第一章 Julia语言使用说明 1
第一节 Julia语言简介 2
第二节 Julia语言基础 8
第二章 系谱数据处理方法 27
第一节 近交系数与亲缘系数 28
第二节 分子血缘相关矩阵及其逆矩阵计算 32
第三节 计算实例 43
第三章 动物遗传育种中的数据模拟 49
第一节 随机数和随机变量的产生 49
第二节 误差计算 51
第三节 使用Julia语言模拟数据 55
第四节 计算实例 62
第五节 基因组模拟软件XSim 65
第四章 线性模型的建立和求解 73
第一节 单因子模型 73
第二节 二因子模型 81
第三节 建立Henderson混合模型方程组 90
第五章 线性模型的扩展 105
第一节 有重复记录的动物模型 105
第二节 母体效应模型 116
第六章 多性状模型 121
第一节 多性状模型 122
第二节 Julia语言实现多性状模型 125
第三节 带有缺失数据的多性状模型 132
第七章 分子标记和多基因效应单性状模型 151
第一节 标记辅助选择 151
第二节 混合模型方程组的储存技术 154
第三节 Julia语言示例 165
第八章 MCMC算法 173
第一节 贝叶斯统计 173
第二节 Julia语言的实现 179
第三节 贝叶斯统计在多元线性模型中的应用 186
第四节 贝叶斯统计示例 192
第五节 多性状模型的Gibbs抽样 205
第六节 思考题解答 212
第九章 全基因组统计分析 221
第一节 基于Haseman-Elston回归的全基因组连锁分析 222
第二节 多元混合线性模型 234
第三节 贝叶斯GWAS 240
第四节 单步全基因组分析方法 246
第五节 GBLUP的准确性 250
第六节 Julia语言示例 254
第十章 附录 269
第一节 线性模型简介 271
第二节 基于系谱的混合线性模型 273
第三节 预测SNP效应的固定效应模型 276
第四节 结合有基因型和无基因型家畜数据 282
第五节 贝叶斯GWAS基础 287
第六节 统计基因组学基础 294