分子生物学 原书第4版PDF电子书下载

转化 10

超速离心法 11

杂交 22

指纹（蛋白质） 39

质粒载体基因克隆　 45

筛选　 46

影印培养法　 46

λ噬菌体载体基因克隆　 49

噬菌斑杂交　 50

M13噬菌体载体基因克隆　 51

黏粒载体基因克隆　 51

噬菌粒载体基因克隆　 52

cDNA克隆　 53

寡核苷酸探针设计　 53

cDNA末端快速扩增（RACE）　 55

菌落杂交　 55

切口平移　 55

反转录PCR（RT-PCR）　 56

聚合酶链式反应（PCR）　 56

实时定量PCR 　 59

表达载体　 60

亲和柱层析法 　 61

Ti载体基因克隆　 64

杆状病毒表达载体　 64

DMS足迹法 　 100

SELEX（指数级富集配体系统进化技术）　 101

功能性SELEX 101

敲除小鼠 101

凝胶电泳（DNA） 　 69

SDS-PAGE（蛋白质） 　 71

脉冲场凝胶电泳（PFGE） 　 71

凝胶电泳（蛋白质） 　 71

等电聚焦 　 72

双向凝胶电泳 　 72

离子交换层析 　 73

凝胶过滤层析 　 73

放射性自显影 　 74

磷屏成像 　 75

液体闪烁计数 　 76

Southern印迹 　 77

DNA分型 　 78

DNA指纹 　 79

荧光原位杂交（FISH） 　 80

原位杂交 　 80

免疫印迹（Western印迹） 　 81

DNA测序（Sanger法） 　 82

限制性图谱 　 83

自动化DNA测序 　 83

定点诱变 　 87

Northern印迹 　 89

S1图谱定位 　 90

末端补平法 　 91

RNase作图（RNase保护分析） 　 92

引物延伸 　 92

截断转录 　 93

无G盒转录 　 93

斑点印迹 　 94

报告基因转录分析 　 94

连缀转录 　 94

滤膜结合分析（DNA-protein相互作用） 　 97

免疫沉淀法 　 97

DNase足迹法 　 98

凝胶阻滞分析 　 98

亲和标记 　 126

DNA-蛋白质交联 　 129

电泳检测DNA弯曲 　 160

X射线晶体学 　 198

表位附加法 　 221

接头分区突变 　 234

活性胶分析 　 331

染色质免疫沉淀（ChlP） 　 337

R环 　 350

RNA-RNA交联（与4-硫尿嘧啶） 360

RNA-RNA交联（与补骨脂素） 　 361

寡核苷酸指导的RNA降解 14 364

合成致死筛选法 　 375　酵母双杂交实验 　 376

酵母双杂交筛选 　 376

Far Western印迹 　 419

脉冲示踪标记 　 445

RNA干涉（RNAi） 　 451

RNA解旋酶 　 490

趾纹分析 　　 494

停流装置动力学实验 　 528

通过蛋白质微测序设计探针 　 540

等位基因特异性RNAi 　 545

羟基自由基探针 　 547

CsCl密度梯度超速离心 　 580

DNA解旋酶分析 　 596

拓扑异构酶分析 　 599

蛋白质足迹法 　 639

图位克隆技术 　 704

外显子捕获 　 705

限制性片段长度多态性（RFLP）　　 705

酵母人工染色体基因克隆 　 714

细菌人工染色体基因克隆 　 715

可变数串联重复序列（VNTR） 　 716

微卫星序列 　 716

序列标签位点（STS） 　 716

表达序列标签（EST） 　 718

辐射杂种作图法 　 718

鸟枪法测序 　 718

DNA微阵列 　 729

DNA芯片 　 730

基因表达系列分析（SAGE） 　 733

噬菌体展示 　 746

第Ⅰ部分　导论第1章　分子生物学简史 1

1.1　传递遗传学 1

孟德尔的遗传定律 1

遗传的染色体理论 2

遗传重组和遗传图谱 3

重组的物理学证据 4

1.2　分子遗传学 4

DNA的发现 4

基因和蛋白质之间的关系 5

基因的活性 5

1.3　生命的3个领域 7

第2章　基因的分子特性 10

2.1　遗传物质的特性 10

细菌转化 10

多聚核苷酸的化学本质 13

2.2　DNA结构 15

实验背景 15

双螺旋 15

2.3　RNA基因 18

2.4　核酸的物理化学性质 19

DNA结构的多样性 19

不同大小和形状的DNA 22

第3章　基因功能简介 25

3.1　储存信息 25

基因表达的总体过程 25

蛋白质结构 26

蛋白质的功能 29

信使RNA的发现 31

转录 31

3.2　复制 38

3.3　突变 39

镰状细胞贫血病 39

第Ⅱ部分　分子生物学方法第4章　分子克隆方法 42

4.1　基因克隆 42

限制性内切核酸酶的作用 42

载体 45

用特异性探针鉴别特定的克隆 52

cDNA克隆 53

cDNA末端快速扩增 55

4.2　聚合酶链式反应 56

标准PCR 56

cDNA克隆中反转录PCR（RT-PCR）的应用 56

实时定量PCR 59

4.3　表达克隆基因的方法 59

表达载体 60

其他真核载体 64

利用Ti质粒将基因导入植物中 64

第5章 研究基因及基因活性的分子工具 69

5.1　分子的分离 69

凝胶电泳 69

双向凝胶电泳 72

离子交换层析 73

凝胶过滤层析 73

亲和层析 73

5.2　标记性示踪物 74

放射性自显影 74

磷屏成像 75

液体闪烁计数器 76

非放射性示踪剂 76

5.3　利用核酸杂交 77

Southern印迹：鉴定特异性DNA片段 77

DNA指纹技术和DNA分型 78

DNA指纹技术和DNA分型在法医学中的应用 79

Western印迹 81

DNA测序 81

限制性图谱 83

基于克隆基因的蛋白质工程：定点诱变 87

5.4　转录物的图谱定位与定量 89

Northern印迹 89

S1图谱定位 90

引物延伸 92

截断转录和无G盒转录 93

5.5　检测体内转录效率 94

核连缀转录分析 94

报告基因转录分析 94

体内蛋白质积累的检测 96

5.6　分析DNA-蛋白质的相互作用 97

过滤结合 97

凝胶阻滞 98

DNA酶足迹 98

DMS足迹法和其他足迹法 98

5.7 寻找与其他分子相互作用的RNA序列 101

SELEX 101

功能性SELEX 101

5.8　基因敲除 101

第Ⅲ部分　原核生物的转录第6章　细菌的转录装置 107

6.1 RNA聚合酶的结构 107

σ亚基是一种特异性因子 108

6.2　启动子 109

RNA聚合酶与启动子的结合 109

启动子结构 111

6.3　转录起始 112

σ因子的功能 113

σ因子的结构 120

α亚基在UP元件识别中的作用 123

6.4　延伸 125

核心酶在延伸过程中的作用 125

延伸复合体的结构 130

6.5　转录的终止 139

rho非依赖型终止 139

rho依赖型终止 143

第7章　操纵子：细菌转录的精细调控 148

7.1　lac操纵子 148

lac操纵子的负调控 149

操纵子的发现 150

阻遏物与操纵基因间的相互作用 153

阻遏机制 153

lac操纵子的正调控 157

CAP的作用机制 158

7.2　ara操纵子 161

ara操纵子的阻遏环 161

ara操纵子阻遏环的证据 162

araC的自主调节 166

7.3　trp操纵子 166

色氨酸在trp操纵子负调控中的作用 166

衰减作用对trp操纵子的调控 167

衰减作用的失效 167

7.4　核糖开关 170

第8章　细菌转录机制的主要改变 175

8.1　σ因子的转换 175

噬菌体感染 175

孢子形成 177

拥有多启动子的基因 179

σ因子的其他转换 179

8.2　T7噬菌体中所编码的RNA聚合酶 180

8.3　λ噬菌体感染E.coli 181

λ噬菌体的裂解繁殖 182

溶源态的建立 187

溶源期cI基因的自我调节 189

λ噬菌体感染后寄主命运的决定：裂解或溶源 192

溶源菌的诱导 194

第9章　细菌中DNA-蛋白质的相互作用 197

9.1　λ阻遏物家族 197

利用定点突变探测结合的专一性 197

高分辨率分析λ阻遏物-操纵基因相互作用 203

434噬菌体阻遏物-操纵基因相互作用的高分辨率分析 206

9.2　trp阻遏物 207

色氨酸的作用 207

9.3　对蛋白质-DNA相互作用的一般性认识 208

4个不同碱基对的氢键形成能力 208

多聚DNA结合蛋白的重要性 209

9.4　DNA结合蛋白：远程作用 210

Gal操纵子 210

重复的λ操纵基因 210

增强子 212

第Ⅳ部分　真核生物的转录第10章　真核生物的RNA聚合酶及其启动子 216

10.1 真核生物RNA聚合酶的多种形式 216

三类细胞核聚合酶的分离 216

三类RNA聚合酶的作用 217

RNA聚合酶亚基结构 219

10.2　启动子 232

Ⅱ类启动子 232

Ⅰ类启动子 236

Ⅲ类启动子 236

10.3　增强子与沉默子 239

增强子 239

沉默子 241

第11章　真核生物中的通用转录因子 245

11.1　Ⅱ类转录因子 245

Ⅱ类前起始复合物 245

TFⅡD的结构和功能 247

TFⅡB的结构和功能 257

TFⅡH的结构和功能 261

中介物复合物和RNA聚合酶Ⅱ全酶 265

延伸因子TFⅡS 266

11.2　Ⅰ类转录因子 269

核心结合因子 270

UPE结合因子 271

SL1的结构和功能 271

11.3　Ⅲ类转录因子 273

TFⅢA 273

TFⅢB和TFⅢC 274

TBP的作用 278

第12章　真核生物的转录激活因子 282

12.1　激活因子的类型 282

DNA结合域 282

转录激活域 283

12.2　激活因子内DNA结合模体的结构 283

锌指结构 283

GAL4蛋白 285

细胞核受体 286

同源结构域 287

亮氨酸拉链和螺旋-环-螺旋域 288

12.3　激活因子各结构域的独立性 290

12.4　激活因子的功能 291

TFⅡD的召集作用 292

聚合酶全酶的召集 292

12.5　激活因子间的相互作用 296

二聚化作用 296

远程作用 297

复合增强子 299

结构转录因子 300

隔离子 302

12.6　转录因子的调控 305

辅激活因子 305

激活因子的泛素化 309

激活因子的SUMO修饰 309

激活因子的乙酰化 310

信号转导途径 310

第13章　染色质结构及其对基因转录的影响 315

13.1　组蛋白 315

13.2　核小体 316

30nm纤丝 319

染色质折叠的更高级结构 321

13.3　染色质结构与基因活性 323

组蛋白对5S rRNA基因转录的影响 323

组蛋白对Ⅱ类基因转录的影响 324

核小体定位 327

组蛋白乙酰化 331

组蛋白去乙酰化 332

染色质重建 335

异染色质与沉默 342

核小体与转录的延伸 345

第Ⅴ部分　转录后加工第14章　mRNA加工Ⅰ：剪接 350

14.1　断裂基因 350

有关断裂基因的证据 350

RNA剪接 352

剪接信号 353

14.2　细胞核mRNA前体的剪接机制 354

分支中间体 354

分支点信号 356

剪接体 357

剪接体的组装及功能 369

定向、剪接位点的选择以及可变剪接 373

剪接的调控 383

14.3　RNA的自我剪接 385

Ⅰ类内含子 385

Ⅱ类内含子 390

第15章　mRNA加工Ⅱ：加帽和多聚腺苷酸化 394

15.1 加帽 394

帽子的结构 394

帽子的合成 396

帽子的功能 398

15.2　多聚腺苷酸化 399

poly（A） 399

poly（A）的功能 400

多聚腺苷酸化的基本机制 403

多聚腺苷酸化信号 404

前体mRNA的剪切和多聚腺苷酸化 406

多聚腺苷酸酶 413

poly（A）的更新 414

15.3　mRNA加工事件的协同运作 416

帽子对剪接的作用 416

poly（A）对剪接的作用 417

Rpb1的CTD与mRNA加工蛋白质的结合 418

RNA加工蛋白与CTD结合的变化与CTD磷酸化相关 419

转录终止与mRNA 3′端加工的偶联 423

终止的机制 424

多聚腺苷酸尾在mRNA转运中的作用 427

第16章　其他RNA的加工过程 431

16.1 核糖体RNA（rRNA）的加工 431

真核生物rRNA的加工 431

细菌rRNA的加工 434

16.2 转运RNA（tRNA）的加工 435

切开分离多顺反子前体 435

成熟5′端的形成 435

成熟3′端的形成 436

16.3　反式剪接 437

反式剪接机制 437

16.4　RNA编辑 439

RNA编辑的机制 440

核苷酸脱氨基化编辑 443

16.5　基因表达的转录后调控 444

酪蛋白mRNA的稳定性 444

转铁蛋白受体mRNA的稳定性 445

RNA干涉 451

microRNA和基因沉默 463

第Ⅵ部分　翻译第17章　蛋白质翻译机制Ⅰ：起始 471

17.1　细菌中翻译的起始 471

tRNA负载 471

核糖体的解离 472

30S起始复合物的形成 475

70S起始复合物的形成 481

细菌中的翻译起始总结 483

17.2　真核生物翻译的起始 484

起始的扫描模型 484

真核生物的起始因子 488

真核生物翻译起始概况 488

17.3　翻译起始的调控 496

细菌的翻译调控 496

真核生物的翻译调控 499

第18章　蛋白质翻译机制Ⅱ：延伸与终止 512

18.1 多肽链合成及mRNA翻译的方向 512

18.2　遗传密码子 514

非重叠性密码子 514

密码中无间隔 514

三联密码 515

破译密码 516

密码子与反密码子间的异常碱基配对 517

（几乎）通用的密码 519

18.3　延伸机制 520

延伸概述 520

核糖体的3位点模型 522

延伸步骤1：氨酰-tRNA与核糖体A位点的结合 524

延伸步骤2：肽键的形成 529

延伸步骤3：移位 532

GTP激酶和翻译 534

EF-Tu和EF-G的结构 535

18.4　翻译的终止 536

终止密码子 536

终止密码子的抑制 537

释放因子 538

异常终止的处理 541

利用终止密码子插入非寻常氨基酸 545

18.5　翻译后 546

新生蛋白质的折叠 546

核糖体从mRNA的释放 547

第19　章核糖体和转运RNA 552

19.1　核糖体 552

70S核糖体的精细结构 552

核糖体的组成 555

核糖体的组装 555

30S亚基的精细结构 557

50S亚基的精细结构 562

多聚核糖体 566

19.2　转运RNA 567

tRNA的发现 567

tRNA的结构 567

氨酰-tRNA合成酶对tRNA的识别：第二遗传密码 570

氨酰-tRNA合成酶的校正和编辑 575

第Ⅶ部分　DNA复制、重组和转座第20章　DNA复制Ⅰ：基本机制与酶学 579

20.1　DNA复制的一般特征 579

半保留复制 579

半不连续复制 580

DNA合成的引发 583

双向复制 585

单向复制 588

滚环复制 588

20.2 DNA复制的酶学 589

E.coli中的3种DNA聚合酶 589

复制保真性 593

真核生物的多种DNA聚合酶 594

链的分离 595

单链DNA结合蛋白 597

拓扑异构酶 598

20.3 DNA损伤与修复 601

碱基的烷基化修饰引起的DNA损伤 602

紫外线辐射引起的DNA损伤 603

γ射线及X射线引起的DNA损伤 603

DNA损伤的直接修复 604

切除修复 605

真核生物的双链断裂修复 611

错配修复 613

人类细胞错配修复系统的失效 613

未修复DNA损伤的处理 614

第21章　DNA复制Ⅱ：详细机制 622

21.1　复制的起始 622

E.coli DNA复制的引发 622

真核生物DNA复制的引发 624

21.2　延伸 628

复制的速度 628

polⅢ全酶与复制的进行性 629

21.3　复制的终止 642

解连接：解开缠绕的子代DNA分子 642

真核生物DNA复制的终止 644

第22章　同源重组 656

22.1 同源重组的RecBCD途径 657

22.2　RecBCD途径的实验证据 659

RecA 659

RecBCD 662

RuvA和RuvB 664

RuvC 667

22.3　减数分裂重组 669

减数分裂重组的机制：综述 669

双链DNA断裂 669

DSB处单链末端的生成 675

22.4　基因转换 676

第23章　转座 679

23.1　细菌转座子 679

细菌转座子的发现 679

插入序列：最简单的细菌转座子 679

更复杂的转座子 680

转座的机制 682

23.2　真核生物的转座子 684

第一例转座因子：玉米的Ds/Ac系统 684

P因子 686

23.3　免疫球蛋白基因的重排 686

重组信号 688

重组酶 689

V(D)J重组机制 689

23.4　反转录转座子 691

反转录病毒 691

反转录转座子 696

第Ⅷ部分　基因组第24章　基因组学、蛋白质组学和生物信息学 704

24.1　图位克隆：基因组学介绍 704

图位克隆的传统手段 704

鉴定与人类疾病相关的突变基因 706

24.2　基因组测序 711

人类基因组计划 714

用于大规模基因组计划的载体 714

逐步克隆策略 716

鸟枪法测序 718

测序的标准 719

人类基因组测序 719

其他脊椎动物基因组 725

最小的基因组 727

生命条形码 727

24.3　基因组学的应用 728

转录组学 728

基因组功能谱 736

单核苷酸多态性：药物基因组学 742

24.4　蛋白质组学 743

蛋白质分离 744

蛋白质分析 744

蛋白质的相互作用 745

24.5　生物信息学 748

从哺乳动物基因组中发现调控基序 748

如何使用数据库 750

分子生物学专业词汇表 756

参考文献 792

索引 810