生物信息学学习指导及习题集 八年制配教PDF电子书下载

第一章 生物序列资源 1

学习目标 1

知识要点 1

一、引言 1

二、NCBI数据库与数据资源 1

三、UCSC基因组浏览器与数据资源 2

四、EMBL-EBI数据库与数据资源 3

五、重要的非编码基因数据库 4

复习思考题 5

一、名词解释 5

二、问答题 5

答案与题解 5

第二章 序列比对 8

学习目标 8

知识要点 8

一、引言 8

二、比对算法概要 9

三、数据库搜索 10

四、比对软件、参数与数据资源 11

五、比对技术的发展 12

复习思考题 12

一、选择题 12

二、名词解释 13

三、问答题 13

四、上机实践 13

答案与题解 14

第三章 序列特征分析 16

学习目标 16

知识要点 16

一、引言 16

二、DNA序列特征分析 16

三、蛋白质序列特征分析 17

四、RNA序列与结构特征分析 19

五、表达序列特征分析 19

复习思考题 20

一、选择题 20

二、名词解释 21

三、问答题 21

四、上机实践 21

答案与题解 22

第四章 分子进化分析 28

学习目标 28

知识要点 28

一、引言 28

二、系统发生树分析与重建 28

三、核苷酸和蛋白质的适应性进化 29

四、分子进化与生物信息学 30

复习思考题 30

一、选择题 30

二、问答题 31

三、计算题 31

答案与题解 31

第五章 基因芯片数据分析 36

学习目标 36

知识要点 36

一、引言 36

二、基因表达的测定平台、数据库 36

三、数据的预处理、差异表达分析 37

四、基因芯片数据的聚类或分类分析 40

五、基因表达分析的常用软件 44

复习思考题 45

一、选择题 45

二、问答题 46

三、上机实践 46

答案与题解 47

第六章 蛋白质组与蛋白质结构分析 50

学习目标 50

知识要点 50

一、引言 50

二、蛋白质组数据的获取与分析 50

三、蛋白质结构的预测 51

四、蛋白质结构数据库 52

五、蛋白质功能分析 52

六、蛋白质结构异常与疾病 52

复习思考题 53

一、选择题 53

二、名词解释 54

三、问答题 54

四、上机实践 54

答案与题解 54

第七章 基因注释与功能分类 57

学习目标 57

知识要点 57

一、引言 57

二、基因注释数据库 57

三、基因集功能富集分析 57

四、基因功能预测 59

复习思考题 60

一、选择题 60

二、问答题 60

三、上机实践 60

答案与题解 60

第八章 转录调控的信息学分析 62

学习目标 62

知识要点 62

一、引言 62

二、转录因子结合位点的信息学预测方法 62

三、转录调控相关数据库 63

复习思考题 64

一、选择题 64

二、名词解释 64

三、问答题 64

四、上机实践 64

答案与题解 65

第九章 生物分子网络和通路 67

学习目标 67

知识要点 67

一、生物分子网络概述 67

二、生物分子网络分析 68

三、生物分子网络重构 69

复习思考题 71

一、选择题 71

二、名词解释 72

三、问答题 73

四、上机实践 73

答案与题解 74

第十章 计算表观遗传学 78

学习要点 78

内容要点 78

一、引言 78

二、基因组的DNA甲基化 78

三、组蛋白修饰的表观基因组 80

四、基因组印记 82

五、表观遗传学数据库和软件 82

复习思考题 83

一、选择题 83

二、名词解释 86

三、问答题 86

答案与题解 87

第十一章 复杂疾病的分子特征与计算分析 90

学习目标 90

知识要点 90

一、引言 90

二、复杂疾病的分子特征与数据资源 90

三、复杂疾病的遗传易感与遗传定位分析 91

四、常用的集成软件工具 93

复习思考题 94

一、选择题 94

二、名词解释 95

三、问答题 96

四、上机实践 96

答案与题解 96

第十二章 非编码RNA与复杂疾病 100

学习目标 100

知识要点 100

一、miRNA的特点及作用机制 100

二、miRNA靶基因预测 100

三、lncRNA及作用机制 101

四、ncRNA主要数据资源 101

五、ncRNA多态性分析 102

六、利用ncRNA表达谱研究复杂疾病 102

七、复杂疾病非编码RNA的计算识别 102

复习思考题 103

一、选择题 103

二、问答题 105

三、上机实践 105

答案与题解 106

第十三章 新一代测序技术与复杂疾病研究 108

学习目标 108

知识要点 108

一、引言 108

二、新一代测序技术概述 108

三、DNA测序技术及应用 110

四、RNA测序技术与数据分析 111

五、ChIP-seq技术原理及分析方法 113

六、新一代测序技术在其他领域应用 114

复习思考题 115

一、选择题 115

二、名词解释 117

三、问答题 117

四、上机实践 118

答案与题解 118

第十四章 药物生物信息学 122

学习目标 122

知识要点 122

一、引言 122

二、药物靶标的信息学识别 122

三、药物基因组学及其临床研究策略 126

四、药物基因组相关生物信息资源 127

五、基于药物基因组的个体化药物治疗 128

复习思考题 129

一、名词解释 129

二、选择题 129

三、问答题 130

四、上机实践 130

答案与题解 131