第1章 前言 1
全新升级的软件 2
什么是系统发育树？ 3
构建系统发育树：基本介绍 4
扩展内容 5
学习更多的原理 6
关于附录Ⅲ 7
计算程序简述以及如何获得它们 7
如何感谢软件作者 9
《轻松构建系统发育树》配套网站 10
第2章 构建系统发育树 11
为什么要构建系统发育树？ 11
关于这个教程 11
搜索与你的目标序列相关的序列 13
判断哪些相关序列可用于你的系统发育树分析 15
下载序列 20
比对序列 23
构建一个邻接（NJ）树 24
总结 27
第3章 获取序列 29
搜寻同源序列：什么样的序列可以用于构建一个系统树？ 29
进一步熟悉BLAST搜索 30
使用BLAST的核苷酸检索页面 32
使用BLAST搜索相关的蛋白质序列 34
建树的最终序列选择 37
用其他方式寻找感兴趣的序列（注意！风险较高） 42
第4章 序列联配 45
用MUSCLE软件联配序列 45
检查和手工调整联配结果 47
检查平均一致度来估测联配结果的可信度 53
通过调整MUSCLE参数设置提升联配速度 54
用ClustalW联配序列 56
第5章 构建系统发育树的主要方法 59
距离法和基于性状的方法 62
你应该用哪一种方法？ 65
第6章 邻接树 69
使用MEGA5构建邻接树 69
无根和有根树 82
估测系统树的可靠性 84
如何处理蛋白质序列？ 90
第7章 绘制系统发育树 93
改变系统树的外观 93
为系统树置根 106
保存系统树 109
说明 110
第8章 最大简约法 113
MP搜索方法 116
多个同等简约树 117
最后的分析 123
第9章 最大似然法 127
用MEGA进行最大似然法分析 129
用自展法估计ML树的可靠性 137
如果是蛋白质序列会怎么样？ 138
第10章 用MrBayes程序构建贝叶斯树 141
MrBayes概述 141
用MrBayes估算树的一个通用策略 146
创建执行文件 147
如何运行你的MrBayes分析？ 151
更复杂（更有用）的“mrbayes blocks” 151
当MrBayes运行时的屏幕输出 154
如果你不能获取聚合是什么原因？ 155
蛋白质序列如何处理？ 157
可视化贝叶斯树 158
使用FigTree软件 160
第11章 使用不同的计算机平台 165
命令行程序 165
Macintosh平台上运行MEGA软件 165
行结束符问题 168
安装命令行程序 169
命令行程序的运行环境 172
获得和安装MrBayes 176
运行公用程序 177
第12章 使用GUIDANCE进行高级联配 181
联配可靠性问题 181
GUIDANCE是如何工作的 182
用SmallData数据集阐述的例子 182
GUIDANCE的应用 193
第13章 重建祖先序列 195
用MEGA的最大似然法重建祖先序列 196
构建的祖先序列有多准确？ 204
第14章 检测适应性进化 205
联配准确性对于检测适应性进化的影响 206
使用MEGA检测适应性进化 207
用codeml检测适应性进化 211
总结 218
第15章 系统发育网络 219
为什么仅用系统树并不足够 219
有根和无根的系统发育网络 220
用SplitsTree估算无根的系统发育网络 221
用Dendroscope软件从有根树构建有根网络 237
第16章 最后的建议：学习编程 245
附录Ⅰ 文件格式及其相互转换 247
格式描述 247
转换格式 252
附录Ⅱ 其他程序 255
附录Ⅲ 常见问题 259
参考文献 263