未培养微生物PDF电子书下载

未培养微生物多样性的统计性估测 1

1引言 2

2丰度数据 4

2.1参数丰度模型 5

2.2非参数丰度模型 9

2.3基于覆盖度的估计 10

2.4讨论 11

3发生率数据 13

3.1参数发生率模型 17

3.2发生率非参数模型 18

3.3基于覆盖度的发生率非参数模型 19

3.4含有协变量的模型 19

4评论 20

附录：软件 22

参考文献 23

大规模平行测序表征微生物种群结构 27

1微生物多样性和可栖息性 28

2对微生物分类学和生态学的分子影响 28

3大量平行DNA焦磷酸测序和微生物多样性 31

4rRNA高可变区焦磷酸序列的生物信息学解释 35

5微生物多样性和“稀有生物圈”的拓展性展望 39

6大规模平行DNA测序和微生物种群结构的未来调查 44

参考文献 44

用微阵列技术检测和鉴定未培养微生物 51

1引言 52

2微芯片的类型 54

2.1系统发育寡核普酸芯片（POAs） 54

2.3群落基因组芯片 59

2.4宏基因组芯片 59

2.5全基因组开放阅读框芯片 60

2.6同位素芯片 61

2.7其他类型的芯片 61

3微芯片的应用 62

3.1微生物检测 62

3.2微生物种群动力学和活性 66

3.3微生物鉴定 69

4芯片分析所面临的挑战及其局限性 70

4.1依赖于已培养生物和/或已知序列的分析 70

4.2芯片分析的灵敏度 70

4.3特异性 72

4.4芯片的定量性 74

4.5数据分析和标准化 75

5结束语 76

参考文献 76

天然实验室：来自未培养甲烷营养菌的经验 94

1引言 95

2厌氧嗜甲烷菌的发现 97

3海底厌氧嗜甲烷菌的鉴定及定量 101

4从原位观测到体外富集 105

4.1寻找AOM热点 105

4.2能量限制：甲烷及硫酸盐的供应及终产物的移除 109

4.3最适温度与pH 114

4.4避氧 116

4.5其他生长需求 118

4.6ANME与伴生菌富集的抑制或解偶联 118

5展望：其他分离技术 119

参考文献 120

不可培养微生物的单细胞全基因组扩增 133

1引言 133

2细胞分离方法 135

2.1微液滴捕获法 136

2.2技术 136

2.3荧光激活细胞分类技术（FACS） 138

2.4微流控术 140

3单个细胞的DNA分离和扩增 141

4测序和基因组装配 146

5从基因组学到生物学 149

参考文献 153

生长缓慢异养微生物的生理生态适应性及培养的结果 160

1引言 161

2资源和营养限制的生长 163

2.1生物量水平的营养限制 163

2.2生长速率的营养限制 164

3对营养限制的生理适应 166

4效率Vs.快速生长 170

5生长缓慢作为增加可培养能力的一项策略 174

6为什么有大平板计数异常（GPCA）？ 179

7总结 181

参考文献 182

可育但不可培养细菌 191

1引言 192

2霍乱弧菌和其他物种的可育但不可培养状态 192

3VBNC细胞的计数方法 197

4霍乱暴发模型 198

参考文献 200

微生物不可培养性的普适性模型 207

1引言 208

2不可培养微生物的原位培养 209

2.1方法一：扩散室（DiffusionChamber） 210

2.2方法二：分离芯片（Ichip） 212

3不可培养微生物的体外生长及其驯化 215

3.1获得不可培养物种的可培养变种 215

3.2微生物的共生生长和共培养 217

4不可培养机制：MSC33的个案研究 219

5微生物的种群中的异质性 221

6对大平板计数异常现象的解释 224

6.1模型 224

6.2模型对不可培养现象及更多现象的解释 232

6.3探索者模型的含义 237

7结论 244

参考文献 245

未培养微生物的宏基因组和新抗生素发现 252

1次级代谢物与抗生素 253

1.1次级代谢物介绍 253

1.2新抗生素将来自于何处？ 255

1.3微生物多样性和宏基因组学 256

2以土壤DNA用于药物发现的早期宏基因组实验 259

2.1hsp70、gyrA、纤维素酶及其他 259

2.2eDNA文库和异源表达 259

2.3信号、抗性、Turbomycins和Terragines 260

3从eDNA中克隆次级代谢生物合成途径的进展 261

3.1次级代谢物途径集约模型 261

3.2“制约”宏基因组 263

3.3更好的载体 265

3.4更好的宿主 266

3.5文库的大小 267

3.6最新筛选 267

4结论 269

参考文献 271

耐受性菌株、生物被膜和可培养性问题 286

1耐受性细胞的发现 292

2生物被膜与耐受性菌株的复苏 293

参考文献 301

把概念推向极限：不可培养细菌与太空生物学 311

1微生物培养 312

2表型生长 313

3生命指征 317

4无生长发生时的生命检测 318

5生命的动力学指征 318

6地球以外样品中寻找生命 319

7不可培养的外星生命 319

8有关生命起源及生命的早期进化的建议：思考素材 320

参考文献 322

译者后记 328