质的相互作用 97
过滤结合 97
凝胶阻滞 98
DNA酶足迹 98
DMS足迹法和其他足迹法 98
5.7 寻找与其他分子相互作用的RNA序列 101
SELEX 101
功能性SELEX 101
5.8 基因敲除 101
第Ⅲ部分 原核生物的转录第6章 细菌的转录装置 107
6.1 RNA聚合酶的结构 107
σ亚基是一种特异性因子 108
6.2 启动子 109
RNA聚合酶与启动子的结合 109
启动子结构 111
6.3 转录起始 112
σ因子的功能 113
σ因子的结构 120
α亚基在UP元件识别中的作用 123
6.4 延伸 125
核心酶在延伸过程中的作用 125
延伸复合体的结构 130
6.5 转录的终止 139
rho非依赖型终止 139
rho依赖型终止 143
第7章 操纵子：细菌转录的精细调控 148
7.1 lac操纵子 148
lac操纵子的负调控 149
操纵子的发现 150
阻遏物与操纵基因间的相互作用 153
阻遏机制 153
lac操纵子的正调控 157
CAP的作用机制 158
7.2 ara操纵子 161
ara操纵子的阻遏环 161
ara操纵子阻遏环的证据 162
araC的自主调节 166
7.3 trp操纵子 166
色氨酸在trp操纵子负调控中的作用 166
衰减作用对trp操纵子的调控 167
衰减作用的失效 167
7.4 核糖开关 170
第8章 细菌转录机制的主要改变 175
8.1 σ因子的转换 175
噬菌体感染 175
孢子形成 177
拥有多启动子的基因 179
σ因子的其他转换 179
8.2 T7噬菌体中所编码的RNA聚合酶 180
8.3 λ噬菌体感染E.coli 181
λ噬菌体的裂解繁殖 182
溶源态的建立 187
溶源期cI基因的自我调节 189
λ噬菌体感染后寄主命运的决定：裂解或溶源 192
溶源菌的诱导 194
第9章 细菌中DNA-蛋白质的相互作用 197
9.1 λ阻遏物家族 197
利用定点突变探测结合的专一性 197
高分辨率分析λ阻遏物-操纵基因相互作用 203
434噬菌体阻遏物-操纵基因相互作用的高分辨率分析 206
9.2 trp阻遏物 207
色氨酸的作用 207
9.3 对蛋白质-DNA相互作用的一般性认识 208
4个不同碱基对的氢键形成能力 208
多聚DNA结合蛋白的重要性 209
9.4 DNA结合蛋白：远程作用 210
Gal操纵子 210
重复的λ操纵基因 210
增强子 212
第Ⅳ部分 真核生物的转录第10章 真核生物的RNA聚合酶及其启动子 216
10.1 真核生物RNA聚合酶的多种形式 216
三类细胞核聚合酶的分离 216
三类RNA聚合酶的作用 217
RNA聚合酶亚基结构 219
10.2 启动子 232
Ⅱ类启动子 232
Ⅰ类启动子 236
Ⅲ类启动子 236
10.3 增强子与沉默子 239
增强子 239
沉默子 241
第11章 真核生物中的通用转录因子 245
11.1 Ⅱ类转录因子 245
Ⅱ类前起始复合物 245
TFⅡD的结构和功能 247
TFⅡB的结构和功能 257
TFⅡH的结构和功能 261
中介物复合物和RNA聚合酶Ⅱ全酶 265
延伸因子TFⅡS 266
11.2 Ⅰ类转录因子 269
核心结合因子 270
UPE结合因子 271
SL1的结构和功能 271
11.3 Ⅲ类转录因子 273
TFⅢA 273
TFⅢB和TFⅢC 274
TBP的作用 278
第12章 真核生物的转录激活因子 282
12.1 激活因子的类型 282
DNA结合域 282
转录激活域 283
12.2 激活因子内DNA结合模体的结构 283
锌指结构 283
GAL4蛋白 285
细胞核受体 286
同源结构域 287
亮氨酸拉链和螺旋-环-螺旋域 288
12.3 激活因子各结构域的独立性 290
12.4 激活因子的功能 291
TFⅡD的召集作用 292
聚合酶全酶的召集 292
12.5 激活因子间的相互作用 296
二聚化作用 296
远程作用 297
复合增强子 299
结构转录因子 300
隔离子 302
12.6 转录因子的调控 305
辅激活因子 305
激活因子的泛素化 309
激活因子的SUMO修饰 309
激活因子的乙酰化 310
信号转导途径 310
第13章 染色质结构及其对基因转录的影响 315
13.1 组蛋白 315
13.2 核小体 316
30nm纤丝 319
染色质折叠的更高级结构 321
13.3 染色质结构与基因活性 323
组蛋白对5S rRNA基因转录的影响 323
组蛋白对Ⅱ类基因转录的影响 324
核小体定位 327
组蛋白乙酰化 331
组蛋白去乙酰化 332
染色质重建 335
异染色质与沉默 342
核小体与转录的延伸 345
第Ⅴ部分 转录后加工第14章 mRNA加工Ⅰ：剪接 350
14.1 断裂基因 350
有关断裂基因的证据 350
RNA剪接 352
剪接信号 353
14.2 细胞核mRNA前体的剪接机制 354
分支中间体 354
分支点信号 356
剪接体 357
剪接体的组装及功能 369
定向、剪接位点的选择以及可变剪接 373
剪接的调控 383
14.3 RNA的自我剪接 385
Ⅰ类内含子 385
Ⅱ类内含子 390
第15章 mRNA加工Ⅱ：加帽和多聚腺苷酸化 394
15.1 加帽 394
帽子的结构 394
帽子的合成 396
帽子的功能 398
15.2 多聚腺苷酸化 399
poly（A） 399
poly（A）的功能 400
多聚腺苷酸化的基本机制 403
多聚腺苷酸化信号 404
前体mRNA的剪切和多聚腺苷酸化 406
多聚腺苷酸酶 413
poly（A）的更新 414
15.3 mRNA加工事件的协同运作 416
帽子对剪接的作用 416
poly（A）对剪接的作用 417
Rpb1的CTD与mRNA加工蛋白质的结合 418
RNA加工蛋白与CTD结合的变化与CTD磷酸化相关 419
转录终止与mRNA 3′端加工的偶联 423
终止的机制 424
多聚腺苷酸尾在mRNA转运中的作用 427
第16章 其他RNA的加工过程 431
16.1 核糖体RNA（rRNA）的加工 431
真核生物rRNA的加工 431
细菌rRNA的加工 434
16.2 转运RNA（tRNA）的加工 435
切开分离多顺反子前体 435
成熟5′端的形成 435
成熟3′端的形成 436
16.3 反式剪接 437
反式剪接机制 437
16.4 RNA编辑 439
RNA编辑的机制 440
核苷酸脱氨基化编辑 443
16.5 基因表达的转录后调控 444
酪蛋白mRNA的稳定性 444
转铁蛋白受体mRNA的稳定性 445
RNA干涉 451
microRNA和基因沉默 463
第Ⅵ部分 翻译第17章 蛋白质翻译机制Ⅰ：起始 471
17.1 细菌中翻译的起始 471
tRNA负载 471
核糖体的解离 472
30S起始复合物的形成 475
70S起始复合物的形成 481
细菌中的翻译起始总结 483
17.2 真核生物翻译的起始 484
起始的扫描模型 484
真核生物的起始因子 488
真核生物翻译起始概况 488
17.3 翻译起始的调控 496
细菌的翻译调控 496
真核生物的翻译调控 499
第18章 蛋白质翻译机制Ⅱ：延伸与终止 512
18.1 多肽链合成及mRNA翻译的方向 512
18.2 遗传密码子 514
非重叠性密码子 514
密码中无间隔 514
三联密码 515
破译密码 516
密码子与反密码子间的异常碱基配对 517
（几乎）通用的密码 519
18.3 延伸机制 520
延伸概述 520
核糖体的3位点模型 522
延伸步骤1：氨酰-tRNA与核糖体A位点的结合 524
延伸步骤2：肽键的形成 529
延伸步骤3：移位 532
GTP激酶和翻译 534
EF-Tu和EF-G的结构 535
18.4 翻译的终止 536
终止密码子 536
终止密码子的抑制 537
释放因子 538
异常终止的处理 541
利用终止密码子插入非寻常氨基酸 545
18.5 翻译后 546
新生蛋白质的折叠 546
核糖体从mRNA的释放 547
第19 章核糖体和转运RNA 552
19.1 核糖体 552
70S核糖体的精细结构 552
核糖体的组成 555
核糖体的组装 555
30S亚基的精细结构 557
50S亚基的精细结构 562
多聚核糖体 566
19.2 转运RNA 567
tRNA的发现 567
tRNA的结构 567
氨酰-tRNA合成酶对tRNA的识别：第二遗传密码 570
氨酰-tRNA合成酶的校正和编辑 575
第Ⅶ部分 DNA复制、重组和转座第20章 DNA复制Ⅰ：基本机制与酶学 579
20.1 DNA复制的一般特征 579
半保留复制 579
半不连续复制 580
DNA合成的引发 583
双向复制 585
单向复制 588
滚环复制 588
20.2 DNA复制的酶学 589
E.coli中的3种DNA聚合酶 589
复制保真性 593
真核生物的多种DNA聚合酶 594
链的分离 595
单链DNA结合蛋白 597
拓扑异构酶 598
20.3 DNA损伤与修复 601
碱基的烷基化修饰引起的DNA损伤 602
紫外线辐射引起的DNA损伤 603
γ射线及X射线引起的DNA损伤 603
DNA损伤的直接修复 604
切除修复 605
真核生物的双链断裂修复 611
错配修复 613
人类细胞错配修复系统的失效 613
未修复DNA损伤的处理 614
第21章 DNA复制Ⅱ：详细机制 622
21.1 复制的起始 622
E.coli DNA复制的引发 622
真核生物DNA复制的引发 624
21.2 延伸 628
复制的速度 628
polⅢ全酶与复制的进行性 629
21.3 复制的终止 642
解连接：解开缠绕的子代DNA分子 642
真核生物DNA复制的终止 644
第22章 同源重组 656
22.1 同源重组的RecBCD途径 657
22.2 RecBCD途径的实验证据 659
RecA 659
RecBCD 662
RuvA和RuvB 664
RuvC 667
22.3 减数分裂重组 669
减数分裂重组的机制：综述 669
双链DNA断裂 669
DSB处单链末端的生成 675
22.4 基因转换 676
第23章 转座 679
23.1 细菌转座子 679
细菌转座子的发现 679
插入序列：最简单的细菌转座子 679
更复杂的转座子 680
转座的机制 682
23.2 真核生物的转座子 684
第一例转座因子：玉米的Ds/Ac系统 684
P因子 686
23.3 免疫球蛋白基因的重排 686
重组信号 688
重组酶 689
V(D)J重组机制 689
23.4 反转录转座子 691
反转录病毒 691
反转录转座子 696
第Ⅷ部分 基因组第24章 基因组学、蛋白质组学和生物信息学 704
24.1 图位克隆：基因组学介绍 704
图位克隆的传统手段 704
鉴定与人类疾病相关的突变基因 706
24.2 基因组测序 711
人类基因组计划 714
用于大规模基因组计划的载体 714
逐步克隆策略 716
鸟枪法测序 718
测序的标准 719
人类基因组测序 719
其他脊椎动物基因组 725
最小的基因组 727
生命条形码 727
24.3 基因组学的应用 728
转录组学 728
基因组功能谱 736
单核苷酸多态性：药物基因组学 742
24.4 蛋白质组学 743
蛋白质分离 744
蛋白质分析 744
蛋白质的相互作用 745
24.5 生物信息学 748
从哺乳动物基因组中发现调控基序 748
如何使用数据库 750
分子生物学专业词汇表 756
参考文献 792
索引 810