A 生物信息学概述 1
A1 生物信息学的范围 1
A2 生物信息学与互联网 4
A3 有用的生物信息学WWW网站 8
B 数据采集 10
B1 DNA、RNA和蛋白质测序 10
B2 蛋白质结构的确定 17
B3 基因和蛋白质表达数据 19
B4 蛋白质互作数据 24
C 数据库——内容、结构和注释 30
C1 文件格式 30
C2 已注释的序列数据库 36
C3 基因组和特定物种的数据库 42
C4 其他数据库 47
D 生物数据检索 52
D1 通过Entrez和DBGET/LINKDB的数据检索 52
D2 使用SRS（序列检索系统）的数据检索 57
E1 序列相似性搜索 61
E 通过序列相似性标准搜索序列数据库 61
E2 氨基酸替代矩阵 66
E3 数据库搜索：FASTA和BLAST 72
E4 序列过滤程序 82
E5 数据库的迭代搜索和PSI-BLAST 84
F 多序列联配：基因和蛋白质家族 88
F1 多序列联配和家族关系 88
F2 蛋白质家族和模式数据库 92
F3 蛋白质结构域家族 97
G 系统发育学 102
G1 系统发育学、遗传分类学和存在论 102
G2 构建系统发育树 108
G3 大分子序列进化 114
H 序列注释 118
H1 基因组注释原理 118
H2 注释工具和资源 124
I1 蛋白质结构的概念模型 128
I 结构信息学 128
I2 蛋白质三维结构与蛋白质功能的关系 135
I3 蛋白质结构和功能的进化 137
I4 获取、观察和分析结构数据 143
I5 结构联配 150
I6 已知三维结构的蛋白质分类：CATH与SCOP 154
I7 蛋白质结构预测简介 158
I8 通过比较建模预测结构 161
I9 二级结构预测 166
I10 高级蛋白质结构预测与预测策略 172
J 微阵列数据分析 176
J1 微阵列数据：分析方法 176
J2 微阵列数据：工具和资源 182
J3 序列采样和SAGE 188
K 蛋白质组数据分析 192
K1 双向凝胶电泳数据分析 192
K2 蛋白质质谱数据分析 199
L1 分子途径的建模与重建 204
L 高阶模型 204
L2 蛋白质互作生物信息学 210
L3 高阶模型 216
M 生物学中的化学信息学 220
M1 分子表示的规范 220
M2 化学信息学资源 227
N 制药业中的生物信息学 233
N1 生物信息学和药物发现 233
N2 药物信息学资源 238
O 生物信息学计算的基本原理 246
O1 运行计算机软件 246
O2 计算机操作系统 250
O3 软件下载和安装 253
O4 数据库管理 257
进一步阅读文献 260
术语表 264