计算分子生物学 算法逼近PDF电子书下载

1　计算基因搜寻 1

1.1 引言 1

1.2　遗传作图 1

目录 1

1.3　物理作图 4

2.2　双酶切问题 1 6

1.4　测序 6

1.5　相似性搜寻 8

1.6　基因预测 9

1.7　突变分析 10

1.8　比较基因组 11

1.9　蛋白质组学 13

2　限制酶切作图 15

2.1 引言 15

2.3　双酶切问题的多重解 17

2.4　着色图中的交错圈 20

2.5　交错欧拉圈的变换 21

2.6　物理图谱与交错欧拉圈 23

2.7　部分酶切问题 25

2.8　同效集 26

2.9.1 光学作图 28

2.9　若干其他的问题和方法 28

2.9.2　加探针部分酶切作图 29

3　图谱装配 30

3.1 引言 30

3.2　非惟一探针的作图 33

3.3　惟一探针的作图 36

3.4 区间图 37

3.5　用限制酶切片段指纹图谱作图 39

3.6.2　筛选克隆文库 41

3.6　若干其他的问题和方法 41

3.6.1 Lander-Waterman统计 41

3.6.3　放射杂交作图 42

4　测序 44

4.1 引言 44

4.2　重叠、排列和共有序列 45

4.3　双管鸟枪测序 46

4.4　若干其他的问题和方法 47

4.4.1　最短超字符串问题 47

4.4.2　DNA测序的结束阶段 48

5.1 引言 49

5　DNA阵列 49

5.2　杂交测序 51

5.3　SBH和最短超字符串问题 52

5.4　SBH和欧拉路问题 53

5.5　惟一序列重构的概率 56

5.6　字符串重排 57

5.7　2-最优欧拉圈 60

5.8　杂交法定位测序 62

5.9　DNA阵列的设计 62

5.10　DNA阵列的分辨率 64

5.11 多探针阵列与均匀阵列的比较 65

5.12 DNA阵列的制造 66

5.13　若干其他问题和方法 69

5.13.1　利用通用碱基的SBH 69

5.13.2 自适应SBH 70

5.13.3　SBH-类型的鸟枪测序法 70

5.13.4　DNA阵列的保真探针 70

6　序列比较 71

6.1 引言 71

6.2　最长共同子序列问题 73

6.3　序列联配 75

6.4　局部序列联配 76

6.5　有缺口罚分的联配 77

6.6　空间效率高的序列联配 77

6.7　杨氏表 79

6.8　最长共同子序列的平均长度 82

6.9　广义序列联配和对偶性 84

6.10　序列比较的原始对偶方法 86

6.11　序列联配和整数规划 87

6.12　近似字符串匹配 88

6.13　依靠数据库的序列比较 89

6.14　多重过滤 90

6.15　若干其他的问题和方法 92

6.15.1　参数的序列联配 92

6.15.2　联配统计量和相变 92

6.15.3　次优序列联配 93

6.15.4　串联重复片段的联配 93

6.15.5　筛选数据库中的搜索结果 93

6.15.6　文本之间的统计距离 93

6.15.7　RNA折叠 94

7　多重联配 95

7.1 引言 95

7.2　计算多重联配的得分 96

7.3　装配成对联配 97

7.4　多重联配的近似算法 98

7.5　装配ι-路联配 99

7.6　点阵和图像重构 100

7.7　点阵相乘的多重联配 101

7.8　若干其他的问题和方法 102

7.8.1　借助于进化树的多重联配 102

7.8.2　在编辑图中切割角 102

8　发现DNA中的信号 103

8.1 引言 103

8.2 Edgar Allan Poe和DNA语言学 104

8.3　适合傻子的最好的赌博 106

8.4 Conway等式 107

8.5 DNA中的频繁词 108

8.6　共有词的分析 110

8.7　CG岛和“公平赌场” 111

8.8　隐马氏模型 112

8.9　Elkhorn赌场和隐马氏模型参数估计 114

8.10　剖面隐马氏模型联配 114

8.12.2　在带偏倚频率样本中找出信号 116

8.12.1　找出带缺口的信号 116

8.12　若干其他的问题和方法 116

8.11　吉布斯抽样 116

8.12.3　信号寻找中字母表的选择 117

9　基因预测 118

9.1 引言 118

9.2　基因预测的统计学方法 119

9.3　基于相似性的基因预测方法 121

9.4　剪接联配 123

9.5　反向基因搜索和cDNA中外显子定位 126

9.6　关于基因的多次提问策略 127

9.7　可变剪接与癌症 128

9.8　若干其他的问题和方法 130

9.8.1 基因预测的隐马氏模型 130

9.8.2　细菌基因预测 131

10　基因组重排 132

10.1 引言 132

10.2　断点图 141

10.3　难以排序的排列 142

10.4　期望的反序距离 143

10.5　有符号排列 145

10.6　交叉图和障碍 146

10.7　排列的等价变换 149

10.8　搜索安全反序 153

10.9　清除障碍 156

10.10　反序距离的对偶定理 160

10.11　反序排序算法 163

10.12　人基因组变换成老鼠基因组 164

10.13　加帽染色体 168

10.14　帽子和尾部 171

10.15　基因组距离的对偶定理 173

10.17.1　基因组重排和系统发育研究 175

10.17　若干其他的问题和方法 175

10.16　基因组重复 175

10.17.2　依照反序排序的快速算法 176

11　计算蛋白质组学 177

11.1 引言 177

11.2　肽测序问题 178

11.3　谱图 180

11.4　学习离子类型 182

11.5　给谱图中的路径打分 183

11.6　肽测序与反对称路径 185

11.8　谱的卷积 186

11.7　肽鉴定问题 186

11.9　谱联配 188

11.10　依靠谱联配肽 191

11.11　若干其他的问题和方法 192

11.11.1　从蛋白质组学到基因组学 192

11.11.2　大尺度蛋白质分析 192

12　问题 193

12.1 引言 193

12.2　限制酶切作图 193

12.3　图谱装配 195

12.4　测序 196

12.5 DNA阵列 197

12.6　序列比较 199

12.7　多重联配 202

12.8　探测DNA中的信号 203

12.9　基因预测 203

12.10　基因组重排 204

12.11　计算蛋白质组学 206

13　必须了解的分子生物学 208

参考文献 211

索引 230