有机配体靶向端粒DNA G-四链体的分子模拟PDF电子书下载

第1章 绪论 1

1.1 DNA G-四链体简介 1

1.1.1 小分子配体靶向DNA G-四链体的抗肿瘤作用机制 3

1.1.2 DNA G-四链体末端堆积配体 3

1.1.3 DNA G-四链体沟槽结合配体 5

1.2 药物配体与生物大分子的相互作用及选择性 5

1.2.1 药物配体与生物大分子的相互作用 5

1.2.2 药物配体与生物大分子的选择性 6

1.3 生物大分子计算机模拟方法 7

1.3.1 生物大分子的构建——同源模建方法及应用 7

1.3.2 分子对接方法及应用 10

1.3.3 分子力学和分子动力学原理与应用 14

参考文献 21

第2章 配体与平行型DNA G-四链体沟槽相互作用的理论研究 32

2.1 引言 32

2.2 Dist-A二聚体与［d（TGGGGT）］4序列G-四链体的动力学模拟 33

2.3 Dist-A二聚体与［d（GGGGGG）］4序列G-四链体复合物的动力学模拟 35

2.4 三层连续G-四集体鸟嘌呤碱基的电子性质 37

2.5 基于平行型DNA G-四链体沟槽的药物设计 39

参考文献 39

第3章 Dist-A及其衍生物与反平行型DNA G-四链体相互作用的分子动力学研究 41

3.1 引言 41

3.2 Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNA G-四链体的分子对接 42

3.3 Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNA G-四链体的动力学模拟 44

3.3.1 动力学模拟体系 44

3.3.2 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体宽沟槽方向上的动力学行为 44

3.3.3 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体中沟槽方向上的动力学行为 46

3.3.4 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体窄沟槽方向上的动力学行为 49

3.3.5 配体在不同位点的结合对沟槽宽度的影响 51

3.3.6 MM GBSA能量分析 53

参考文献 54

第4章 类固醇衍生物选择性识别端粒DNA G-四链体／B-DNA的分子动力学研究 56

4.1 引言 56

4.2 类固醇衍生物与杂化型端粒DNA G-四链体的分子对接 57

4.3 SteroidFG与杂化型端粒DNA G-四链体复合物动力学模拟 58

4.4 Steroid FG与B-DNA复合物动力学模拟 59

4.5 MM_PBSA能量计算 61

4.6 基于杂化型端粒DNA G-四链体沟槽的药物设计 63

参考文献 63

第5章 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子动力学研究 65

5.1 引言 65

5.2 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子对接 65

5.2.1 配体的选择 65

5.2.2 端粒DNA G-四链体的选择 66

5.2.3 分子对接 66

5.3 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟 70

5.3.1 复合物动力学模拟体系及模拟时间 70

5.3.2 浙贝碱／1NP9（1:1）复合物的动力学模拟 71

5.3.3 浙贝碱／1NP9（2:1）复合物的动力学模拟 72

5.3.4 浙贝碱／1KF1复合物的动力学模拟 74

5.3.5 浙贝碱／143D复合物的动力学模拟 76

5.3.6 G-四链体的沟槽结构对浙贝碱结合的影响 77

5.3.7 G-四链体TTA环结构对浙贝碱结合的影响 79

5.3.8 浙贝碱与端粒酶G-四链体的自由能 80

第6章 螺旋烃M与高阶端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟研究 82

6.1 引言 82

6.2 螺旋烃M与不同高阶端粒DNA G-四链体的分子对接 84

6.2.1 螺旋烃M分子结构 84

6.2.2 分子对接结果 84

6.3 高阶端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟 85

6.3.1 二阶端粒DNA G-四链体及其复合物的动力学模拟 85

6.3.2 三阶端粒DNA G-四链体及其复合物的动力学模拟 90

6.4 高阶端粒DNA G-四链体的PCA分析 93

6.5 高阶端粒DNA G-四链体的均方根涨落值分析 94

6.6 螺旋烃M对二重复单元端粒DNA G-四链体结构的影响 96

6.7 螺旋烃M对三重复端粒DNA G-四链体结构的影响 97

参考文献 99

第7章 RNA适配子与NF-kB P50相互作用的分子动力学模拟研究 101

7.1 引言 101

7.2 29-nt RNA/P50复合物的分子动力学模拟 102

7.2.1 29-nt RNA/P50复合物分子动力学模拟的轨迹稳定性 102

7.2.2 复合物结构的波动性 102

7.2.3 RNA和P50的静电势 104

7.2.4 29-nt RNA与P50相互作用位点 104

7.2.5 P50单体分子动力学模拟的轨迹稳定性 106

7.2.6 P50单体结构的波动性 106

7.2.7 29-nt RNA/P50复合物体系自由能 107

7.3 自由29-nt RNA的构象动力学模拟 108

7.3.1 自由29-nt RNA分子动力学模拟的轨迹稳定性 108

7.3.2 自由29-nt RNA结构的波动性 108

7.3.3 自由29-nt RNA分子动力学模拟构象 109

7.3.4 自由29-nt RNA螺旋参数 110

7.4 突变RNA的构象动力学模拟 113

7.4.1 突变RNA分子动力学模拟轨迹的稳定性 113

7.4.2 突变RNA结构的波动性 113

7.4.3 突变RNA螺旋参数 114

7.4.4 自由29-nt RNA和突变RNA的自由能 116

参考文献 117