第一篇 现代放线菌分类学原理 2
第一章 放线菌分类学的过去和现在 2
第一节 国外概况 2
第二节 国内概况 5
第三节 放线菌的分类地位 6
第二章 形态特征和培养特征在分类中的意义 10
第一节 放线菌的基本形态 10
第二节 放线菌形态特征和培养特征的稳定性 11
第三章 化学分类原理 13
第一节 细胞壁化学类型 14
第二节 全细胞水解物糖类型 16
第三节 肽聚糖类型 18
第四节 磷脂 18
第五节 脂肪酸 21
第六节 甲基萘醌 26
第四章 分子分类原理 29
第一节 蛋白质图谱 31
第二节 DNA的GC克分子百分比 35
第三节 DNA-DNA分子杂交 37
第四节 DNA-RNA分子杂交 42
第五节 DNA探针及其应用 44
第五章 rRNA核苷酸序列分析在分类中的应用 50
第一节 基本原理 50
第二节 16SrRNA核苷酸序列分析方法之一 56
一、基本原理 56
二、引物设计 56
三、引物的合成和纯化 61
四、模板RNA提取 62
五、RNA纯化 63
六、测序 64
七、试剂配制 67
第三节 RT-PCR方法 71
一、rRNA制备 72
二、cDNA的合成 73
三、PCR扩增 74
四、制备pBluescript KS＋重组质粒 77
五、重组质粒转入E.coli 79
六、从E.coli提取DNA 81
七、测定DNA核甘酸顺序 82
第四节 结果的分析整理 89
一、相似性计算 89
二、构建进化（系统发育）树（Phylogenetic tree） 89
第五节 问题和展望 89
第六章 数值分类原理 92
第一节 基本原则 92
第二节 方法 95
第三节 程序 96
第四节 结果分析 102
第五节 数值分类的应用 103
第七章 综合分类 105
第一节 放线菌分类的基本程序 105
第二节 信息是分类研究的生命线 106
主要参考文献（Ⅰ） 108
第二篇 各 论 114
第八章 放线细菌群Actinobacteria 114
第一节 壤霉菌属Agromyces 114
第二节 杆菌属Arthrobacter 115
第三节 原小单孢菌属Promicromonospora 115
第四节 厄氏菌属Oerskovia 116
第五节 放线菌属Actinomyces 116
第六节 短杆菌属Brevibacterium 117
第九章 游动放线菌群Actinoplanetes 118
第一节 游动放线菌属Actinoplanes 119
第二节 小瓶菌属Ampullariella 120
第三节 嗜毛水生菌属Pilimelia 121
第四节 指孢囊菌属Dactylosporangium 124
第五节 小孢链菌属Catellatospora 125
第六节 小单孢菌属Micromonospora 127
第十章 马杜拉菌群Maduromycetes 130
第一节 马杜拉放线菌属Actinomadura 131
第二节 小双孢菌属Microbispora 134
第三节 小四孢菌属Microtetraspora 136
第四节 游动双孢菌属Planobispora 138
第五节 游动单孢菌属Planomonospora 138
第六节 游动多孢菌属Planopolyspora 139
第七节 螺孢菌属Spirillospora 140
第八节 链孢囊菌属Streptosporangium 140
第九节 草孢菌属Herbidospora 143
第十节 游动链孢菌属Streptoplanospora 143
第十一节 中国孢囊菌属Cathayosporangium 144
第十一章 小多孢菌群Micropolyspores 145
第一节 放线多孢菌属Actinopolyspora 146
第二节 糖多孢菌属Saccharopolyspora 146
第三节 无枝菌酸菌属Amycolata 147
第四节 拟无枝菌酸菌属Amycolatopsis 148
第五节 假无枝菌酸菌属Pseudoamycolata 149
第六节 小多孢菌属Micropolyspora 149
第七节 拟孢囊菌属Kibedelosporangium 150
第八节 假诺卡氏菌属Pseudonocardia 151
第九节 糖单孢菌属Saccharomonospora 152
第十节 双孢放线菌属Actinobispora 152
第十一节 游动四孢菌属Planotetraspora 153
第十二章 多腔孢囊菌群Multilocular Sporangia 154
第一节 地嗜皮菌属Geodermatophilus 154
第二节 嗜皮菌属Dermatophilus 155
第三节 弗兰克氏菌属Frankia 156
第十三章 诺卡氏菌群Nocardioforms 158
第一节 乳酸杆菌属Caseobacter 158
第二节 棒杆菌属Corynebacterium 159
第三节 红球菌属Rhodococcus 159
第四节 分枝杆菌属Mycobacterium 160
第五节 诺卡氏菌属Nocardia 161
第十四章 类诺卡氏菌群Nocardioides 163
第十五章 链霉菌群Streptomycetes 165
第一节 间孢囊菌属Intrasporangium 165
第二节 动孢菌属Kieosporia 166
第三节 鱼孢菌属Sporichthya 167
第四节 链霉菌属Streptomyces 168
第十六章 高温单孢菌群Thermomonospores 177
第一节 高温单孢菌属Tnermomonospora 177
第二节 束丝菌属Actinosynnema 178
第三节 拟诺卡氏菌属Nocardiopsis 179
第四节 糖丝菌属Saccharothrix 180
第五节 链异壁菌属Streptoalloteichus 181
第六节 珊瑚放线菌属Actinocarallia 181
第七节 库茨勒菌属Kutzneria 182
第十七章 未归群各属Other Genera 183
第一节 糖霉菌属Glycomyces 184
第二节 游动短孢链菌属Catenuloplanes 184
第三节 库奇游动菌属Couchioplanes 185
第四节 高温放线菌属Thermoactinomyces 185
主要参考文献（Ⅱ） 187
附： 198
一、评论：近五年放线菌分类研究的进展 198
二、构建微生物分子分类系统进化树的快速算法与数据结构 212
三、系统进化树的图论性质及研究自动绘制算法 224