第一章 同源模建法预测蛋白质结构 1
第一节 同源模建概述 1
第二节 同源模建 3
第二章 分子对接预测结合位点 18
第一节 利用AutoDock进行分子对接 18
第二节 利用DOCK进行分子对接 31
第三节 利用Surflex-Dock进行分子对接 46
第四节 利用GOLD进行分子对接 68
第三章 蛋白质与核酸的分子动力学模拟 99
第一节 分子动力学概述 99
第二节 利用GROMACS进行纯蛋白分子动力学模拟 100
第三节 蛋白与小分子复合物的动力学模拟 121
第四节 核酸分子动力学模拟 143
第四章 利用OpenEye组件包进行虚拟筛选 150
第一节 软件简介 150
第二节 利用OpenEye组件包进行虚拟筛选 152
第五章 定量构效关系分析 164
第一节 CoMFA＆CoMSIA 164
第二节 HQSAR 177
第六章 药效团 185
第一节 药效团介绍 185
第二节 利用Discovery Studio进行药效团模型构建 189
第七章 全新药物设计 207
第一节 概述 207
第二节 利用LigBuilder进行全新药物设计 209
第八章 作图软件PyMOL的应用 227
第一节 PyMOL简介 227
第二节 PyMOL基本操作 227
第九章 药物设计实例 241
第一节 利用OpenEye发现F.tularensis烯酰基载体蛋白还原酶FabI抑制剂 241
第二节 基于模建结构的虚拟筛选发现对虾黄头病毒蛋白酶抑制剂 245
第三节 基于药效团建模和分子对接的虚拟筛选发现β-分泌酶抑制剂 249
参考文献 252
彩图 255