第一部分Sanger DNA测序 3
1Sanger DNA测序 3
1.1Sanger测序的基础 3
1.2人类基因组计划的未来 6
1.3局限性以及未来的机会 7
1.4生物信息学是关键 8
1.5下一步将往哪里走 8
第二部分 新一代测序：通往个性化医疗 13
2Illumina基因组分析仪Ⅱ系统 13
2.1文库的制备 15
2.2簇的创建 15
2.3测序 16
2.4配对末端读序列 17
2.5数据分析 17
2.6应用 19
2.7结论 22
3应用系统生物公司（ABI）SOLiDTM系统：基于连接的测序 25
3.1引言 25
3.2SOLiDTM系统概述 26
3.3SOLiDTM系统应用 30
3.4结论 34
4新一代基因组测序：454/Roche GS FLX 37
4.1引言 37
4.2技术概述 38
4.3软件和生物信息学 40
4.4研究应用 42
5聚合酶克隆测序：历史、技术及应用 48
5.1介绍 48
5.2聚合酶克隆测序的历史 48
5.3聚合酶克隆测序 53
5.4应用 58
5.5结论 63
第三部分 瓶颈：序列数据分析 67
6新一代测序（NGS）数据分析 67
6.1为什么新一代序列分析有所不同？ 67
6.2序列搜索策略 68
6.3什么是击中，为什么它对NGS十分重要？ 69
6.4记分：为什么NGS的记分不同？ 71
6.5NGS序列分析的策略 72
6.6后续数据分析 73
7DNASTAR的新一代软件 77
7.1个人基因组及个性化医疗 77
7.2新一代DNA测序——作为个性化基因组学的方法 77
7.3不同平台的优势 78
7.4计算机挑战 78
7.5DNASTAR的新一代软件解决方案 79
7.6结论 81
第四部分 新兴测序技术 85
8实时DNA测序 85
8.1全基因组分析 85
8.2个性化医疗和药物基因组学 85
8.3生物防御、法医、DNA测试和基础研究 86
8.4简单精巧：实时DNA测序 86
9使用Z型DNA分子替换的TEM直接测序 89
9.1引言 89
9.2方法的逻辑性 89
9.3优化改良核苷酸鉴定技术进行DNA序列单独聚合的TEM目力分辨率 91
9.4TEM基板和可视化 91
9.5利用聚合酶进行Z-标签核苷酸整合 93
9.6当前和新的测序技术 94
9.7精度 95
9.8ZS遗传学公司提出的DNA测序技术的优势 96
9.9更长读序列的优势 96
10单分子DNA条形码方法及其在DNA图谱和分子单体型中的应用 102
10.1引言 102
10.2单分子DNA条形码方法中的关键技术 103
10.3单分子DNA图谱 105
10.4分子单体型 108
10.5讨论 112
11光学测序：从图像化的单分子模板采集 116
11.1引言 116
11.2光学测序循环 117
11.3光学测序的展望 129
12基于微芯片的Sanger DNA测序 131
12.1基因组学分析的集成微流体装置 131
12.2Sanger测序微流体器件上网络聚合物的改进 133
12.3结论 136
第五部分 新一代测序：真实地整合基因组分析 143
13应用配对末端双标签多重测序进行转录组和基因组分析 143
13.1引言 143
13.2配对末端双标签（PET）分析的发展 144
13.3利用GIS-PET进行转录组分析 145
13.4利用ChIP-PET在全基因组上定位转录因子结合位点和表观遗传修饰 147
13.5利用ChIA-PET在全基因组上鉴定长距离互作 150
13.6展望 152
14利用454测序平台研究古基因组学 157
14.1引言 157
14.2DNA降解的挑战 158
14.3DNA降解对古基因组学研究的影响 158
14.4降解与测序的准确性 160
14.5样品污染 162
14.6解决DNA损伤的方法 164
14.7解决污染的方法 165
14.8还存在哪些基本问题，将来的前景如何 167
15ChIP-seq：蛋白质-DNA互作作图 171
15.1引言 171
15.2历史 171
15.3染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）方法 172
15.4基于双脱氧标签Sanger测序 173
15.5基于杂交的标签测序 174
15.6边合成边测序的应用 175
15.7ChIP-seq的医学应用 177
15.8挑战 178
15.9ChIP-seq方法的展望 179
16新一代测序技术在MicroRNA的发现和表达谱研究中的应用 184
16.1miRNA的背景介绍 184
16.2miRNA的鉴定 184
16.3实验方法 185
16.4验证 191
16.5展望 191
17基于标签的转录组学分析DeepSAGE，优于微阵列 195
17.1引言 195
17.2DeepSAGE 196
17.3数据分析 200
17.4基于标签的转录组表达谱的比较 202
17.5表达谱未来的展望 203
18新基因组学和个人基因组信息：伦理学问题 207
18.1新基因组学和个人基因组信息：伦理学问题 207
18.2新基因组学：它的特点是什么？ 207
18.3伦理学的革新：为什么我们需要它？ 208
18.4限制条款：全基因组学和本地伦理学观 208
18.5医学伦理学和希波克拉底保密性 208
18.6生物医学伦理学的原则 209
18.7临床研究和知后同意 209
18.8大规模研究伦理学：新观念 210
18.9个人基因组 210
18.10个人基因组计划：允许信息公开 212
英汉对照词汇 215