第一篇 生物信息数据库概述 3
1 生物信息数据库 3
1.1 生物信息数据库概述 3
1.2 生物信息数据库的分类 4
2 国内外生物信息数据库的发展 82
2.1 国际生物信息数据库的发展 82
2.2 中国的生物信息数据库建设 82
2.3 建设生物信息数据库：存在的问题和解决思路探讨 82
第二篇 用于建立生物信息数据库的数据管理 87
3 数据来源 87
3.1 从各种生物信息数据库的FTP下载 87
3.2 各种生物信息数据库的查询结果 91
3.3 各实验终端提供的数据 91
4 数据类型 92
4.1 原始数据 92
4.2 生物信息分析数据 110
5 生物信息分析平台 156
5.1 生物信息分析平台简介 156
5.2 Galaxy平台 157
5.3 GenePattern生物分析平台 162
5.4 DNAnexus生物分析平台 163
5.5 Blast for OneKP Project 163
6 数据质量管理规范 165
6.1 数据质量概述 165
6.2 生物数据的质量控制 165
7 数据存储管理 168
7.1 存储内容 168
7.2 大数据存储 168
7.3 存储方式 170
7.4 存储管理一般原则 172
8 数据备份和恢复管理规范 173
8.1 数据的备份 173
8.2 数据的恢复 178
9 数据安全管理规范 181
9.1 数据分类 181
9.2 权限管理 181
9.3 注意事项 182
第三篇 建立生物信息数据库的实用指南 185
10 概述 185
10.1 引言 185
10.2 数据相关的基本概念 185
11 数据库设计 190
11.1 数据库设计过程 191
11.2 数据库设计规范（以关系数据库为例） 199
11.3 数据库命名规范 202
12 常见生物信息数据库特点 204
12.1 数据模型 204
12.2 数据库的存储 204
13 生物信息数据库系统开发 212
13.1 虚拟本地数据库 212
13.2 本地数据库 213
第四篇 生物信息数据库的使用管理规范 217
14 数据库的安全性管理 217
14.1 安全性的类型 217
14.2 数据库安全性控制方法 218
14.3 基于角色访问控制的安全性和权限管理 218
15 数据提交管理 221
15.1 概述 221
15.2 提交内容 221
15.3 提交方式 226
16 数据共享和交互 242
17 数据检索 246
17.1 检索工具 246
17.2 检索结果格式 247
第五篇 伦理学问题 257
18 国际伦理法则 257
19 生物大数据中的伦理问题 258
20 国内生物信息数据库中的伦理问题 259
21 伦理规范 260
21.1 伦理的原则 260
21.2 关于知情同意 261
22 伦理审查建设 264
22.1 公开透明的政策和社会广泛参与 264
22.2 信息的处理（保密和告知研究结果）应以参与者利益为重 264
22.3 建立有效的监督和责任机制 264
22.4 加强伦理审查能力建设 265
第六篇 生物信息数据库知识产权保护 269
23 引言 269
24 国内外数据库权利保护相关条约、协议 270
24.1 欧盟数据库法律保护 270
24.2 美国数据库法律保护 271
24.3 WIPO数据库法律保护 272
24.4 我国数据库法律保护现状 273
25 生物信息数据库的保护模式探讨 274
25.1 存在的问题 274
25.2 生物信息数据库知识产权保护建议 274
参考文献 277
缩略语表 284
名词术语 285